Kogu genoomi hõlmav assotsiatsioonianalüüs
1. Teenuse eelised
● Rohked projektijuhtumid: alates selle asutamisest 2009. aastal on BMKGENE läbi viinud sadu liigiprojekte populatsiooni GWAS-i uuringutes, aidanud teadlastel avaldada rohkem kui 100 artiklit ja kumulatiivne mõjutegur jõudis 500-ni.
● Professionaalsed analüütikud.
● Lühike analüüsitsükkel.
● Täpne andmekaeve.
2. Teenuse spetsifikatsioonid
| Tüüp | Rahvastiku skaala | Järjestusstrateegia ja sügavus |
| SLAF-GWAS | Proovide arv ≥200 | Genoomi suurus < 400M, ref-genoomiga on soovitatav WGS |
| Genoomi suurus ≤ 1G, 100K silte ja 10X | ||
| 1G ≤ genoomi suurus ≤ 2G, 200K silte ja 10X | ||
| Genoomi suurus > 2G, 300K silte ja 10X | ||
| WGS-GWAS | Proovide arv ≥200 | 10X iga proovi kohta |
3. Materjali valik
Erinevad sordid, alamliigid, maatõud/geenipangad/segapered/metsikud loodusvarad
Erinevad sordid, alamliigid, maatõud
Poolõdede perekond/täisõdede perekond/metsikud ressursid
4. Bioinformatsiooni analüüs
● Genoomi hõlmav assotsiatsioonianalüüs
● Olulise SNP analüüs ja sõelumine
● Kandidaatgeeni funktsionaalne annotatsioon
5. Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
a.Fenotüüp QC
Sagedusjaotuse histogramm
Fenotüübi statistika
b.Assotsiatsioonianalüüs (mudel: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
QQ süžee
Manhattani süžee
| aasta | Ajakiri | IF | Pealkiri |
| 2022. aasta | NC | 17.69 | Pojengi Paeonia ostii giga-kromosoomide ja giga-genoomi genoomne alus |
| 2015. aasta | NP | 7.43 | Kodustamise jalajäljed ankurdavad sojaubades agronoomilise tähtsusega genoomseid piirkondi |
| 2018 | MP | 9.32 | Ülemaailmse rapsiseemnekogumi kogu genoomi resekveneerimine paljastab nende ökotüüpide erinevuse geneetilise aluse |
| 2022. aasta | HR | 7.29 | Kogu genoomi hõlmav assotsiatsioonianalüüs annab molekulaarse ülevaate arbuusiseemne suuruse loomulikust varieerumisest |
