Pikk mittekodeeriv järjestamine - Illumina
Teenuse eelised
●mRNA ja lncRNA ühine analüüsmRNA transkriptide kvantifitseerimise kombineerimisel lncRNA ja nende sihtmärkide uurimisega on võimalik saada põhjalik ülevaade rakulise vastuse aluseks olevast regulatiivsest mehhanismist.
●Laialdased teadmisedOleme töödelnud üle 230 000 proovi, hõlmates mitmesuguseid valimeid ja projektide eesmärke. Meie rikkalikud teadmised on iga projekti jaoks olemas.
●mRNA ja lncRNA ühine analüüsMe ühendame mRNA transkriptide kvantifitseerimise lncRNA ja nende sihtmärkide uurimisega, võimaldades saada põhjaliku ülevaate rakulise vastuse aluseks olevast regulatiivsest mehhanismist.
●Range kvaliteedikontrollRakendame põhilisi kontrollpunkte kõigis etappides alates proovi ettevalmistamisest kuni raamatukogu ettevalmistamise, sekveneerimise ja bioinformaatikani. Meie hoolikas jälgimine tagab järjepidevalt kõrge kvaliteediga tulemuste saavutamise.
●Põhjalik annotatsioonKasutame mitut andmebaasi diferentsiaalselt ekspresseeritud geenide (DEG) funktsionaalseks annoteerimiseks ja vastavate rikastusanalüüside tegemiseks. See terviklik lähenemisviis annab ülevaate transkriptoomi vastuse aluseks olevatest rakulistest ja molekulaarsetest protsessidest, tagades, et saate oma katse andmete kohta kogu võimaliku teabe.
●Müügijärgne tugiMe mõistame, kui oluline on kohalolek, mistõttu pakume ka pärast projekti valmimist kolmekuulist müügijärgset teenindust. Selle aja jooksul pakume projekti järelkontrolli, tõrkeotsingu abi ja küsimuste ja vastuste sessioone, et vastata kõigile tulemustega seotud küsimustele.
Proovinõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Platvorm | Soovitatud andmed | Andmete kvaliteedikontroll |
| rRNA-ga ammendunud suunaraamatukogu | Illumina PE150 | 10–16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotiidid:
| Kontsentratsioon (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Ausus |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelil on piiratud või puudub valgu- või DNA-saastumine. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; piiratud või puudub baasjoone kõrgus |
● Taimed:
Juur, vars või kroonleht: 450 mg
Leht või seeme: 300 mg
Puuvili: 1,2 g
● Loom:
Süda või soolestik: 450 mg
Siseelundid või aju: 240 mg
Lihaskude: 600 mg
Luud, juuksed või nahk: 1,5 g
● Lülijalgsed:
Putukad: 9g
Koorikloomad: 450 mg
● Täisveri:2 tuubi
● Rakud: 106 rakud
● Seerum ja plasma6 ml
Soovitatav proovi kohaletoimetamine
Pakend: 2 ml tsentrifuugituub (tinafooliumi kasutamine ei ole soovitatav)
Proovi märgistamine: rühm + kordus, nt A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Saadetis:
1. Kuivjää: Proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuivjää sisse.
2. RNA-stabiilsed katseklaasid: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatseklaasis (nt RNAstable®) ja transportida toatemperatuuril.
Teenuse töövoog
Katse kavandamine
Proovi kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgne teenindus
Bioinformaatika
- Toorandmed
- Andmete kvaliteedikontroll
- Genoomi joondamine
- Geeni struktuur (alternatiivne splaissimine, geeni struktuuri optimeerimine ja uudsete geenide ennustamine)
- Geeniekspressiooni kvantifitseerimine
- Diferentsiaalse ekspressiooni analüüs
- DEG annotatsioon ja rikastamine + diferentsiaalselt ekspresseeritud lncRNA sihtgeenid
- Transkripti identifitseerimine
- lncRNA identifitseerimine (lncRNA säilitamine ja teadaolev lncRNA)
- lncRNA sihtgeenide ennustamine
- lncRNA ekspressiooni kvantifitseerimine
- Ühine analüüs mRNA andmetega
Diferentsiaalse geeniekspressiooni (DEG) analüüs
lncRNA ekspressiooni kvantifitseerimine - klasterdamine
lncRNA sihtgeenide rikastamine
mRNA ja lncRNA ühispositsiooni analüüs – ringdiagramm (keskmine ring on mRNA ja sisemine ring on lncRNA)
Avastage BMKGene'i lncRNA sekveneerimisteenuste abil saavutatud edusamme kureeritud publikatsioonide kogu kaudu.
Ji, H. jt (2020) „Külmastressiga seotud lncRNA-de identifitseerimine, funktsionaalne ennustamine ja võtmetähtsusega lncRNA verifitseerimine rottide maksas“,Teaduslikud aruanded2020 10:1, 10(1), lk 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. jt (2021) „Integratiivne transkriptoomiline analüüs paljastab CyHV-3-resistentse karpkala tüve immuunmehhanismi“,Immunoloogia piirid, 12, lk. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ jt (2022) „Väikerakulise kopsuvähi konkureerivate endogeensete RNA regulatsioonivõrgustike multioomilisel integratsioonil põhinev prioriseerimine: molekulaarsed omadused ja ravimikandidaadid“,Onkoloogia piirid, 12, lk. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. jt (2020) „Populuse fotosünteesi aluseks oleva geenide koekspressioonivõrgustiku geneetiline lahkamine“,Taimebiotehnoloogia ajakiri, 18(4), lk 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. jt (2022) „Globaalne regulatiivne võrgustik düsreguleeritud geeniekspressiooni ja ebanormaalse metaboolse signaaliülekande jaoks immuunrakkudes Gravesi tõve ja Hashimoto türeoidiidi mikrokeskkonnas“,Immunoloogia piirid, 13, lk. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
