Taimede/loomade de Novo genoomi järjestamine
Teenuse eelised
Sekveneerimisplatvormide ja bioinformaatika arendamine aastalde novogenoomi kokkupanek
(Amarasinghe SL et al.,Genoomi bioloogia, 2020)
● Huvipakkuvate liikide jaoks uute genoomide konstrueerimine ja olemasolevate võrdlusgenoomide täiustamine.
● Suurem kokkupaneku täpsus, järjepidevus ja täielikkus
● Põhiressursi loomine järjestuste polümorfismi, QTL-ide, geenide redigeerimise, aretamise jms uurimiseks.
● Varustatud täieliku spektri kolmanda põlvkonna sekveneerimisplatvormidega: ühekordne genoomi kokkupaneku lahendus
● Paindlikud järjestamis- ja kokkupanekustrateegiad, mis vastavad erinevatele genoomidele ja erinevatele omadustele
● Kõrgelt kvalifitseeritud bioinformaatikute meeskond, kellel on suured kogemused keeruliste genoomikoostude, sealhulgas polüploidide, hiiglaslike genoomide jms alal.
● Üle 100 eduka juhtumi, mille avaldatud mõjutegur on üle 900
● Kromosoomitasemel genoomi kokkupanemise tööaeg kuni 3 kuud.
● Kindel tehniline tugi koos patentide ja tarkvara autoriõigustega nii eksperimentaalses kui ka bioinformaatikas.
Teenuse spetsifikatsioonid
|
Sisu
|
Platvorm
|
Loe pikkus
|
Katvus
|
| Genoomiuuring
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genoomi sekveneerimine
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi lugemist
| ≥ 30X
|
| Tere-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Töövoog
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded:
| Liigid | Pabertaskurätik | PacBio jaoks | Nanopore jaoks |
| Loomad | Vistseraalsed organid (maks, põrn jne) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Lihas | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Imetajate veri | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Kalade või lindude veri | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Taimed | Värsked lehed | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Kroonleht või vars | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Juured või seemned | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Rakud | Rakukultuur | ≥ 3 × 107 | ≥ 1 × 108 |
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)
Enamiku proovide puhul soovitame mitte säilitada etanoolis.
Näidiste märgistus: proovid peavad olema selgelt märgistatud ja identsed esitatud näidisandmete vormiga.
Saatmine: kuivjää: proovid tuleb esmalt kottidesse pakkida ja kuivjäässe matta.
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
DNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
*Siin näidatud demo tulemused pärinevad Biomarker Technologiesiga avaldatud genoomidest
1.Circos on kromosoomi tasemel genoomi koostG. rotundifoliumNanopore sekveneerimisplatvormi poolt
Wang M et al.,Molekulaarbioloogia ja evolutsioon, 2021
2. Weiningi rukki genoomi koostamise ja annotatsiooni statistika
Li G et al.,Loodusgeneetika, 2021
3.Geeni ennustamineSechium edulegenoom, mis on tuletatud kolmest ennustusmeetodist:De novoennustamine, homoloogiapõhine ennustamine ja RNA-Seq andmetel põhinev ennustamine
Fu A et al.,Aiandusuuringud, 2021
4. Tervete pikkade terminaalsete korduste tuvastamine kolmes puuvilla genoomis
Wang M et al.,Molekulaarbioloogia ja evolutsioon, 2021
5. Hi-C soojuskaartC. acuminatagenoom, mis näitab genoomi hõlmavaid kõikehõlmavaid interaktsioone.Hi-C interaktsioonide intensiivsus on võrdeline kontiigide vahelise lineaarse kaugusega.Sellel soojuskaardil olev puhas sirgjoon näitab kromosoomide kontiigide väga täpset ankurdamist.(Contig ankurdussuhe: 96,03%)
kang M et al.,Loodussuhtlus,2021. aasta
BMK juhtum
Kvaliteetne genoomikomplekt tõstab esile rukki genoomilised omadused ja agronoomiliselt olulised geenid
Avaldatud: Loodusgeneetika, 2021
Järjestusstrateegia:
Genoomi kokkupanek: PacBio CLR-režiim 20 kb raamatukoguga (497 Gb, umbes 63×)
Järjestuse korrigeerimine: NGS 270 bp DNA raamatukoguga (430 Gb, umbes 54×) Illumina platvormil
Kontiigide ankurdamine: Hi-C teek (560 Gb, umbes 71 ×) Illumina platvormil
Optiline kaart: (779,55 Gb, umbes 99×) Bionano Irysel
Peamised tulemused
1. Avaldati Weiningi rukki genoomi koost, mille genoomi kogusuurus oli 7,74 Gb (98,74% hinnangulisest genoomi suurusest voolutsütomeetria järgi).Selle koostu karkass N50 saavutas 1,04 Gb.93,67% kontiigidest kinnitati edukalt 7 pseudokromosoomile.Seda koostu hinnati ühenduskaardi, LAI ja BUSCO abil, mille tulemuseks oli kõigis hinnangutes kõrge hind.
2. Selle genoomi põhjal viidi läbi täiendavad uuringud võrdleva genoomika, geneetilise seose kaardi ja transkriptoomika kohta.Avastati rida tunnustega seotud genoomseid tunnuseid, sealhulgas genoomi hõlmavaid geenide dubleerimist ja nende mõju tärklise biosünteesi geenidele;keeruliste prolamiini lookuste füüsiline korraldus, geeniekspressiooni tunnused, mis on aluseks varajasele suundumusele, ning oletatavad kodustamisega seotud kromosomaalsed piirkonnad ja lookused rukkis.
 Circos diagramm Weiningi rukki genoomi genoomiliste tunnuste kohta |  Rukki genoomi evolutsioonilised ja kromosoomi sünteesi analüüsid |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Kvaliteetne genoomikomplekt tõstab esile rukki genoomilised omadused ja agronoomiliselt olulised geenid.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
