-
Taimede/loomade de novo genoomi järjestamine
De novosekveneerimine viitab liigi kogu genoomi konstrueerimisele, kasutades sekveneerimistehnoloogiaid, nt PacBio, Nanopore, NGS jne, võrdlusgenoomi puudumisel.Kolmanda põlvkonna sekveneerimistehnoloogiate lugemispikkuse märkimisväärne paranemine on toonud uusi võimalusi keerukate genoomide, näiteks suure heterosügootsuse, suure korduvate piirkondade, polüploidide jms genoomide kokkupanemisel. Kuna lugemispikkus on kümnete kilobaaside tasemel, võimaldavad need järjestuslugemised korduvate elementide, ebanormaalse GC sisuga piirkondade ja muude väga keerukate piirkondade lahendamine.
Platvorm: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C-põhine genoomikoost
Hi-C on meetod, mis on loodud kromosoomi konfiguratsiooni jäädvustamiseks, kombineerides sondeerimisel põhinevaid interaktsioone ja suure läbilaskevõimega sekveneerimist.Arvatakse, et nende interaktsioonide intensiivsus on negatiivses korrelatsioonis kromosoomide füüsilise kaugusega.Seetõttu võivad Hi-C andmed suunata kokkupandud järjestuste rühmitamist, järjestamist ja orienteerumist mustandi genoomis ning kinnitada need teatud arvule kromosoomidele.See tehnoloogia annab populatsioonipõhise geneetilise kaardi puudumisel võimaluse kromosoomitasemel genoomi koostamiseks.Iga genoom vajab Hi-C-d.
Platvorm: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolutsiooniline geneetika
Evolutsiooniline geneetika on pakitud sekveneerimisteenus, mis on loodud antud materjalide evolutsioonilise teabe igakülgse tõlgenduse pakkumiseks, mis põhineb geneetilistel variatsioonidel, sealhulgas SNP-d, InDel-id, SV-d ja CNV-d.See sisaldab kõiki fundamentaalseid analüüse, mis on vajalikud populatsioonide evolutsiooniliste muutuste ja geneetiliste tunnuste kirjeldamiseks, nagu populatsiooni struktuur, geneetiline mitmekesisus, fülogeneesi suhted jne. Samuti sisaldab see geenivoo uuringuid, mis võimaldavad hinnata populatsiooni efektiivset suurust ja lahknemisaega.
-
Võrdlev genoomika
Võrdlev genoomika tähendab sõna otseses mõttes erinevate liikide genoomi terviklike järjestuste ja struktuuride võrdlemist.Selle distsipliini eesmärk on paljastada liikide evolutsioon, geenifunktsioon, geenide reguleerimise mehhanism genoomi tasemel, tuvastades järjestuste struktuurid ja elemendid, mis eri liikide lõikes säilisid või eristusid.Tüüpiline võrdlev genoomika uuring hõlmab geeniperekonna, evolutsioonilise arengu, kogu genoomi dubleerimise, selektiivse rõhu jne analüüse.
-
Hulgieraldusanalüüs
Mass-segregantanalüüs (BSA) on meetod, mida kasutatakse fenotüübiga seotud geneetiliste markerite kiireks tuvastamiseks.BSA põhitöövoog hõlmab kahe äärmiselt vastandlike fenotüüpidega indiviidide rühma valimist, kõigi indiviidide DNA ühendamist, et moodustada kaks osa DNA-st, tuvastades kahe kogumi vahelised erinevused.Seda tehnikat on laialdaselt kasutatud geneetiliste markerite tuvastamiseks, mis on tugevalt seotud sihtgeenidega taimede/loomade genoomis.
