16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Teenuse eelised
● Pikad lugemised näitavad 16S/18S/ITS täispikkuses järjestust
● Väga täpne baaskõne PacBio CCS-režiimi järjestamisega
● Liigitaseme eraldusvõime OTU/ASV annotatsioonis
● Uusim QIIME2 analüüsivoogu koos erinevate analüüsidega andmebaasi, annotatsiooni, OTU/ASV osas.
● Kohaldatav erinevate mikroobikoosluse uuringute jaoks
● BMK-l on laialdased kogemused üle 100 000 prooviga aastas, mis hõlmavad mulda, vett, gaasi, muda, väljaheiteid, soolestikku, nahka, fermentatsioonipuljongit, putukaid, taimi jne.
● BMKCloud hõlbustas andmete tõlgendamist, mis sisaldab 45 isikupärastatud analüüsitööriista
Teenuse spetsifikatsioonid
| JärjestusPlatvorm | Raamatukogu | Soovitatavad andmed | Pöördeaeg |
| PacBio järg II | SMRT-kell | 5K/10K/20K sildid | 44 tööpäeva |
Bioinformaatika analüüsid
● Toorandmete kvaliteedi kontroll
● OTU klasterdamine/müra eemaldamine (ASV)
● OTU annotatsioon
● Alfa mitmekesisus
● Beeta mitmekesisus
● Gruppidevaheline analüüs
● Seoste analüüs eksperimentaalsete tegurite suhtes
● Funktsioonigeeni ennustamine
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded:
SestDNA ekstraktid:
| Proovi tüüp | Summa | Keskendumine | Puhtus |
| DNA ekstraktid | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Keskkonnanäidiste jaoks:
| Proovi tüüp | Soovitatav proovivõtuprotseduur |
| Muld | Proovide kogus: ca.5 g;Ülejäänud kuivanud aine tuleb pinnalt eemaldada;Jahvatage suured tükid ja laske läbi 2 mm filtri;Proovide alikvootid steriilsesse EP-torusse või tsürotorusse broneerimiseks. |
| Väljaheited | Proovide kogus: ca.5 g;Koguge proovid ja jagage need reserveerimiseks steriilsesse EP-torusse või krüotuubi. |
| Soolestiku sisu | Proove tuleb töödelda aseptilistes tingimustes.Peske kogutud kude PBS-ga;Tsentrifuugige PBS ja koguge sade EP-tuubidesse. |
| Muda | Proovide kogus: ca.5 g;Koguge mudaproov ja jagage see reserveerimiseks steriilsesse EP-torusse või krüotorusse |
| Veekogu | Piiratud koguse mikroobidega proovide puhul, nagu kraanivesi, kaevuvesi jne, koguge vähemalt 1 l vett ja laske see läbi 0,22 μm filtri, et rikastada membraani mikroobide olemasolu.Hoidke membraani steriilses torus. |
| Nahk | Kraapige nahapinda ettevaatlikult steriilse vatitiku või kirurgilise teraga ja asetage see steriilsesse katsutisse. |
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Külmutage proove vedelas lämmastikus 3-4 tunniks ja säilitage vedelas lämmastikus või -80 kraadises pikaajalises reservatsioonis.Näidis saatmine kuiva jääga on nõutav.
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
1. V3+V4(Illumina)-põhise mikroobikoosluse profileerimise märkuste määr vs. täispikk (PacBio)-põhine profileerimine.
(Statistikaks kasutati 30 juhuslikult valitud projekti andmeid)
2. Täispika amplikoni järjestuse annotatsiooni määr liigi tasemel erinevates proovitüüpides
3.Liikide levik
4.Fülogeneetiline puu
BMK juhtum
Arseeniga kokkupuude kutsub esile soolebarjääri kahjustuse ja sellest tuleneva soole-maksa telje aktiveerimise, mis põhjustab partide maksapõletikku ja püroptoosi
Avaldatud:Teadus kogu keskkonnast,2021. aasta
Järjestusstrateegia:
Proovid: kontroll vs 8 mg/kg ATO-ga kokkupuutunud rühm
Järjestusandmete saagikus: kokku 102 583 töötlemata CCS-järjestust
Kontroll: 54 518 ± 747 efektiivne CCS
ATO-säritus: 45 050 ± 1675 efektiivne CCS
Peamised tulemused
Alfa mitmekesisus:ATO kokkupuude muutis oluliselt partide soolestiku mikroobide rikkust ja mitmekesisust.
Metastaatide analüüs:
Varjupaiga tasandil: 2 bakteriaalset sugukonda tuvastati ainult kontrollrühmades
Perekonna tasandil: leiti, et 6 perekonda erinevad suhtelise arvukuse poolest oluliselt
Liigitasandil: kokku tuvastati 36 liiki, millest 6 erines oluliselt taastumisarvukuse poolest
Viide
Thingholm, LB jt."Tüüpi 2 diabeediga ja ilma rasvunud isikutel on erinev soolestiku mikroobide funktsionaalne võime ja koostis."Rakuperemees ja mikroob26.2(2019).
