Secuenciación del transcriptoma completo – Illumina
Características
● Generación de biblioteca dual para secuenciar el transcriptoma completo: biblioteca de depleción de ARNr y preparación de biblioteca de ARN pequeño.
● Análisis bioinformático completo de ARNm, lncRNA, circRNA y miRNA en informes bioinformáticos separados, además de un análisis conjunto con toda la expresión de ARN combinada, incluido el análisis de redes de ceRNA.
Ventajas del servicio
●Amplia experienciaHemos procesado más de 2100 proyectos de transcriptomas completos, abarcando diversos tipos de muestras. Aportamos nuestra vasta experiencia a cada proyecto.
●Control de calidad rigurosoImplementamos controles fundamentales en todas las etapas, desde la preparación de muestras hasta la preparación de bibliotecas, la secuenciación y la bioinformática. Nuestro meticuloso seguimiento garantiza la entrega de resultados consistentemente de alta calidad.
●Anotación completaUtilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los Genes de Expresión Diferencial (GED) y realizar los análisis de enriquecimiento correspondientes. Este enfoque integral proporciona información sobre los procesos celulares y moleculares que subyacen a la respuesta del transcriptoma, garantizando así que obtenga toda la información posible sobre los datos de su experimento.
●Análisis en profundidad de las redes regulatoriasEl análisis de la red de ceRNA es posible gracias a la secuenciación conjunta de ARNm, lncRNA, circRNA y miRNA y a un exhaustivo flujo de trabajo bioinformático.
●Soporte posventaEntendemos la importancia de estar presentes, por eso nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para resolver cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| ARNr agotado | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Talla seleccionada | Illumina SE50 | 10-20 millones de lecturas |
Requisitos de muestra:
Nucleótidos:
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN en el gel. | RIN≥6.0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
Entrega de muestra recomendada
Envase: Tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio)
Etiquetado de muestra: Grupo+réplica p.ej. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco: Las muestras deben empacarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos de estabilización de ARN: las muestras de ARN pueden secarse en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
Extracción de ARN
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Bioinformática
Además de todo el análisis de cada uno de los diferentes tipos de ARN, los 4 se combinan en nuestro análisis conjunto:
- Análisis de coexpresión entre todos los diferentes tipos de datos de ARN
- Descripción general de la expresión del ARN
- Descripción general de la expresión diferencial
- Red CeRNA
- Genes clave integrados en la vía
- Análisis de conservación
- Relaciones de segmentación
Descripción general de la expresión del ARN
Genes expresados diferencialmente
análisis de ARNce
miRNA expresados diferencialmente y ARN relacionados
Explore los avances de investigación facilitados por los servicios de secuenciación del transcriptoma completo de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Dai, Y. et al. (2022) 'Perfiles de expresión completos de ARNm, lncRNA y miRNA en la enfermedad de Kashin-Beck identificados mediante secuenciación de ARN',Ómica molecular, 18 (2), págs. 154-166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Análisis de transcriptomas de longitud completa de la resistencia al frío de Apis cerana en la montaña Changbai durante el período de invernada'.Gene, 830, págs. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Priorización basada en la integración multiómica de redes de regulación de ARN endógeno en competencia en el cáncer de pulmón de células pequeñas: características moleculares y candidatos a fármacos',Fronteras en Oncología, 12, pág. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'El análisis integrado de los perfiles de expresión de lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA revela nuevos conocimientos sobre los posibles mecanismos de respuesta a los nematodos agalladores del maní',Genómica de BMC, 23(1), págs. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'La secuenciación del ARN del transcriptoma completo destaca los mecanismos moleculares asociados con el mantenimiento de la calidad poscosecha del brócoli mediante la irradiación con LED rojos',Biología y tecnología poscosecha, 188, pág. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
