PacBio 2+3 täispikk mRNA lahus
Omadused
● Uuringu ülesehitus:
Ühendatud proov sekveneeriti PacBio abil transkripti isovormide tuvastamiseks
Eraldi proovid (kordused ja testitavad tingimused) sekveneeritiNGS transkriptsiooni ekspressiooni kvantifitseerimiseks
● PacBio sekveneerimine CCS-režiimis, HiFi-lugemite genereerimine
● Täispikkade transkriptide järjestamine
● Analüüsiks ei ole vaja referentsgenoomi, kuid seda saab kasutada
● Bioinformaatiline analüüs hõlmab lisaks ekspressioonile geeni ja isovormi tasandil ka lncRNA, geenifusioonide, polüadenüleerimise ja geenistruktuuri analüüsi.
Eelised
● Suur täpsusHiFi loeb täpsusega >99,9% (Q30), võrreldav NGS-iga
● Alternatiivsete splaissimiste analüüsKõikide transkriptide sekveneerimine võimaldab isovormide identifitseerimist ja iseloomustamist.
● PacBio ja NGS-i tugevuste kombinatsioonSee võimaldab ekspressiooni kvantifitseerida isovormi tasandil, paljastades muutusi, mis võivad kogu geeniekspressiooni analüüsimisel varjatuks jääda.
● Laialdased teadmisedOleme töödelnud üle 2300 proovi, meie meeskond toob igasse projekti rikkaliku kogemuse.
● Müügijärgne tugiMeie pühendumus ulatub projekti valmimisest kaugemale, pakkudes 3-kuulist müügijärgset teenindusperioodi. Selle aja jooksul pakume projekti järelkontrolli, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste sessioone, et vastata kõigile tulemustega seotud küsimustele.
Proovinõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatavad andmed | Kvaliteedikontroll |
| PolüA-rikastatud mRNA CCS raamatukogu | PacBio järg II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Polü A-rikastatud | Illumina PE150 | 6–10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotiidid
|
| Kontsentratsioon (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Ausus |
| Illumina raamatukogu | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelil on piiratud või puudub valgu- või DNA-saastumine. | Taimede puhul: RIN≥4,0; Loomade puhul: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; piiratud või puudub baasjoone kõrgus |
| PacBio raamatukogu | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelil on piiratud või puudub valgu- või DNA-saastumine. | Taimed: RIN≥7,5 Loomad: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; piiratud või puudub baasjoone kõrgus |
Soovitatav proovi kohaletoimetamine
Pakend: 2 ml tsentrifuugituub (tinafooliumi kasutamine ei ole soovitatav)
Proovi märgistamine: rühm + kordus, nt A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Saadetis:
1. Kuivjää:Proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuivjää sisse.
2. RNA-stabiilsed katseklaasid: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatseklaasis (nt RNAstable®) ja transportida toatemperatuuril.
Sisaldab järgmist analüüsi:
- Toorandmed
- Kvaliteedikontroll
- Alternatiivne polüadenüleerimise analüüs (APA)
- Fusioontranskripti analüüs
- Alternatiivse splaissingu analüüs
- Universaalsete ühekoopialiste ortoloogide (BUSCO) analüüsi võrdlusuuring
- Uudse transkripti analüüs: kodeerivate järjestuste (CDS) ennustamine ja funktsionaalne annotatsioon
- lncRNA analüüs: lncRNA ja sihtmärkide ennustamine
- Mikrosatelliidi tuvastamine (SSR)
- Diferentsiaalselt ekspresseeritud transkriptide (DET) analüüs
- Diferentsiaalselt ekspresseeritud geenide (DEG) analüüs
- DEG-de ja DET-de funktsionaalne annotatsioon
BUSCO analüüs
Alternatiivse splaissingu analüüs
Alternatiivne polüadenüleerimise analüüs (APA)
Diferentsiaalselt ekspresseeritud geenide (DEG) ja transkriptide (DET9) analüüs
DET-ide ja DEG-ide valgu-valgu interaktsioonivõrgustikud
Avastage BMKGene'i PacBio 2+3 täispika mRNA sekveneerimise abil saavutatud edusamme kureeritud publikatsioonide kogu kaudu.
Chao, Q. jt (2019) „Populus tüvitranskriptoomi arengudünaamika“,Taimebiotehnoloogia ajakiri, 17(1), lk 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. jt (2022) „Askorbiinhappe sisalduse dünaamilised muutused Actinidia latifolia (askorbaadirikas viljakultuur) vilja arengu ja valmimise ajal ning sellega seotud molekulaarsed mehhanismid“,Rahvusvaheline molekulaarteaduste ajakiri, 23(10), lk. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. jt (2022) „Pariisi polüfüllide bioaktiivsete polüfülliinidega seotud biosünteesiradade geenide efektiivne ennustamine“,Kommunikatsioonibioloogia2022 5:1, 5(1), lk 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. jt (2023) „Tuta absoluta (Meyricki) transkriptoomi ja tsütokroom P450 geenide kombineeritud PacBio Iso-Seq ja Illumina RNA-Seq analüüs”,Putukad, 14(4), lk 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun jt (2019) „Transkriptoomi keerukuse uuring, kasutades PacBio üksikmolekuli reaalajas analüüsi koos Illumina RNA sekveneerimisega, et paremini mõista ritsinoolhappe biosünteesi Ricinus communis'es“,BMC genoomika, 20(1), lk 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/JOONISED/7.
