Metagenoomne sekveneerimine - nanopoor
Teenuse eelised
● Kvaliteetne kokkupanek – liikide tuvastamise ja funktsionaalsete geenide prognoosimise täpsus
● Suletud bakteri genoomi isoleerimine
● Võimsam ja usaldusväärsem rakendus erinevates valdkondades, nt patogeensete mikroorganismide või antibiootikumiresistentsusega seotud geenide tuvastamine
● Võrdlev metagenoomi analüüs
Teenuse spetsifikatsioonid
| Platvorm | Järjestus | Soovitatavad andmed | Pöördeaeg |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 tööpäeva |
Bioinformaatika analüüsid
● Toorandmete kvaliteedi kontroll
● Metagenoomi kokkupanek
● Mitteliigne geenikomplekt ja annotatsioon
● Liikide mitmekesisuse analüüs
● Geneetilise funktsiooni mitmekesisuse analüüs
● Gruppidevaheline analüüs
● Seoste analüüs eksperimentaalsete tegurite suhtes
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded:
SestDNA ekstraktid:
| Proovi tüüp | Summa | Keskendumine | Puhtus |
| DNA ekstraktid | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Keskkonnanäidiste jaoks:
| Proovi tüüp | Soovitatav proovivõtuprotseduur |
| Muld | Proovide kogus: ca.5 g;Ülejäänud kuivanud aine tuleb pinnalt eemaldada;Jahvatage suured tükid ja laske läbi 2 mm filtri;Proovide alikvootid steriilsesse EP-torusse või tsürotorusse broneerimiseks. |
| Väljaheited | Proovide kogus: ca.5 g;Koguge proovid ja jagage need reserveerimiseks steriilsesse EP-torusse või krüotuubi. |
| Soolestiku sisu | Proove tuleb töödelda aseptilistes tingimustes.Peske kogutud kude PBS-ga;Tsentrifuugige PBS ja koguge sade EP-tuubidesse. |
| Muda | Proovide kogus: ca.5 g;Koguge mudaproov ja jagage see reserveerimiseks steriilsesse EP-torusse või krüotorusse |
| Veekogu | Piiratud koguse mikroobidega proovide puhul, nagu kraanivesi, kaevuvesi jne, koguge vähemalt 1 l vett ja laske see läbi 0,22 μm filtri, et rikastada membraani mikroobide olemasolu.Hoidke membraani steriilses torus. |
| Nahk | Kraapige nahapinda ettevaatlikult steriilse vatitiku või kirurgilise teraga ja asetage see steriilsesse katsutisse. |
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Külmutage proove vedelas lämmastikus 3-4 tunniks ja säilitage vedelas lämmastikus või -80 kraadises pikaajalises reservatsioonis.Näidis saatmine kuiva jääga on nõutav.
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
1. Soojuskaart: liigirikkuse rühmitus
2. KEGG metaboolsete radade annotatsiooniga funktsionaalsed geenid
3. Liikide korrelatsioonivõrk
4. CARD-i antibiootikumiresistentsuse geenide tsirkos
BMK juhtum
Nanopooride metagenoomika võimaldab alumiste hingamisteede bakteriaalse infektsiooni kiiret kliinilist diagnoosimist
Avaldatud:Looduse biotehnoloogia, 2019
Tehnilised esiletõstmised
Järjestus: Nanopore MinION
Kliiniline metagenoomika bioinformaatika: peremehe DNA ammendumine, WIMP ja ARMA analüüs
Kiire tuvastamine: 6 tundi
Kõrge tundlikkus: 96,6%
Peamised tulemused
2006. aastal põhjustas alumiste hingamisteede infektsioon (LR) maailmas 3 miljoni inimese surma.Tüüpiline meetod LR1 patogeeni tuvastamiseks on kultiveerimine, mis on halva tundlikkusega, pika pöördeajaga ja varajase antibiootikumiravi juhendamise puudumisel.Mikroobide kiire ja täpne diagnoos on pikka aega olnud tungiv vajadus.Dr Justin East Anglia ülikoolist ja tema partnerid töötasid edukalt välja nanopooripõhise metagenoomilise meetodi patogeenide tuvastamiseks.Nende töövoo kohaselt võib 99,99% peremees-DNA-st olla ammendatud.Patogeenide ja antibiootikumiresistentsete geenide tuvastamine võib lõppeda 6 tunniga.
Viide
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. ja O'Grady, J..(2019).Nanopooride metagenoomika võimaldab alumiste hingamisteede bakteriaalse infektsiooni kiiret kliinilist diagnoosimist.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
