BMKCloud Logi sisse

Tooted

Metatranskriptoomide järjestamine

Metatranskriptoomi sekveneerimise esiletõstetud pilt

Kasutades Illumina sekveneerimistehnoloogiat, tutvustab BMKGENE metatranskriptoomide sekveneerimisteenus looduslikes keskkondades, nagu pinnas, vesi, meri, väljaheide ja soolestik, mitmesuguste mikroobide dünaamilise geeniekspressiooni, mis hõlmab eukarüoote kuni prokarüootideni ja viirusteni. Meie terviklik teenus annab teadlastele võimaluse süveneda keeruliste mikroobikoosluste täielikku geeniekspressiooni profiilidesse. Lisaks taksonoomilisele analüüsile hõlbustab meie metatranskriptoomide järjestamise teenus funktsionaalse rikastamise uurimist, valgustades erinevalt ekspresseeritud geene ja nende rolle. Avastage hulgaliselt bioloogilisi teadmisi, kui navigeerite geeniekspressiooni, taksonoomilise mitmekesisuse ja funktsionaalse dünaamika keerulistes maastikes nendes erinevates keskkonnaniššides.

Võtke meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Bioinformaatika

Demo tulemused

Esiletõstetud väljaanded

Teenuse funktsioonid

● rRNA ammendumine, millele järgneb suunatud mRNA raamatukogu ettevalmistamine.

● Sekveneerimine Illumina NovaSeqis.

Teenuse eelised

●Uurige keeruliste mikroobikoosluste muutusi:See juhtub transkriptsiooni tasemel ja uurib potentsiaalseid uusi geene.

●Mikroobide kogukonna interaktsioonide selgitamine peremehe või keskkonnaga.

●Põhjalik bioinformaatiline analüüs: see annab ülevaate kogukonna taksonoomilistest ja funktsionaalsetest koostistest, samuti diferentsiaalsest geeniekspressiooni analüüsist.

●Ulatuslik geenimärkus:Ajakohaste geenifunktsioonide andmebaaside kasutamine mikroobikoosluste informatiivse geeniekspressiooniteabe saamiseks.

●Müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.

Teenuse spetsifikatsioonid

Järjestusplatvorm	Järjestusstrateegia	Soovitatavad andmed	Andmekvaliteedi kontroll
Illumina NovaSeq	PE150	12Gb	Q30≥85%

Näidisnõuded

Kontsentratsioon (ng/µL)	Kogusumma (µg)	Maht (µL)	OD260/280	OD260/230	RIN
≥50	≥1,0	≥20	1,8-2,0	1,0-2,5	≥6,5

Teeninduse töövoog

Näidiste kohaletoimetamine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Andmete analüüs

Müügijärgsed teenused

Eelmine: De novo seente genoomi kokkupanek

Järgmine: Prokarüootse RNA sekveneerimine

Sisaldab järgmist analüüsi:

● Järjestuse andmekvaliteedi kontroll

● Transkriptsiooni kokkupanek

● Taksonoomiline annotatsioon ja arvukus

● Funktsionaalne annotatsioon ja arvukus

● Avaldise kvantifitseerimine ja diferentsiaalanalüüs

Iga proovi taksonoomiline jaotus:

Beeta mitmekesisuse analüüs: UPGMA

Funktsionaalne annotatsioon – GO arvukus

Diferentsiaalne taksonoomia arvukus – LEFSE

Tutvuge BMKGene metatranskriptoomika sekveneerimisteenustega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.

Lu, Z. et al. (2023) "Bacteroidales'i seltsi laktaati kasutavate bakterite happetaluvus aitab vältida vatsa atsidoosi teket kitsedel, kes on kohandatud suure kontsentratsiooniga dieedile",Loomade toitumine, 14, lk 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.

Song, Z. et al. (2017) "Tuumfunktsionaalse mikrobiota lahtiharutamine traditsioonilises tahkiskääritamises suure läbilaskevõimega amplikonide ja metatranskriptoomilise sekveneerimise abil"Mikrobioloogia piirid, 8 (JUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.

Wang, W. et al. (2022) "Uudsed mükoviirused, mis avastati fütopatogeense alternaria seente metatranskriptoomika uuringust",Viirused, 14(11), lk. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.

Wei, J. et al. (2022) Paralleelne metatranskriptoomi analüüs näitab taimede sekundaarsete metaboliitide lagunemist mardikate ja nende soolestiku sümbiontide poolt,Molekulaarne Ökoloogia, 31(15), lk 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.