BMKCloud Log in
条形bänner-03

Tooted

Täispikk mRNA sekveneerimine - nanopoor

RNA sekveneerimine on olnud igakülgse transkriptoomianalüüsi hindamatu vahend.Kahtlemata saavutas traditsiooniline lühilugemisjärjestus siin mitmeid olulisi arenguid.Sellegipoolest puutub see sageli kokku piirangutega täispika isovormi identifitseerimisel, kvantifitseerimisel ja PCR-i kõrvalekaldumisel.

Nanopooride sekveneerimine erineb teistest sekveneerimisplatvormidest selle poolest, et nukleotiide loetakse otse ilma DNA sünteesita ja see tekitab pika lugemise kümnete kilobaaside juures.See võimaldab otselugemist täispikkade ärakirjade ületamiseks ja isovormi taseme uuringute väljakutsetega tegelemiseks.

Platvorm:Nanopore PromethION

Raamatukogu:cDNA-PCR


Teenuse üksikasjad

Demo tulemused

Juhtumiuuring

Teenuse eelised

● Madal järjestuse kallutatus

● Täispikkade cDNA molekulide paljastamine

● Sama arvu ärakirjade katmiseks on vaja vähem andmeid

● Mitme isovormi identifitseerimine geeni kohta

● Ekspressiooni kvantifitseerimine isovormi tasemel

Teenuse spetsifikatsioonid

Raamatukogu

Platvorm

Soovitatav andmemaht (Gb)

Kvaliteedi kontroll

cDNA-PCR (polü-A-ga rikastatud)

Nanopore PromethION P48

6 Gb proovi kohta (olenevalt liigist)

Täispikkusesuhe>70%

Keskmine kvaliteediskoor: Q10

 

Bioinformaatika analüüsid

Toorandmete töötlemine

● Ärakirja tuvastamine

● Alternatiivne splaissimine

● Ekspressiooni kvantifitseerimine geenitasemel ja isovormi tasemel

● Diferentsiaalväljenduse analüüs

● Funktsiooni annotatsioon ja rikastamine (DEG-id ja DET-id)

 

Täispikk

Näidisnõuded ja kohaletoimetamine

Näidisnõuded:

Nukleotiidid:

Kontsentr. (ng/μl)

Kogus (μg)

Puhtus

Terviklikkus

≥ 100

≥ 0,6

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230 = 0,5-2,5

Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse.

Taimedele: RIN≥7,0;

Loomadele: RIN≥7,5;

5,0≥28S/18S≥1,0;

algtaseme tõus on piiratud või puudub

Kude: kaal (kuiv): ≥1 g

*Kudede puhul, mis on väiksemad kui 5 mg, soovitame saata kiirkülmutatud (vedelas lämmastikus) koeproov.

Rakkude suspensioon: rakkude arv = 3 × 106- 1 × 107

*Soovitame tarnida külmutatud rakulüsaati.Kui selle rakkude arv on väiksem kui 5 × 105Soovitatav on kiirkülmutamine vedelas lämmastikus, mis on eelistatav mikroekstraktsiooni jaoks.

Vereproovid: maht≥1 ml

Soovitatav näidiste kohaletoimetamine

Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)

Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3;B1, B2, B3.....

Saadetis: 2, kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta jäässe.

  1. RNA-stabiilsed torud: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatsutis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.

 

Teeninduse töövoog

Nukleotiidid:

proovi kohaletoimetamine

Näidiste kohaletoimetamine

Raamatukogu ettevalmistamine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Järjestus

Andmete analüüs

Andmete analüüs

Müügijärgsed teenused

Müügijärgsed teenused

Teeninduse töövoog

Pabertaskurätik:

QC näidis

Katsekujundus

proovi kohaletoimetamine

Näidiste kohaletoimetamine

Pilootkatse

RNA ekstraheerimine

Raamatukogu ettevalmistamine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Järjestus

Andmete analüüs

Andmete analüüs

Müügijärgsed teenused

Müügijärgsed teenused


  • Eelmine:
  • Järgmine:

  • 1.Diferentsiaalekspressiooni analüüs - Vulkaani graafik

    Diferentsiaalse ekspressiooni analüüsi saab töödelda nii geenitasemel, et tuvastada erinevalt ekspresseeritud geene (DEG) kui ka isovormi tasemel, et tuvastada diferentsiaalselt

     3(1)

    väljendatud ärakirjad (DET) 

    2.Hierarhiline klastrite soojuskaart

    4(1)

    3. Alternatiivse splaissimise identifitseerimine ja klassifikatsioon

    Astalavista suudab ennustada viit tüüpi alternatiivseid splaissimise sündmusi.

    5(1)

    4.Alternatiivse polüadenüülimise (APA) sündmuste identifitseerimine ja motiiv 50 aluspaari kaugusel polü-A-st ülesvoolu

    6(1)

    BMK juhtum

    Alternatiivne splaissimise tuvastamine ja isovormi tasemel kvantifitseerimine nanopooride täispika transkriptoomi sekveneerimise abil

    Avaldatud:Looduskommunikatsioonid, 2020

    Järjestusstrateegia:

    Rühmitamine: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (K700E mutatsioon);3. Normaalsed B-rakud

    Sekveneerimisstrateegia: MinION 2D raamatukogu sekveneerimine, PromethION 1D raamatukogu sekveneerimine;samade proovide lühiloetavad andmed

    Järjestusplatvorm: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

    Peamised tulemused

    1. Isovormi tasemel alternatiivne splaissimise identifitseerimine

    Pikalt loetud järjestused võimaldavad mutandi SF3B1 tuvastadaK700E- muudetud splaissimiskohad isovormi tasemel.Leiti, et 35 alternatiivset 3′SS-i ja 10 alternatiivset 5′SS-d on SF3B1 vahel oluliselt erinevalt splaissitudK700Eja SF3B1WT.35 muudatusest 33 avastati äsja kaualoetud järjestuste abil.

    2. Isovormi tasemel alternatiivse splaissimise kvantifitseerimine

    Introni retentsiooni (IR) isovormide ekspressioon SF3B1-sK700Eja SF3B1WTkvantifitseeriti nanopooride järjestuste põhjal, mis näitas SF3B1 IR-isovormide globaalset allareguleerimistK700E.

    Viide

    Tang AD, Soulette CM, Baren MJV jt.SF3B1 mutatsiooni täispikk transkriptsiooni iseloomustus kroonilise lümfotsütaarse leukeemia korral näitab säilinud intronite [J] allareguleerimist.Looduskommunikatsioonid.

    saada hinnapakkumist

    Kirjutage oma sõnum siia ja saatke see meile

    Saada meile oma sõnum: