Metatranskriptoomi järjestamine
Teenindusfunktsioonid
● RRNA kahanemine, millele järgneb suunaline mRNA raamatukogu ettevalmistamine.
● Sekveneerimine Illumina Novaseq.
Teenuse eelised
●Uurige keerukate mikroobide kogukondade muutusi:See juhtub transkriptsiooni tasemel ja uurige võimalikke uusi geene.
●Selgitamine mikroobikorralduste suhtlemise selgitamine peremehe või keskkonnaga.
●Põhjalik bioinformaatiline analüüs: See annab ülevaate kogukonna taksonoomilistest ja funktsionaalsetest kompositsioonidest, samuti diferentsiaalse geeniekspressiooni analüüsist.
●Ulatuslik geenide märkus:Kasutades ajakohaseid geenifunktsioonide andmebaase mikroobsete kogukondade informatiivse geeniekspressiooni teabe saamiseks.
●Müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub kaugemale projekti lõpetamisest 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ja küsimuste ja vastuste seansse tulemustega seotud päringute lahendamiseks.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Sekveneerimisplatvorm | Järjestamisstrateegia | Soovitatavad andmed | Andmete kvaliteedikontroll |
| Illumina Novaseq | PE150 | 12 GB | Q30 ≥85% |
Proovinõuded
| Kontsentratsioon (ng/µl) | Kogusumma (µg) | Maht (µL) | OD260/280 | OD260/230 | Lohutama |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1.0-2,5 | ≥6,5 |
Teeninduse töövool
Proovi kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitamine
Sekveneerimine
Andmeanalüüs
Müügijärgsed teenused
Sisaldab järgmist analüüsi:
● Andmete kvaliteedikontrolli järjestamine
● ärakirja kokkupanek
● taksonoomiline märkus ja arvukus
● Funktsionaalne annotatsioon ja arvukus
● ekspressiooni kvantifitseerimine ja diferentsiaal analüüs
Iga valimi taksonoomiline jaotus:
Beeta mitmekesisuse analüüs: UPGMA
Funktsionaalne annotatsioon - minge arvukus
Diferentsiaalne taksonoomia arvukus - lefse
Tutvuge BMKGENE meta transkriptoomika järjestamisteenuste abil kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Lu, Z. jt. (2023) „Laktaati kasutavate bakterite happeline tolerantsus bakteroidlastele aitab kaasa kitsa atsidoosi ennetamisele, mis on kohandatud kõrge kontsentraatsisaldusega dieediga”,Loomade toitumine, 14, lk 130–140. doi: 10.1016/j.aninu.2023.05.006.
Laul, Z. jt. (2017) „Tuumatuse funktsionaalse mikrobiota lahti harutamine traditsioonilises tahkis kääritamises suure läbilaskevõimega amplikonide ja metatranskriptoomika järjestamise teel”,Piirid mikrobioloogias, 8 (juuli). doi: 10.3389/fmicb.2017.01294/täis.
Wang, W. jt. (2022) „Uudsed mükoviirused, mis on avastatud fütopatogeense alternaria seene metatranskriptoomika uuringust”,Viirused, 14 (11), lk. 2552. Doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. jt. (2022) „Paralleelne metatranskriptoomi analüüs näitab taimede sekundaarsete metaboliitide lagunemist mardikate ja nende soolestiku sümbiontide abil”,Molekulaarne Ökoloogia, 31 (15), lk 3999–4016. doi: 10.1111/mec.16557.
