-
Metagenoomne järjestus (NGS)
Metagenoom viitab organismide segakoosluse (nt keskkonna metagenoomi, inimese metagenoomi jne) geneetilise materjali kogumile. See sisaldab nii kultiveeritavate kui ka mittekultiveeritavate mikroorganismide genoome.Metagenoomne sekveneerimine on molekulaarne tööriist, mida kasutatakse keskkonnaproovidest ekstraheeritud segagenoomiliste materjalide analüüsimiseks, mis annab üksikasjalikku teavet liikide mitmekesisuse ja arvukuse, populatsiooni struktuuri, fülogeneetilise seose, funktsionaalsete geenide ja keskkonnateguritega korrelatsioonivõrgustiku kohta.
Platvorm:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenoomne sekveneerimine - nanopoor
Metagenoomika on molekulaarne tööriist, mida kasutatakse keskkonnaproovidest eraldatud segagenoomiliste materjalide analüüsimiseks ja mis annab üksikasjalikku teavet liikide mitmekesisuse ja arvukuse, populatsiooni struktuuri, fülogeneetilise seose, funktsionaalsete geenide ja korrelatsioonivõrgustiku keskkonnateguritega jne kohta. Hiljuti on kasutusele võetud nanopooride sekveneerimisplatvormid. metagenoomilistele uuringutele.Selle silmapaistev jõudlus lugemispikkuses suurendas suuresti allavoolu metagenoomilist analüüsi, eriti metagenoomi kokkupanekut.Kasutades lugemispikkuse eeliseid, suudab nanopooripõhine metagenoomiline uuring saavutada pidevamat kokkupanekut võrreldes haavlipüstoli metagenoomikaga.On avaldatud, et nanopooridel põhinev metagenoomika genereeris mikrobioomidest edukalt terviklikke ja suletud bakterite genoome (Moss, EL jt,Looduse biotehnoloogia, 2020)
Platvorm:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S ja 18S rRNA allüksus, mis sisaldab nii väga konserveerunud kui ka hüpermuutlikke piirkondi, on ideaalne molekulaarne sõrmejälg prokarüootsete ja eukarüootsete organismide tuvastamiseks.Kasutades järjestamist, saab neid amplikoneid konserveerunud osade põhjal sihtida ja hüpermuutuvaid piirkondi saab täielikult iseloomustada mikroobide tuvastamiseks, mis aitab kaasa uuringutele, mis hõlmavad mikroobide mitmekesisuse analüüsi, taksonoomiat, fülogeneesi jne. Ühemolekuliline reaalajas (SMRT) ) PacBio platvormi sekveneerimine võimaldab saada väga täpseid pikki lugemeid, mis võivad hõlmata täispikki amplikone (ca 1,5 Kb).Geneetilise välja laiem vaade suurendas oluliselt liikide annotatsiooni eraldusvõimet bakterite või seente kogukonnas.
Platvorm:PacBio järg II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS-i amplikonide järjestamise eesmärk on paljastada fülogenees, taksonoomia ja liikide arvukus mikroobikoosluses, uurides majapidamise geneetiliste markerite PCR-produkte, mis sisaldavad nii väga muutuvaid kui ka hüpervarieeruvaid osi.Nende täiuslike molekulaarsete sõrmejälgede kasutuselevõtt Woesese jt (1977) poolt võimaldab isolatsioonivaba mikrobioomi profiilide koostamist.16S (bakterid), 18S (seened) ja sisemise transkribeeritud speisseri (ITS, seened) sekveneerimine võimaldab tuvastada nii ohtralt esinevaid liike kui ka haruldasi ja tuvastamata liike.Sellest tehnoloogiast on saanud laialdaselt kasutatav ja peamine tööriist mikroobide erineva koostise tuvastamisel erinevates keskkondades, nagu inimese suus, sooltes, väljaheites jne.
Platvorm:Illumina NovaSeq6000
-
Bakterite ja seente kogu genoomi re-sekveneerimine
Bakterite ja seente kogu genoomi uuesti sekveneerimine on oluline vahend teadaolevate bakterite ja seente genoomide täiendamiseks, samuti mitme genoomi võrdlemiseks või uute organismide genoomide kaardistamiseks.Täpsete võrdlusgenoomide genereerimiseks, mikroobide tuvastamiseks ja muude genoomi võrdlevate uuringute tegemiseks on väga oluline järjestada bakterite ja seente genoomid.
Platvorm: Illumina NovaSeq 6000
-
Seene genoom
Biomarker Technologies pakub sõltuvalt konkreetsest uurimiseesmärgist seente genoomiuuringut, peengenoomi ja peenist täielikku genoomi.Genoomi sekveneerimist, kokkupanekut ja funktsionaalset annotatsiooni saab saavutada, ühendades järgmise põlvkonna sekveneerimise + kolmanda põlvkonna sekveneerimise, et saavutada kõrgetasemeline genoomi kokkupanek.Hi-C tehnoloogiat saab kasutada ka genoomi kokkupanemise hõlbustamiseks kromosoomi tasemel.
Platvorm:PacBio järg II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bakterite täielik genoom
Biomarker Technologies pakub sekveneerimisteenust täieliku nullvahega bakterite genoomi konstrueerimiseks.Bakterite täieliku genoomi ehitamise peamine töövoog hõlmab kolmanda põlvkonna sekveneerimist, kokkupanekut, funktsionaalset annotatsiooni ja täiustatud bioinformaatilist analüüsi, mis täidavad konkreetsed uurimiseesmärgid.Bakterite genoomi põhjalikum profiilide koostamine võimaldab paljastada nende bioloogiliste protsesside aluseks olevad põhimehhanismid, mis võiksid pakkuda ka väärtuslikku viidet kõrgemate eukarüootsete liikide genoomiuuringutele.
Platvorm:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio järg II
