16S/18S/ITS amplikonide sekveneerimine – PacBio
Teenuse funktsioonid
● Sekveneerimisplatvorm: PacBio Revio
● Järjestusrežiim: CCS (HiFi-lugemine)
● Sihtpiirkonna amplifikatsioon, millele järgneb amplikonide tandem-sidumine enne HiFi SMRT kellateegi ettevalmistamist
Teenuse eelised
●Kõrgem taksonoomiline lahutusvõime: Than lühikese amplikoni sekveneerimine,võimaldades kõrgemaid OTU klassifitseerimise määrasid liikide tasandil.
●Väga täpne baasi määraminePacBio CCS-režiimi sekveneerimine (HiFi-lugemised).
●IsolatsioonivabaMikroobse koostise kiire tuvastamine keskkonnaproovides.
●Laialdaselt kohaldatavMitmekesiste mikroobikoosluste uuringud.
●Põhjalik bioinformaatiline analüüsUusim QIIME2 pakett (kvantitatiivne ülevaade mikroobide ökoloogiast) mitmekesiste analüüsidega andmebaasi, annotatsiooni ja OTU/ASV osas.
●Laialdased teadmisedBMKGENE-l on igal aastal tuhandeid amplikonide sekveneerimise projekte, mis pakuvad üle kümne aasta kogemust, kõrgelt kvalifitseeritud analüüsimeeskonda, põhjalikku sisu ja suurepärast müügijärgset tuge.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatavad andmed |
| Amplikon | PacBio Revio | 10/30/50 000 silti (CCS) |
Näidisnõuded
| Kontsentratsioon (ng/µL) | Kogukogus (µg) | Maht (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Soovitatav proovi kohaletoimetamine
Külmutage proove vedelas lämmastikus 3-4 tundi ja hoidke seejärel vedelas lämmastikus või temperatuuril -80 kraadi kuni pikaajalise säilitamiseni. Proovide saatmiseks on vaja kuivjääd.
Teenuse töövoog
Proovi kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgne teenindus
Sisaldab järgmist analüüsi:
● Töötlemata andmete kvaliteedikontroll
●OTU klasterdamine/müra vähendamine (ASV)
●OTU annotatsioon
● Alfa-mitmekesisuse analüüs: mitu indeksit, sh Shannon, Simpson ja ACE.
●Beeta-mitmekesisuse analüüs
● Rühmadevaheline analüüs
●Korrelatsioonianalüüs: keskkonnategurite ning väliste materjalide koostise ja mitmekesisuse vahel
●16S funktsionaalse geeni ennustamine
Taksonoomilise jaotuse histogramm
Kogukonna leviku fülogeneetiline puu
Alfa-mitmekesisuse analüüs: ACE
indeks
Beeta-mitmekesisuse analüüs: PCoA
Rühmadevaheline analüüs: ANOVA
Avastage BMKGene'i amplikonide sekveneerimise teenuste abil PacBio abil saavutatud edusamme kureeritud publikatsioonide kogu kaudu.
Gao, X. ja Wang, H. (2023) „Vatsa bakterite profiilide ja funktsioonide võrdlev analüüs kahes kasvufaasis alpi meriinolammaste kohanemisel erinevate fenoloogiatega (taastumine vs. rohtumine) alpi niidul“, Fermentation, 9(1), lk 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. jt (2023) „Mikroobse tumeaine püüdmine kõrbemuldades kulturoomikal põhineva metagenoomika ja kõrgresolutsioonilise analüüsi abil“, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), lk 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. jt (2022) „Rasvhappesoolade mõju lutserni, riisiõlgede ja nisukliidega segatud silo käärimisomadustele, bakterite mitmekesisusele ja aeroobsele stabiilsusele“, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), lk 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. jt (2023) „Oksüdatiivse stressi biomarkerite ja soolestiku mikrobioota vastastikmõju Sonchus brachyotus DC. ekstraktide antioksüdantse toime osas oksasoloonist põhjustatud soole oksüdatiivse stressi korral täiskasvanud sebrakaladel“, Antioxidants 2023, kd 12, lk 192, 12(1), lk 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
