-
Genoomiülene assotsiatsioonianalüüs
Genoomiüleste assotsiatsiooniuuringute (GWAS) eesmärk on tuvastada geneetilisi variante (genotüüpe), mis on seotud konkreetsete tunnustega (fenotüüpidega). Uurides geneetilisi markereid kogu genoomis suurel hulgal indiviididel, ekstrapoleerib GWAS genotüübi-fenotüübi seoseid populatsioonitaseme statistiliste analüüside abil. See metoodika leiab laialdasi rakendusi inimeste haiguste uurimisel ja loomade või taimede keerukate tunnustega seotud funktsionaalsete geenide uurimisel.
BMKGENE-s pakume suurte populatsioonide puhul genomipõhiste assotsiatsioonide (GWAS) läbiviimiseks kahte võimalust: kasutada kogu genoomi sekveneerimist (WGS) või valida vähendatud esindusega genoomi sekveneerimise meetod, st ettevõttesiseselt väljatöötatud spetsiifilise lookuse amplifitseeritud fragment (SLAF). Kuigi WGS sobib väiksemate genoomide jaoks, on SLAF kulutõhus alternatiiv pikemate genoomidega suuremate populatsioonide uurimiseks, minimeerides tõhusalt sekveneerimiskulusid ja tagades samal ajal geneetiliste markerite avastamise kõrge efektiivsuse.
-
Taime/looma kogu genoomi sekveneerimine
Kogu genoomi sekveneerimine (WGS) on tehnika, mida kasutatakse organismi genoomi kogu DNA järjestuse määramiseks korraga.
Tavaliselt jagatakse teenus kahte erinevasse rühma, olenevalt võrdlusgenoomi olemasolust:
- De novokogu genoomi sekveneerimine.Sellises olukorras puudub sekveneeritaval genoomil referentsgenoomi ja seetõttu on sekveneerimise eesmärk see genereerida (või olemasolevat täiustada). See tehnika peab kasutama nii Illumina andmeid kui ka pika lugemisega sekveneerimist, et genoomi kokkupanekut täiustada, luues lugemiste vahel kattuvuse.
- Ümberjärjestamine.See viitab teadaolevate referentsgenoomidega liikide eri isendite kogu genoomi sekveneerimisele. Selle põhjal saab isendite või populatsioonide genoomseid erinevusi täpsemalt tuvastada.
-
Evolutsiooniline geneetika
Evolutsiooniline geneetika on terviklik sekveneerimisteenus, mis on loodud pakkuma sügavat tõlgendust suure hulga isendite evolutsioonist, mis põhineb geneetilistel variatsioonidel, sealhulgas SNP-del, InDel-idel, SV-del ja CNV-del. See teenus hõlmab kõiki olulisi analüüse, mis on vajalikud populatsioonide evolutsiooniliste nihete ja geneetiliste omaduste selgitamiseks, sealhulgas populatsiooni struktuuri, geneetilise mitmekesisuse ja fülogeneetiliste seoste hindamine. Lisaks süveneb see geenivoo uuringutesse, võimaldades hinnata efektiivset populatsiooni suurust ja lahknemisaega. Evolutsioonilise geneetika uuringud annavad väärtuslikku teavet liikide päritolu ja kohanemise kohta.
BMKGENE-s pakume evolutsioonilise geneetika uuringute läbiviimiseks suurtel populatsioonidel kahte võimalust: kasutada kogu genoomi sekveneerimist (WGS) või valida vähendatud esindusega genoomi sekveneerimise meetod, st ettevõttesiseselt väljatöötatud spetsiifilise lookuse amplifitseeritud fragment (SLAF). Kuigi WGS sobib väiksemate genoomide jaoks, on SLAF kulutõhus alternatiiv pikemate genoomidega suuremate populatsioonide uurimiseks, minimeerides tõhusalt sekveneerimiskulusid.
-
Võrdlev genoomika
Võrdlev genoomika hõlmab erinevate liikide genoomide järjestuste ja struktuuride uurimist ja võrdlemist. See valdkond püüab paljastada liikide evolutsiooni, dekodeerida geenide funktsioone ja selgitada geneetilisi regulatsioonimehhanisme, tuvastades konserveerunud või lahknevaid järjestusstruktuure ja elemente erinevates organismides. Põhjalik võrdlev genoomika uuring hõlmab selliseid analüüse nagu geeniperekonnad, evolutsiooniline areng, kogu genoomi duplikatsiooni sündmused ja valikulise surve mõju.
-
Hi-C-põhine genoomi assamblee
Hi-C on meetod kromosoomide konfiguratsiooni jäädvustamiseks, kombineerides läheduspõhiseid interaktsioone ja suure läbilaskevõimega sekveneerimist. Arvatakse, et nende interaktsioonide intensiivsus on negatiivses korrelatsioonis kromosoomide füüsilise kaugusega. Seetõttu kasutatakse Hi-C andmeid kokkupandud järjestuste klasterdamiseks, järjestamiseks ja orienteerimiseks mustandigenoomis ning nende ankurdamiseks teatud arvule kromosoomidele. See tehnoloogia võimaldab kromosoomi tasemel genoomi kokkupanekut populatsioonipõhise geneetilise kaardi puudumisel. Iga üksik genoom vajab Hi-C-d.
-
Taimede/loomade de Novo genoomi järjestamine
De NovoSekveneerimine viitab liigi kogu genoomi konstrueerimisele sekveneerimistehnoloogiate abil ilma võrdlusgenoomita. Kolmanda põlvkonna sekveneerimise kasutuselevõtt ja laialdane kasutuselevõtt, mis hõlmab pikemaid lugemisi, on genoomi kokkupanekut märkimisväärselt parandanud, suurendades lugemiste kattumist. See täiustus on eriti oluline keeruliste genoomide puhul, näiteks selliste, millel on kõrge heterosügootsus, korduvate piirkondade suur osakaal, polüploidid ja korduvate elementide piirkonnad, ebanormaalne GC sisaldus või suur keerukus, mis on lühikese lugemise sekveneerimise abil tavaliselt halvasti kokku pandud.
Meie universaalne lahendus pakub integreeritud sekveneerimisteenuseid ja bioinformaatilist analüüsi, mis annab kvaliteetse de novo kokkupandud genoomi. Illumina esialgne genoomiuuring annab hinnangu genoomi suuruse ja keerukuse kohta ning seda teavet kasutatakse järgmise etapi suunamiseks, milleks on pika lugemisega sekveneerimine PacBio HiFi abil, millele järgnebde novokontigude kokkupanek. HiC kokkupaneku järgnev kasutamine võimaldab kontigude ankurdamist genoomi külge, saades kromosoomitasemel kokkupaneku. Lõpuks annoteeritakse genoomi geeniennustuse ja ekspresseeritud geenide sekveneerimise abil, kasutades lühikese ja pika lugemisega transkriptoome.
-
Inimese kogu eksoomi sekveneerimine
Inimese kogu eksoomi sekveneerimine (hWES) on laialdaselt tunnustatud kui kulutõhus ja võimas sekveneerimismeetod haigusi põhjustavate mutatsioonide täpseks kindlakstegemiseks. Kuigi eksonid moodustavad vaid umbes 1,7% kogu genoomist, mängivad nad olulist rolli, peegeldades otseselt valkude kogufunktsioonide profiili. Märkimisväärne on see, et inimese genoomis avaldub üle 85% haigustega seotud mutatsioonidest valku kodeerivates piirkondades. BMKGENE pakub terviklikku ja paindlikku inimese kogu eksoomi sekveneerimisteenust, millel on kaks erinevat eksonite püüdmise strateegiat erinevate uurimiseesmärkide saavutamiseks.
-
Spetsiifilise lookuse võimendatud fragmentide sekveneerimine (SLAF-Seq)
Selle BMKGene poolt iseseisvalt välja töötatud meetodi võib liigitada vähendatud esindusega genoomi sekveneerimise alla. See optimeerib iga projekti restriktsiooniensüümide komplekti. See tagab märkimisväärse hulga SLAF-märgiste (sekveneeritavate genoomi 400–500 bps piirkondade) genereerimise, mis on genoomis ühtlaselt jaotunud, vältides samal ajal korduvaid piirkondi, tagades seeläbi parima geneetiliste markerite avastamise.
See võimaldab kiiret genotüüpimist ja loob aluse funktsionaalsete geenide avastamiseks või evolutsiooniliseks analüüsiks, vähendades proovi maksumust, säilitades samal ajal geneetiliste markerite avastamise efektiivsuse. RRGS saavutab selle DNA seedimise teel restriktsiooniensüümidega ja keskendudes kindlale fragmendi suurusvahemikule, sekveneerides seeläbi ainult murdosa genoomist. Erinevate RRGS-metoodikate hulgas on spetsiifilise lookuse amplifitseeritud fragmentide sekveneerimine (SLAF) kohandatav ja kvaliteetne lähenemisviis.
