Ensamblaje del genoma T2T | Secuenciación ultralarga
Características del servicio
•Proporciona ensamblajes genómicos de telómero a telómero de alta precisión, alta contigüidad y alta completitud.
•Supera los desafíos de ensamblaje en regiones centroméricas y altamente repetitivas.
•Analiza las variaciones estructurales en regiones complejas como los centrómeros y los telómeros.
•Explora el origen de los cromosomas y la domesticación, e identifica los genes clave que determinan el sexo.
Ventajas del servicio
•Equipo profesional especializado en secuenciación ultralarga, que abarca desde la extracción hasta la secuenciación, con experiencia exitosa en múltiples especies.
•Acceso a las plataformas de lectura larga PacBio y Nanopore con estrategias de secuenciación flexibles y de alto rendimiento.
•Equipo experimentado en ensamblaje de genomas y análisis bioinformáticos personalizados, con amplia experiencia en proyectos de genoma T2T.
•Más de 200 proyectos genómicos exitosos y más de 2000 factores de impacto acumulados.
•Soluciones experimentales y bioinformáticas integradas, respaldadas por derechos de autor y patentes.
Especificaciones de servicio
| Estudio del genoma | Ensamblaje del genoma | Nivel cromosómico | Relleno de huecos | Anotación del genoma |
| 50X Illumina NovaSeq PE150 | Lecturas PacBio CCS HiFi 30X | 100X Hi-C | Lecturas ultralargas de 40-100X ONT | Secuenciación de ARN Illumina PE150 10 Gb + (opcional) Secuenciación de ARN de longitud completa PacBio 40 Gb o Nanopore 12 Gb |
Requisitos del servicio
Para muestras de secuenciación de Survey, PacBio CCS, Hi-C y transcriptoma (para anotación), consulte la sección “nivel cromosómicoRequisitos de las muestras para el ensamblaje del genoma”.
Para la secuenciación ultralarga de ONT, se recomiendan muestras de tejido con estándares de calidad más elevados para facilitar la extracción de ADN de ultra alto peso molecular.
Para obtener instrucciones y requisitos detallados sobre la preparación de muestras, póngase en contacto con nuestro equipo de ventas para obtener una solución personalizada según la especie.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño del experimento
Entrega de muestras
extracción de ADN
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Los análisis principales incluyen:
1) Ensamblaje del genoma T2T
● El genoma T2T se refiere a un genoma con “0 huecos” en el que al menos un cromosoma está completamente ensamblado de telómero a telómero.
● Utilizar lecturas CCS de alta precisión y lecturas ultralargas ONT:
* Generar el genoma contig v1 mediante ensamblaje híbrido utilizando hifiasm (v0.25.0).
* Eliminar las secuencias de plastidios y las secuencias contaminadas mediante BLAST contra la base de datos NT.
* Ensamblar contigs a escala cromosómica utilizando datos Hi-C con ADN 3D.
* Rellenar los telómeros faltantes mediante ensamblaje local con lecturas ONT para obtener el genoma T2T final.
2) Evaluación del ensamblaje
● Evaluación de BUSCO
BUSCO v5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) construye conjuntos de genes de copia única para los principales linajes evolutivos basándose en la base de datos OrthoDB 10. El genoma ensamblado se evalúa mediante alineación con este conjunto de genes, según la proporción de coincidencia y la integridad.
Una mayor proporción de "BUSCOs completos" indica una mayor completitud en el ensamblaje del genoma.
● Mapeo de lecturas
Alinea las lecturas cortas de secuenciación de próxima generación (por ejemplo, Illumina) con el genoma ensamblado usando bwa. Alinea las lecturas largas de tercera generación con el genoma ensamblado usando Minimap2.
La integridad del genoma ensamblado y la uniformidad de la cobertura de secuenciación se evalúan en función de la tasa de mapeo, la relación de cobertura del genoma y la distribución de la profundidad.
● Evaluación del control de calidad del genoma
Evalúe el ensamblaje utilizando Merqury comparando los k-meros de lecturas de secuenciación de alta precisión con el ensamblaje del genoma para obtener la calidad de consenso (QV).
Los valores de mayor calidad indican una mayor precisión del genoma ensamblado.
● Evaluación del LAI del genoma
El índice LAI (LTR Assembly Index) evalúa la integridad del ensamblaje del genoma como la proporción de secuencias de retrotransposones LTR intactas con respecto al total de secuencias LTR. Las secuencias LTR-RT candidatas se identifican mediante LTR_FINDER (v1.0.7) y LTRharvest (v1.5.9), luego se filtran e integran mediante LTR_retriever (v2.8) para obtener retrotransposones LTR de alta confianza y calcular el LAI.
Según la publicación del desarrollador del LAI, los valores de LAI se clasifican en tres niveles:
Borrador (0 ≤ LAI < 10), Referencia (10 ≤ LAI < 20) y Oro (LAI ≥ 20).
● Identificación de telómeros y centrómeros
Identifica posibles unidades repetitivas de telómeros en el genoma usando TIDK. Detecta secuencias de telómeros y obtén información posicional usando FindTelomeres basado en motivos repetitivos.
Identificar posibles repeticiones centroméricas utilizando Centromics con lecturas largas de tercera generación, y luego remapear al genoma para obtener las posiciones y secuencias del centrómero.
1) Mapa del genoma y los cromosomas
2)Posiciones de los telómeros en el genoma
| Cristo | Longitud del cromosoma (pb) | Inicio_aguas_arriba(bp) | Upstream_End(bp) | Longitud aguas arriba (pb) | Inicio_aguas_abajo(bp) | Downstream_End(bp) | Longitud aguas abajo (pb) |
| Chr01 | 55.340.768 | 53 | 2.036 | 1.984 | 55.338.794 | 55.340.768 | 1.975 |
| Chr02 | 56.588.289 | 1 | 2.760 | 2.760 | 56.584.191 | 56.588.289 | 4.099 |
| Chr03 | 46.886.733 | 20 | 3.001 | 2.982 | 46.881.994 | 46.886.733 | 4.740 |
| Chr04 | 49.401.798 | 1 | 2.143 | 2.143 | 49.399.160 | 49.401.798 | 2.639 |
| Chr05 | 45.855.317 | 10 | 3.043 | 3.034 | 45.852.809 | 45.855.317 | 2.509 |
| Chr06 | 45.285.625 | 1 | 3.268 | 3.268 | 45.283.427 | 45.285.625 | 2.199 |
| Chr07 | 48.122.726 | 1 | 2.317 | 2.317 | 48.120.519 | 48.122.726 | 2.208 |
Nbeneficios según objetivos:
Chr: Identificador del cromosoma
Longitud_cromosómica (pb): Longitud del cromosoma
Inicio aguas arriba (pb): Posición inicial del telómero aguas arriba en el cromosoma.
Upstream_End (pb): Posición final del telómero aguas arriba en el cromosoma.
Longitud del telómero aguas arriba (pb): Longitud del telómero aguas arriba en el cromosoma
Downstream_Start (pb): Posición inicial del telómero distal en el cromosoma.
Extremo descendente (pb): Posición final del telómero descendente en el cromosoma.
Longitud aguas abajo (pb): Longitud del telómero aguas abajo en el cromosoma
3)Posiciones del centrómero en el genoma
| Cristo | Longitud_de_Cromos (pb) | Centromics_Start(pb) | Centromics_Fin(pb) |
| Chr01 | 55.340.768 | 18.943.204 | 23.005.555 |
| Chr02 | 56.588.289 | 28.114.720 | 30.677.916 |
| Chr03 | 46.886.733 | 24.487.558 | 24.929.326 |
| Chr04 | 49.401.798 | 20.976.875 | 22.563.388 |
| Chr05 | 45.855.317 | 18.578.095 | 19.715.924 |
| Chr06 | 45.285.625 | 19.398.436 | 19.950.173 |
| Chr07 | 48.122.726 | 26.390.720 | 27.913.284 |
Nota:
Chr: Identificador del cromosoma
Longitud_cromosómica (pb): Longitud del cromosoma
Centrómero_Inicio (pb): Posición inicial del centrómero en el cromosoma
Extremo del centrómero (pb): Posición del extremo del centrómero en el cromosoma.
4) Estadísticas de brechas en los resultados del ensamblaje
| Grupo | Número de brecha | Len |
| Chr01 | 0 | 55.340.768 |
| Chr02 | 0 | 56.588.289 |
| Chr03 | 0 | 46.886.733 |
| Chr04 | 0 | 49.401.798 |
| Chr05 | 0 | 45.855.317 |
| Chr06 | 0 | 45.285.625 |
| Chr07 | 0 | 48.122.726 |
| Total (Porcentaje) | 0 | 347.481.256 (100,00) |
Nbeneficios según objetivos:
Grupo: Identificación del cromosoma
Número de huecos: Número de huecos en el cromosoma
Len (pb): Longitud del cromosoma
5) Evaluación del LAI del genoma
| Cristo | Duración del cromosoma (pb) | Intacto | Total | LAI crudo | LAI |
| genoma completo | 347.481.256 | 0,046 | 0,36 | 12,94 | 15.18 |
Nota: Según la publicación de los desarrolladores del LAI, los valores de LAI se clasifican en tres categorías: Borrador (0 ≤ LAI < 10), Referencia (10 ≤ LAI < 20) y Oro (LAI ≥ 20).
Longitud del cromosoma (pb): Longitud del cromosoma
Intacto: Proporción de LTR-RT intactos en el genoma
Total: Proporción del total de LTR en el genoma
LAI_bruto = Intacto / Total × 100
LAI: Valor corregido de LAI
Descubra los avances facilitados por los servicios de ensamblaje de genomas de novo de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones:
T2T Genome
Liu, Shoucheng et al.“El ensamblaje del genoma telómero a telómero, junto con datos multiómicos, proporciona información sobre la evolución del trigo panadero hexaploide.”Genética de la naturaleza vol. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Yao, Xue-Feng et al.“Ensamblaje completo del genoma de la variedad de arroz japonica Zhonghua 11.”Comunicaciones de la planta vol. 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
Lv, Zhiyuan y otros.“Ensamblaje del genoma de Camellia pitardii casi telómero a telómero.”Datos científicos vol. 12,1 1422. 14 de agosto de 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
Du, Haiyuan y otros.“Un ensamblaje casi completo del genoma de Fragaria iinumae.”Genómica de BMC vol. 26,1 253. 14 de marzo de 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
Chen, Weikai et al.“El ensamblaje completo del genoma de Nicotiana benthamiana revela el panorama genético y epigenético de los centrómeros.”Plantas de la naturaleza vol. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
Genoma T2T con resolución de haplotipos
Khan, Falak Sher et al. “Genomas T2T sin huecos resueltos por haplotipos del cultivar de uva Cabernet Sauvignon.”Datos científicos, 10,1038/s41597-026-06910-3. 26 de febrero de 2026, doi:10.1038/s41597-026-06910-3
Genoma T2T + Genoma comparativo
Hong, Lin et al. “Construcción y análisis de genomas telómero a telómero para 2 naranjas dulces: Longhuihong y Newhall (Citrus sinensis).”Gigacienciavol. 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
Li, Xiao-Jie et al. “El análisis del genoma telómero a telómero de la zanahoria roja TXH4 dilucida el papel de DcLCYE y DcLCYB1 en la acumulación de licopeno en la zanahoria.”Investigación en horticulturavol. 12,11 uhaf192. 29 de julio de 2025, doi:10.1093/hr/uhaf192
Genoma T2T + Pangenoma
Wang, Xiaojing et al. “Genoma T2T, análisis del pan-genoma y genes de respuesta al estrés térmico en especies de Rhododendron.”iMetavol. 4,2 e70010. 5 de marzo de 2025, doi:10.1002/imt2.70010
