Secuenciación del transcriptoma completo – Illumina
Características
● Generación de bibliotecas duales para secuenciar el transcriptoma completo: preparación de una biblioteca de eliminación de ARNr y una biblioteca de ARN pequeño.
● Análisis bioinformático completo de ARNm, ARNnc largo, ARN circular y ARNm pequeño en informes bioinformáticos separados, además de un análisis conjunto con la expresión de todos los ARN combinados, incluido el análisis de redes de ARNce.
Ventajas del servicio
●Amplia experienciaHemos procesado más de 2100 proyectos de transcriptoma completo, que abarcan diversos tipos de muestras. Aportamos nuestra amplia experiencia a cada proyecto.
●Control de calidad rigurosoImplementamos puntos de control esenciales en todas las etapas, desde la preparación de muestras hasta la preparación de bibliotecas, la secuenciación y la bioinformática. Nuestro monitoreo meticuloso garantiza la obtención de resultados de alta calidad de forma constante.
●Anotación completaUtilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los genes diferencialmente expresados (GDE) y realizar los análisis de enriquecimiento correspondientes. Este enfoque integral proporciona información sobre los procesos celulares y moleculares que subyacen a la respuesta del transcriptoma, lo que garantiza que obtenga toda la información posible sobre los datos de su experimento.
●Análisis en profundidad de las redes regulatoriasEl análisis de la red ceRNA es posible gracias a la secuenciación conjunta de ARNm, ARNnc largo, ARN circular y ARNm pequeño, así como a un exhaustivo flujo de trabajo bioinformático.
●Soporte postventaEntendemos la importancia de estar presentes, por eso nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos y entrega de muestras
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| ARNr agotado | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Tamaño seleccionado | Illumina SE50 | 10-20 millones de lecturas |
Requisitos de muestra:
Nucleótidos:
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 En el gel se observa una contaminación mínima o nula de proteínas o ADN. | RIN≥6.0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
Entrega de muestras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio).
Etiquetado de muestras: Grupo+réplica, por ejemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco: Las muestras deben empaquetarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos RNAstable: Las muestras de ARN se pueden secar en tubos de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño del experimento
Entrega de muestras
Extracción de ARN
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Bioinformática
Además de todos los análisis realizados en cada uno de los diferentes tipos de ARN, estos se combinan en nuestro análisis conjunto:
- Análisis de coexpresión entre todos los diferentes tipos de datos de ARN
- Descripción general de la expresión del ARN
- Descripción general de las expresiones diferenciales
- Red CeRNA
- Genes clave integrados en la vía
- Análisis de conservación
- Relaciones de segmentación
Descripción general de la expresión del ARN
Genes expresados diferencialmente
Análisis de ceRNA
microARN y ARN relacionados con expresión diferencial
Descubra los avances en investigación facilitados por los servicios de secuenciación del transcriptoma completo de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Dai, Y. et al. (2022) 'Perfiles de expresión integrales de ARNm, ARNnc largos y ARNm pequeños en la enfermedad de Kashin-Beck identificados mediante secuenciación de ARN',Ómicas moleculares, 18 (2), págs. 154-166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Análisis de transcriptomas completos de la resistencia al frío de Apis cerana en la montaña Changbai durante el período de hibernación.',Gene, 830, pp. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Priorización basada en la integración multiómica de redes de regulación de ARN endógenas competitivas en el cáncer de pulmón de células pequeñas: características moleculares y candidatos a fármacos',Fronteras en Oncología, 12, pág. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'Análisis integrado de los perfiles de expresión de lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA revela nuevos conocimientos sobre posibles mecanismos de respuesta a los nematodos formadores de agallas en el cacahuete',Genómica de BMC, 23(1), págs. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'La secuenciación de ARN del transcriptoma completo destaca los mecanismos moleculares asociados con el mantenimiento de la calidad poscosecha en el brócoli mediante irradiación con LED rojo',Biología y tecnología postcosecha, 188, pág. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
