BMKCloud Log in
条形bänner-03

Tooted

Pikk mittekodeeriv järjestus-Illumina

Pikad mittekodeerivad RNA-d (lncRNA-d) on RNA molekulide tüüp, mille pikkus ületab 200 nt ja mida iseloomustab äärmiselt madal kodeerimispotentsiaal.LncRNA-d kui mittekodeerivate RNA-de võtmeliiget leidub peamiselt tuumas ja plasmas.Sekveneerimistehnoloogia ja bioinformatika areng võimaldab tuvastada arvukalt uudseid lncRNA-sid ja seostada neid bioloogiliste funktsioonidega.Kuhjuvad tõendid viitavad sellele, et lncRNA on laialdaselt seotud epigeneetilise regulatsiooni, transkriptsiooni regulatsiooni ja transkriptsioonijärgse regulatsiooniga.


Teenuse üksikasjad

Bioinformaatika

Demo tulemused

Juhtumiuuring

Teenuse eelised

● Teenuse eelised

● Raku- ja koespetsiifiline

● Konkreetne etapp väljendab ja esitleb dünaamilist väljendusmuutust

● Täpsed aja- ja ruumiväljenduse mustrid

● Ühine analüüs mRNA andmetega.

● BMKCloud-põhine tulemuste edastamine: platvormil on saadaval kohandatud andmekaeve.

● Müügijärgsed teenused kehtivad 3 kuud pärast projekti lõppemist

Näidisnõuded ja kohaletoimetamine

Raamatukogu

Platvorm

Soovitatavad andmed

Andmete QC

rRNA ammendumine

Illumina PE150

10 Gb

Q30≥85%

Kontsentr. (ng/μl)

Kogus (μg)

Puhtus

Terviklikkus

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230 = 0,5-2,5

Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse.

Taimedele: RIN≥6,5;

Loomadele: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

algtaseme tõus on piiratud või puudub

Nukleotiidid:

Kude: kaal (kuiv): ≥1 g

*Kudede puhul, mis on väiksemad kui 5 mg, soovitame saata kiirkülmutatud (vedelas lämmastikus) koeproov.

Rakkude suspensioon: rakkude arv = 3 × 107
*Soovitame tarnida külmutatud rakulüsaati.Kui selle rakkude arv on väiksem kui 5 × 105, on soovitatav kiirkülmutada vedelas lämmastikus.

Vereproovid:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzol ja 2 ml verd (TRIzol: Blood = 3: 1)

Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3;B1, B2, B3.....

Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuivjäässe.
2. RNA-stabiilsed torud: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatsutis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.

Teeninduse töövoog

QC näidis

Katsekujundus

proovi kohaletoimetamine

Näidiste kohaletoimetamine

Pilootkatse

RNA ekstraheerimine

Raamatukogu ettevalmistamine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Järjestus

Andmete analüüs

Andmete analüüs

Müügijärgsed teenused

Müügijärgsed teenused


  • Eelmine:
  • Järgmine:

  • Bioinformaatika

    wps_doc_12

     

    1.LncRNA klassifikatsioon

    Nelja ülaltoodud tarkvara ennustatud LncRNA liigitati 4 kategooriasse: lincRNA, antisenss-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.LncRNA klassifikatsioon on näidatud alloleval histogrammil.

    LncRNA klassifikatsioon

    LncRNA klassifikatsioon

    2. DE-lncRNA rikastamise analüüsi cis-sihitud geenid

    ClusterProfilerit kasutati bioloogiliste protsesside, molekulaarsete funktsioonide ja rakukomponentide osas diferentsiaalselt ekspresseeritud lncRNA (DE-lncRNA) cis-sihitud geenide GO rikastamise analüüsis.GO rikastamise analüüs on protsess DEG-suunatud oluliselt rikastatud GO terminite tuvastamiseks võrreldes kogu genoomiga.Rikastatud terminid esitati histogrammis, mulldiagrammis jne, nagu allpool näidatud.

    Cis-sihitud-DE-lncRNA-rikastamise geenid--mulldiagrammDE-lncRNA rikastamise analüüsi cis-sihitud geenid - mulldiagramm

     

    3. Võrreldes mRNA ja lncRNA pikkust, eksonite arvu, ORF-i ja ekspressioonikogust, saame aru erinevustest nende struktuuris, järjestuses ja muus osas ning samuti kontrollida, kas meie poolt ennustatud uudne lncRNA vastab üldistele omadustele.

    wps_doc_13

    BMK juhtum

    Dereguleeritud lncRNA ekspressiooniprofiil hiire kopsu adenokartsinoomides KRAS-G12D mutatsiooni ja P53 väljalangemisega

    Avaldatud:Raku- ja molekulaarmeditsiini ajakiri,2019

    Järjestusstrateegia

    Illumina

    Näidiste kogumine

    NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) rakud ja negatiivse kontrolli (sh-Scr) rakud saadi spetsiifilise viirusnakkuse 6. päeval.

    Peamised tulemused

    Selles uuringus uuritakse P53 knockouti ja KrasG12D mutatsiooniga hiire kopsu adenokartsinoomi aberrantselt ekspresseeritud lncRNA-sid.
    1,6424 lncRNA-d ekspresseeriti erinevalt (≥ 2-kordne muutus, P < 0,05).
    2. Kõigist 210 lncRNA-st (FC≥8) reguleeris primaarsetes KP rakkudes 11 lncRNA ekspressiooni P53, 33 lncRNA ekspressiooni KRAS ja 13 lncRNA ekspressiooni hüpoksiaga.
    3.NONMMUT015812, mis oli hiire kopsu adenokartsinoomi korral märkimisväärselt ülesreguleeritud ja P53 reekspressiooniga negatiivselt reguleeritud, tuvastati selle rakufunktsiooni analüüsimiseks.
    4. NONMMUT015812 hävitamine shRNA-de poolt vähendas KP-rakkude proliferatsiooni ja migratsioonivõimet.NONMMUT015812 oli potentsiaalne onkogeen.

    PB-täispikk-RNA-sekveneerimise-juhtumiuuring

    NONMMUT015812-knockdown KP rakkudes erinevalt ekspresseeritud geenide KEGG raja analüüs

    PB-täispikk-RNA-sekveneerimise-juhtumiuuring

    NONMMUT015812-knockdown KP rakkudes erinevalt ekspresseeritud geenide geeniontoloogia analüüs

    Viide

    Dereguleeritud lncRNA ekspressiooniprofiil hiire kopsu adenokartsinoomides, millel on KRAS-G12D mutatsioon ja P53 knockout [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584

    saada hinnapakkumist

    Kirjutage oma sõnum siia ja saatke see meile

    Saada meile oma sõnum: