-
Hi-C-põhine kromatiini interaktsioon
Hi-C on meetod, mis on loodud genoomse konfiguratsiooni tabamiseks, kombineerides läheduspõhiseid interaktsioone ja suure läbilaskevõimega sekveneerimist. Meetod põhineb kromatiini ristseostamisel formaldehüüdiga, millele järgneb seedimine ja uuesti ligeerimine nii, et ainult kovalentselt seotud fragmendid moodustavad ligeerimisprodukte. Nende ligeerimisproduktide sekveneerimise abil on võimalik uurida genoomi 3D-organisatsiooni. Hi-C võimaldab uurida genoomi kergelt pakitud osade (A-kompartmentid, eukromatiin) ja tõenäolisemalt transkriptsiooniliselt aktiivsete piirkondade ning tihedamalt pakitud piirkondade (B-kompartmentid, heterokromatiin) jaotust. Hi-C abil saab kindlaks teha ka topoloogiliselt seotud domeenid (TAD-id), genoomi piirkonnad, millel on volditud struktuur ja millel on tõenäoliselt sarnased ekspressioonimustrid, ning kromatiini silmused, DNA piirkonnad, mis on valkudega ankurdatud ja mis on sageli rikastatud regulatiivsete elementidega, tuvastada. BMKGene'i Hi-C sekveneerimisteenus annab teadlastele võimaluse uurida genoomika ruumilisi mõõtmeid, avades uusi võimalusi genoomi regulatsiooni ja selle mõju mõistmiseks tervisele ja haigustele.
-
Kromatiini immunosadestamise sekveneerimine (ChIP-seq)
Kromatiini immunosadestamine (CHIP) on tehnika, mis kasutab antikehi DNA-d siduvate valkude ja nende vastavate genoomiliste sihtmärkide selektiivseks rikastamiseks. Selle integreerimine NGS-iga võimaldab genoomi hõlmavat DNA sihtmärkide profiilimist, mis on seotud histooni modifikatsiooni, transkriptsioonifaktorite ja teiste DNA-d siduvate valkudega. See dünaamiline lähenemine võimaldab võrrelda sidumissaite erinevates rakutüüpides, kudedes või seisundites. ChIP-Seqi rakendused ulatuvad transkriptsioonilise regulatsiooni ja arenguradade uurimisest haigusmehhanismide väljaselgitamiseni, muutes selle asendamatuks tööriistaks genoomse regulatsiooni maastike mõistmiseks ja terapeutiliste teadmiste edendamiseks.
Platvorm: Illumina NovaSeq
-
Kogu genoomi bisulfiidi sekveneerimine (WGBS)
See meetod, mis põhineb DNA bisulfiidi töötlemisel, et indutseerida metüleerimata tsütosiinide muundumist uratsiiliks (C-st U-ks), jättes samal ajal metüleeritud tsütosiinid muutmata, on DNA metülatsiooni, täpsemalt tsütosiini viienda positsiooni (5-mC), mis on geeniekspressiooni ja rakulise aktiivsuse keskne regulaator, põhjaliku uurimise kuldstandardi metoodika.
See meetod pakub ühe aluse täpsusega lahutusvõimet, mis võimaldab teadlastel metüloomi põhjalikult uurida ja proovides ebanormaalseid metülatsioonimustreid paljastada. WGBS-i abil saavad teadlased enneolematuid teadmisi genoomi hõlmavatest metülatsioonimaastikest, pakkudes nüansirikast arusaama epigeneetilistest mehhanismidest, mis on mitmesuguste bioloogiliste protsesside ja haiguste aluseks.
-
Transposaasidele ligipääsetava kromatiini analüüs suure läbilaskevõimega sekveneerimisega (ATAC-seq)
ATAC-seq on suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnika, mida kasutatakse genoomiülese kromatiini ligipääsetavuse analüüsi jaoks. See annab sügavama arusaama geenide ekspressiooni globaalse epigeneetilise kontrolli keerukatest mehhanismidest. Meetod kasutab hüperaktiivset Tn5 transposaasi avatud kromatiini piirkondade samaaegseks fragmenteerimiseks ja märgistamiseks sekveneerimisadapterite sisestamise teel. Järgnev PCR amplifikatsioon annab tulemuseks sekveneerimisteegi, mis võimaldab avatud kromatiini piirkondi põhjalikult identifitseerida kindlates aegruumi tingimustes. ATAC-seq pakub terviklikku ülevaadet ligipääsetavatest kromatiini maastikest, erinevalt meetoditest, mis keskenduvad ainult transkriptsioonifaktorite sidumissaitidele või spetsiifilistele histooni modifitseeritud piirkondadele. Nende avatud kromatiini piirkondade sekveneerimise abil paljastab ATAC-seq piirkonnad, mis on tõenäolisemalt aktiivsete regulatiivsete järjestuste ja potentsiaalsete transkriptsioonifaktorite sidumissaitide suhtes, pakkudes väärtuslikku teavet geenide ekspressiooni dünaamilise moduleerimise kohta kogu genoomis.
-
Vähendatud esindusega bisulfiidi sekveneerimine (RRBS)
Vähendatud esindusega bisulfitsekveneerimine (RRBS) tugineb CpG saarerikaste piirkondade rikastamisele MspI lõhustamise teel, millele järgneb 200-500/600 bps fragmentide suuruse valik. Järelikult sekveneeritakse ainult CpG saarte lähedal asuvad piirkonnad, samas kui kaugemate CpG saartega piirkonnad jäetakse analüüsist välja. See protsess koos bisulfitsekveneerimisega võimaldab DNA metülatsiooni kõrge eraldusvõimega tuvastamist ning sekveneerimismeetod PE150 keskendub spetsiifiliselt insertide otstele, mitte keskosale, suurendades metülatsiooni profileerimise efektiivsust.
See meetod on kujunenud kulutõhusaks ja tõhusaks alternatiiviks kogu genoomi bisulfitsekveneerimisele (WGBS) DNA metülatsiooni uuringutes. Kuigi WGBS annab põhjaliku ülevaate kogu genoomist ühe aluse resolutsiooniga, võib selle kõrge hind olla piiravaks teguriks, mille puhul RRBS leevendab seda väljakutset strateegiliselt, analüüsides valikuliselt genoomi representatiivset osa. See metoodika on hindamatu tööriist, mis võimaldab kulutõhusat DNA metülatsiooni uurimist ja edendab teadmisi epigeneetiliste mehhanismide kohta.
