Täispikk mRNA järjestamine -PACBIO
Omadused
● CDNA süntees Poly-A mRNA-st, millele järgneb raamatukogu ettevalmistamine
● Sekveneerimine CCS -režiimis, genereerides HIFI -lugemisi
● Täispikkade ärakirjade järjestamine
● Analüüs ei nõua võrdlusgenoomi; Kuid seda võib kasutada
● Bioinformaatiline analüüs võimaldab analüüsida transkriptide isovormi lncRNA, geenide sulandumisi, polü-adenüülimist ja geeni struktuuri
Teenuse eelised
●Kõrge täpsus: Hifi loeb täpsusega> 99,9% (Q30), võrreldav NGS -iga
● Alternatiivne splaissinaanalüüs: Kogu ärakirjade järjestamine võimaldab isovormi tuvastamist ja iseloomustamist
●Ulatuslik teadmine: Kuna üle 1100 Pacbio täispika transkriptoomiprojekti lõpuleviimise ja üle 2300 proovi töötlemise on meie meeskond iga projekti jaoks palju kogemusi.
●Müügijärgne tugi: Meie pühendumus ulatub kaugemale projekti lõpuleviimisest 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ja küsimuste ja vastuste seansse tulemustega seotud päringute lahendamiseks.
Proovi nõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Järjestamisstrateegia | Soovitatavad andmed | Kvaliteedikontroll |
| PolyA rikastas mRNA CCS raamatukogu | Pacbio järge II Pacbio revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30 ≥85% |
Proovide nõuded:
Nukleotiidid:
● Taimed:
Juur, vars või kroonlehe: 450 mg
Leht või seeme: 300 mg
Puu: 1,2 g
● Loom:
Süda või sool: 300 mg
Siseelundite või aju: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luud, juuksed või nahk: 1G
● lülijalgsed:
Putukad: 6G
Crustacea: 300 mg
● täis veri: 1 toru
● Rakud: 106 rakud
| Konts (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud piiratud või puudub valk või DNA saastumine. | Taimede jaoks: Rin≥7,5; Loomade jaoks: rin≥8,0; 5,0 ≥ 28S/18S≥1,0; Piiratud või puudub algtaseme kõrgus |
Soovitatav proovi kohaletoimetamine
Konteiner: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)
Proovide märgistamine: rühm+kopeerige nt A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Saadetis:
1. Kuiv-jää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuiva jää.
2. RNABABLE torud: RNA -proove saab kuivatada RNA stabiliseerimistorus (nt RNAstanble®) ja viia toatemperatuuril.
Teeninduse töövool
Katse kavandamine
Proovi kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitamine
Sekveneerimine
Andmeanalüüs
Müügijärgsed teenused
Sisaldab järgmist analüüsi:
● RAW -DAKTIDE KOHALDUSE KONTROLL
● Alternatiivne polüadenüleerimise analüüs (APA)
● termotuumasünteesi ärakirja analüüs
● Alternatiivne splaissinaanalüüs
● Võrdlusuuring universaalsete ühe koopia ortoloogide (BUSCO) analüüs
● Uue ärakirja analüüs: kodeerimisjärjestuste (CDS) ja funktsionaalse annotatsiooni ennustamine
● lncRNA analüüs: lncRNA ja sihtmärkide ennustamine
● Mikrosateliitide tuvastamine (SSR)
Busco analüüs
Alternatiivne splaissinaanalüüs
Alternatiivne polüadenüleerimise analüüs (APA)
Uudsete ärakirjade funktsionaalne märkus
Uurige selles esitletud väljaandes Bmkgene'i nanopori täispikkade mRNA järjestamisteenuste abil hõlbustatud edusamme.
MA, Y. jt. (2023) „Nemopilema Nomurai Venomi identifitseerimise Pacbio ja ONT RNA järjestamise meetodite võrdlev analüüs”, Genomics, 115 (6), lk. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) „Populus STEM -i transkriptoomi arengudünaamika”, Plant Biotechnology Journal, 17 (1), lk 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, H. jt. (2022) „Dünaamilised muutused askorbiinhappe sisalduses puuviljade arendamise ja Actinidia latifolia (askorbaadirikka puuviljakultuuri) ja sellega seotud molekulaarsete mehhanismide küpsemise ajal”, International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), lk. 5808. Doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) „Bioaktiivsetes polüphülliinides osalevate biosünteetiliste rajageenide efektiivne ennustamine Pariisi polüphyllas”, Communications Biology 2022 5: 1, 5 (1), lk 1–10. doi: 10.1038/S42003-022-03000-Z.
Liu, M. jt. (2023) „Pacbio ISO-seq ja Illumina RNA-Seq analüüs Tuta Absoluta (Meyrick) transkriptoomi ja tsütokroom P450 geenid”, putukad, 14 (4), lk. 363. Doi: 10.3390/putukad14040363/s1.
Wang, Lijun jt. (2019) „Transkriptoomi keerukuse uuring, kasutades Pacbio ühemolekuli reaalajas analüüsi koos Illumina RNA järjestamisega, et saada paremaks mõistmiseks Ricinus Communis ricinoolhappe biosünteesi”, BMC genoomika, 20 (1), lk 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
