BMKCloud Log in
条形bänner-03

Tooted

Taime/looma kogu genoomi järjestamine

Terve genoomi resekveneerimine, tuntud ka kui WGS, võimaldab paljastada nii levinud kui ka haruldasi mutatsioone kogu genoomis, sealhulgas ühe nukleotiidi polümorfismi (SNP), sisestamise deletsiooni (InDel), struktuuri variatsiooni (SV) ja koopianumbri variatsiooni (CNV). ).SV-d moodustavad variatsioonibaasist suurema osa kui SNP-d ja neil on suurem mõju genoomile, millel on oluline mõju elusorganismidele.Pikaajaline resekveneerimine võimaldab suuri fragmente ja keerulisi variatsioone täpsemalt tuvastada, kuna pikad lugemised muudavad kromosoomide ristumise keeruliseks piirkondadeks, nagu tandemkordused, GC/AT-rikkad piirkonnad ja hüpermuutlikud piirkonnad, palju lihtsamaks.

Platvorm: Illumina, PacBio, Nanopore


Teenuse üksikasjad

Demo tulemus

Esiletõstetud väljaanne

1. Teenuse eelised

Laialdased kogemused genoomi järjestamisel enam kui 1000 liigi jaoks.

Üle 800 avaldatud juhtumi, mille kumulatiivne mõjutegur on üle 4000.

Põhjalik bioinformaatika analüüs variatsioonikõnede ja funktsioonide analüüsi kohta.

2. Teenuse spetsifikatsioonid

Platvorm

Raamatukogu

Soovitatav seq sügavus

Illumina

PE 150

SNP puhul helistab InDel ≥ 10x

SV puhul CNY helistab ≥ 30x

 

 

Nanopore

 

8 kb

SV puhul CNY helistab ≥ 20x

Pacbio

CCS

15 kb

SNP, InDeli, SV, CNY jaoks helistamine ≥ 10x

3. Näidisnõuded

Platvorm

Kontsentr.(ng/μL)

 

Summa (ng)

 

Puhtus

 

Agaroosi geel

 

OD260/280

OD260/230

1. Tühjendage põhiriba ilma või piiratudgeelil täheldatud lagunemist.

2. RNA või valgu saastumine puudub või on piiratud

 

Illumina

≥1

≥30

 

-

-

Nanopore

 

≥30

Oleneb andmemahust

10 μg raku kohta

1,7-2,2

≥1,5

Pacbio

CCS

≥50

1,7-2,2

1,8-2,5

4. Bioinformatsiooni analüüs

wps_doc_3

5. Teeninduse töövoog

proovi kohaletoimetamine

Näidiste kohaletoimetamine

Pilootkatse

DNA ekstraheerimine

Raamatukogu ettevalmistamine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Järjestus

Andmete analüüs

Andmete analüüs

数据上传-03

Andmete edastamine


  • Eelmine:
  • Järgmine:

  • 1) Genoomi kaardistamise statistika

    Tabel 1 Kaardistamise tulemuse statistika

    wps_doc_5

    Joonis 1 Lisa suuruse ja lugemite ulatuse jaotus.

    wps_doc_14 wps_doc_6

     

    2) Muutuste tuvastamine

    Joonis 2 SNP/INDEL/SV statistika ja annotatsioon proovide hulgas

    wps_doc_7 wps_doc_8

     

    Joonis 3 Genoomiülene vatatsioonide jaotus

    wps_doc_9

    3) Variatsioonide funktsionaalne annotatsioon

    wps_doc_10 wps_doc_11 wps_doc_12

     

    2019

    Looduskommunikatsioonid

    Terve genoomi resekveneerimine paljastab Brassica napuse päritolu ja selle parandamisega seotud geneetilised lookused

    2020

    PNAS

    Kuldkala (Carassius auratus) evolutsiooniline päritolu ja kodustamise ajalugu

    2021. aasta

    Taimede biotehnoloogia ajakiri

    Kahe kultiveeritud džuudiliigi võrdlusgenoomid

    2021. aasta

    Taimede biotehnoloogia ajakiri

    Köögiviljade ja õliseemnete allopolüploidse Brassicajuncea genoomsed signatuurid ja glükosinolaatide akumulatsiooni kontrollivad geneetilised lookused

    2019

    Molekulaarne taim

    Ülemaailmse rapsiseemnekogumi kogu genoomi resekveneerimine paljastab nende ökotüüpide erinevuse geneetilise aluse

    2022. aasta

    Aiandusuuringud

    Kogu genoomi hõlmav assotsiatsioonianalüüs annab molekulaarse ülevaate arbuusiseemne suuruse loomulikust varieerumisest

    2021. aasta

    Eksperimentaalbotaanika ajakiri

    Kogu genoomi hõlmav assotsiatsiooniuuring tuvastab GhSAD1 variandid, mis annavad puuvillale külma taluvuse

    2021. aasta

    Eksperimentaalbotaanika ajakiri

    Genoomi hõlmav assotsiatsiooniuuring ja transkriptoomide võrdlus paljastavad uudsed QTL ja kandidaatgeenid, mis kontrollivad rapsiseemnete kroonlehtede suurust

    saada hinnapakkumist

    Kirjutage oma sõnum siia ja saatke see meile

    Saada meile oma sõnum: