Hi-C-põhine genoomikoost
Teenuse eelised
Hi-C ülevaade
(Lieberman-Aiden E et al.,Teadus, 2009)
● Geneetilise populatsiooni konstrueerimine kontig-ankurdamiseks puudub;
● Suurem markerite tihedus, mis viib suurema kontiigide ankurdussuhteni üle 90%;
● Võimaldab hinnata ja korrigeerida olemasolevaid genoomikomplekte;
● Lühem pöördeaeg suurema täpsusega genoomi koostamisel;
● Rikkalik kogemus enam kui 1000 Hi-C teegiga, mis on loodud enam kui 500 liigi jaoks;
● üle 100 eduka juhtumi, mille avaldatud mõjutegur on üle 760;
● Hi-C-põhine genoomi kokkupanek polüploidse genoomi jaoks, eelmises projektis saavutati 100% ankurdusmäär;
● Hi-C eksperimentide ja andmete analüüsi ettevõttesisesed patendid ja tarkvara autoriõigused;
● Enda arendatud visualiseeritud andmete häälestamise tarkvara, mis võimaldab käsitsi plokkide teisaldamist, tagurdamist, tühistamist ja uuesti tegemist.
Teenuse spetsifikatsioonid
|
Raamatukogu tüüp
|
Platvorm | Loe pikkus | Soovitage strateegiat |
| Tere-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformaatika analüüsid
● Toorandmete kvaliteedi kontroll
● Hi-C raamatukogu kvaliteedikontroll
● Hi-C-põhine genoomi kokkupanek
● Montaažijärgne hindamine
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded:
| Loom | Seene | Taimed
|
| Külmutatud kude: 1-2g raamatukogu kohta Rakud: 1 x 10^7 rakku raamatukogu kohta | Külmutatud kude: 1 g raamatukogu kohta | Külmutatud kude: 1-2g raamatukogu kohta
|
| *Soovitame tungivalt saata Hi-C katse jaoks vähemalt 2 alikvooti (igaüks 1 g). | ||
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)
Enamiku proovide puhul soovitame mitte säilitada etanoolis.
Näidiste märgistus: proovid peavad olema selgelt märgistatud ja identsed esitatud näidisandmete vormiga.
Saatmine: kuivjää: proovid tuleb esmalt kottidesse pakkida ja kuivjäässe matta.
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
DNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
*Siin näidatud demotulemused pärinevad Biomarker Technologiesiga avaldatud genoomidest
1.Hi-C interaktsiooni soojuskaartCamptotheca acuminatagenoom.Nagu kaardil näidatud, on interaktsioonide intensiivsus negatiivses korrelatsioonis lineaarse kaugusega, mis näitab väga täpset kromosoomitaseme kokkupanekut.(Ankurdussuhe: 96,03%)
Kang M et al.,Looduskommunikatsioonid, 2021
2.Hi-C hõlbustas vaheliste inversioonide valideerimistGossypium hirsutumL. TM-1 A06 jaG. arboreumChr06
Yang Z jt,Looduskommunikatsioonid, 2019
3. Manioki genoomi SC205 kokkupanek ja bialleelne diferentseerumine.Hi-C soojuskaart näitab selget lõhenemist homoloogsetes kromosoomides.
Hu W et al.,Molekulaarne taim, 2021
4. Hi-C soojuskaart kahe Ficuse liigi genoomikoostu kohta:F.microcarpa(ankurdussuhe: 99,3%) jaF.hispida (ankurdussuhe: 99,7%)
Zhang X et al.,Kamber, 2020
BMK juhtum
Banjaanipuu ja tolmeldaja herilase genoomid annavad ülevaate viigimarja-herilase koosevolutsioonist
Avaldatud: Kamber, 2020
Järjestusstrateegia:
F. microcarpa genoom: ca.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenoom: ca.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenoom: ca.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Peamised tulemused
1. PacBio sekveneerimise, Hi-C ja ahelduskaardi abil konstrueeriti kaks banaanipuu genoomi ja üks tolmeldaja herilase genoom.
(1)F. microcarpagenoom: moodustati 426 Mb (97,7% hinnangulisest genoomi suurusest) koost N50 908 Kb ja BUSCO skooriga 95,6%.Kokku ankurdati Hi-C 13 kromosoomi külge 423 Mb järjestust.Genoomi annotatsioon andis 29 416 valku kodeerivat geeni.
(2)F. Hispidagenoom: 360 Mb (97,3% hinnangulisest genoomi suurusest) komplekti saagis oli N50 492 Kb ja BUSCO skoor 97,4%.Kokku 359 Mb järjestusi ankurdati 14 kromosoomile Hi-C abil ja need on väga identsed suure tihedusega ahelduskaardiga.
(3)Eupristina verticillatagenoom: moodustati 387 Mb (hinnanguline genoomi suurus: 382 Mb) koost N50 3,1 Mb ja BUSCO skooriga 97,7%.
2. Võrdlev genoomika analüüs näitas suurt hulka struktuurivariatsioone kahe vahelFicusgenoomid, mis andsid hindamatu geneetilise ressursi adaptiivsete evolutsiooniuuringute jaoks.See uuring andis esimest korda ülevaate viigimarja herilase koosevolutsioonist genoomi tasemel.
 Circos diagramm kahe genoomiliste tunnuste kohtaFicusgenoomid, sealhulgas kromosoomid, segmentaalsed dubleerimised (SD-d), transposoonid (LTR, TE-d, DNA TE-d), geeniekspressioon ja sünteesia |  Y-kromosoomi ja soo määramise kandidaatgeeni tuvastamine |
Zhang, X. et al."Banyanipuu ja tolmeldaja herilase genoomid annavad ülevaate viigimarja-herilaste koevolutsioonist."Lahter 183.4 (2020).
