-
Ühetuumalise RNA sekveneerimine
Edusammud üksikute rakkude hõivamise ja individuaalse raamatukogu ehitamise tehnikas koos suure läbilaskevõimega sekveneerimisega võimaldavad geeniekspressiooni uuringuid rakupõhiselt.See võimaldab keerukate rakupopulatsioonide sügavamat ja täielikku süsteemianalüüsi, milles see väldib suures osas nende heterogeensuse varjamist, võttes kõigi rakkude keskmise.
Mõned rakud ei sobi siiski üherakulise suspensiooni valmistamiseks, mistõttu on vaja kasutada teisi proovide ettevalmistamise meetodeid – kudedest tuuma eraldamist, see tähendab, et tuum ekstraheeritakse otse kudedest või rakust ja valmistatakse sellest ühetuumaline suspensioon. rakkude järjestamine.
BMK pakub 10× Genomics ChromiumTM-il põhinevat üherakulise RNA sekveneerimisteenust.Seda teenust on laialdaselt kasutatud haigustega seotud uuringutes, nagu immuunrakkude diferentseerumine, kasvaja heterogeensus, kudede areng jne.
Ruumiline transkriptoomikiip: 10 × genoomika
Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm
-
Taime/looma kogu genoomi järjestamine
Terve genoomi resekveneerimine, tuntud ka kui WGS, võimaldab paljastada nii levinud kui ka haruldasi mutatsioone kogu genoomis, sealhulgas ühe nukleotiidi polümorfismi (SNP), sisestamise deletsiooni (InDel), struktuuri variatsiooni (SV) ja koopianumbri variatsiooni (CNV). ).SV-d moodustavad variatsioonibaasist suurema osa kui SNP-d ja neil on suurem mõju genoomile, millel on oluline mõju elusorganismidele.Pikaajaline resekveneerimine võimaldab suuri fragmente ja keerulisi variatsioone täpsemalt tuvastada, kuna pikad lugemised muudavad kromosoomide ristumise keeruliseks piirkondadeks, nagu tandemkordused, GC/AT-rikkad piirkonnad ja hüpermuutlikud piirkonnad, palju lihtsamaks.
Platvorm: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 ruumiline transkriptoom
Ruumiline transkriptoomika on teadusliku innovatsiooni esirinnas, andes teadlastele võimaluse süveneda kudede keerulistesse geeniekspressiooni mustritesse, säilitades samal ajal nende ruumilise konteksti.Erinevate platvormide keskel on BMKGene välja töötanud BMKManu S1000 ruumilise transkriptsioonikiibi, millel ontäiustatud eraldusvõime5 µM, jõudes subtsellulaarsesse vahemikku ja võimaldadesmitmetasandilised eraldusvõime sätted.Ligikaudu 2 miljoni täpiga S1000 kiip kasutab mikrosüvendeid, mis on kaetud ruumiliselt vöötkoodiga püüdmissondidega täidetud helmestega.Ruumiliste vöötkoodidega rikastatud cDNA raamatukogu valmistatakse S1000 kiibist ja sekveneeritakse seejärel Illumina NovaSeq platvormil.Ruumiliselt vöötkoodiga näidiste ja UMI-de kombinatsioon tagab genereeritud andmete täpsuse ja spetsiifilisuse.BMKManu S1000 kiibi ainulaadne atribuut seisneb selle mitmekülgsuses, pakkudes mitmetasandilisi eraldusvõime sätteid, mida saab peenhäälestada erinevatele kudedele ja detailitasemetele.See kohanemisvõime positsioneerib kiibi suurepärase valikuna erinevate ruumilise transkriptoomika uuringute jaoks, tagades täpse ruumilise rühmituse minimaalse müraga.
Kasutades BMKManu S1000 kiipi ja muid ruumilise transkriptoomika tehnoloogiaid, saavad teadlased paremini mõista rakkude ruumilist korraldust ja kudedes toimuvaid keerulisi molekulaarseid interaktsioone, pakkudes hindamatut teavet bioloogiliste protsesside aluseks olevate mehhanismide kohta paljudes valdkondades, sealhulgas onkoloogia, neuroteadus, arengubioloogia, immunoloogia ja botaanikauuringud.
Platvorm: BMKManu S1000 kiip ja Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visiumi ruumiline transkriptoom
Ruumiline transkriptoomika on tipptehnoloogia, mis võimaldab teadlastel uurida kudedes geeniekspressiooni mustreid, säilitades samal ajal nende ruumilise konteksti.Üks võimas platvorm selles domeenis on 10x Genomics Visium koos Illumina sekveneerimisega.10X Visiumi põhimõte seisneb spetsiaalsel kiibil, millel on määratud püüdmisala, kuhu asetatakse kudede lõigud.See püüdmisala sisaldab vöötkoodiga laike, millest igaüks vastab ainulaadsele ruumilisele asukohale koes.Seejärel märgistatakse koest püütud RNA molekulid pöördtranskriptsiooniprotsessi ajal ainulaadsete molekulaarsete identifikaatoritega (UMI).Need vöötkoodiga laigud ja UMI-d võimaldavad täpset ruumilist kaardistamist ja geeniekspressiooni kvantifitseerimist üherakulise eraldusvõimega.Ruumiliselt vöötkoodiga näidiste ja UMI-de kombinatsioon tagab genereeritud andmete täpsuse ja spetsiifilisuse.Selle ruumilise transkriptoomika tehnoloogia abil saavad teadlased sügavamalt mõista rakkude ruumilist korraldust ja kudedes toimuvaid keerukaid molekulaarseid interaktsioone, pakkudes hindamatut teavet bioloogiliste protsesside aluseks olevate mehhanismide kohta mitmes valdkonnas, sealhulgas onkoloogias, neuroteaduses, arengubioloogias ja immunoloogias. ja botaanilised uuringud.
Platvorm: 10X Genomics Visium ja Illumina NovaSeq
-
Täispikk mRNA sekveneerimine - nanopoor
Kuigi NGS-põhine mRNA sekveneerimine on mitmekülgne vahend geeniekspressiooni kvantifitseerimiseks, piirab selle sõltuvus lühikestest lugemistest selle tõhusust keerulistes transkriptoomilistes analüüsides.Nanopooride sekveneerimine seevastu kasutab pika lugemisega tehnoloogiat, mis võimaldab järjestada täispikka mRNA transkripte.See lähenemisviis hõlbustab alternatiivse splaissimise, geenifusioonide, polüadenüülimise ja mRNA isovormide kvantifitseerimise põhjalikku uurimist.
Nanopooride sekveneerimine tugineb nanopooride ühemolekulilistele reaalajas elektrilistele signaalidele.Kaheahelaline DNA seostub mootorivalkudest juhindudes biokilesse põimitud nanopoorvalkudega, kerides end pingeerinevuse all läbi nanopooride kanali.DNA ahela erinevate aluste poolt genereeritud eristatavad elektrilised signaalid tuvastatakse ja klassifitseeritakse reaalajas, hõlbustades täpset ja pidevat nukleotiidide järjestamist.See uuenduslik lähenemine ületab lühikese lugemise piirangud ja pakub dünaamilise platvormi keerukaks genoomianalüüsiks, sisaldab keerulisi transkriptoomilisi uuringuid.
Platvorm: Nanopore Promethion P48
-
Täispikk mRNA sekveneerimine - PacBio
Kuigi NGS-põhine mRNA sekveneerimine on mitmekülgne tööriist geeniekspressiooni kvantifitseerimiseks, piirab selle sõltuvus lühikestest lugemistest selle kasutamist keerulistes transkriptoomilistes analüüsides.PacBio sekveneerimine (Iso-Seq) seevastu kasutab pika lugemisega tehnoloogiat, mis võimaldab järjestada täispikka mRNA transkripte.See lähenemisviis hõlbustab alternatiivse splaissimise, geenifusioonide ja polüadenüülimise igakülgset uurimist, kuigi see ei ole vajalike andmete suure hulga tõttu geeniekspressiooni kvantifitseerimiseks esmane valik.
PacBio sekveneerimistehnoloogia tugineb ühemolekulilisele reaalajas (SMRT) järjestusele, mis annab selge eelise täispikkade mRNA transkriptide hõivamisel.See uuenduslik lähenemisviis hõlmab nullrežiimi lainejuhtide (ZMW) kasutamist, mikrotöödeldud süvendeid, mis võimaldavad reaalajas jälgida DNA polümeraasi aktiivsust sekveneerimise ajal.Nendes ZMW-des sünteesib PacBio DNA polümeraas komplementaarse DNA ahela, genereerides pikki lugemisi, mis hõlmavad kõiki mRNA transkripte.PacBio töötamine ümmarguse konsensusjärjestuse (CCS) režiimis suurendab täpsust, järjestades sama molekuli korduvalt.Loodud HiFi lugemiste täpsus on võrreldav NGS-iga, aidates veelgi kaasa keerukate transkriptoomiliste funktsioonide terviklikule ja usaldusväärsele analüüsile.Platvorm: PacBio Sequel II
-
Eukarüootne mRNA sekveneerimine-Illumina
mRNA sekveneerimine võimaldab spetsiifilistel tingimustel rakkudes kõigi mRNA transkriptide igakülgset profileerimist.See tipptehnoloogia on tõhus tööriist, mis toob esile keerukad geeniekspressiooniprofiilid, geenistruktuurid ja molekulaarsed mehhanismid, mis on seotud erinevate bioloogiliste protsessidega.Alusuuringutes, kliinilises diagnostikas ja ravimite väljatöötamises laialdaselt kasutusele võetud mRNA sekveneerimine annab ülevaate raku dünaamika ja geneetilise regulatsiooni keerukusest.
Platvorm: Illumina NovaSeq X
-
Mitteviitepõhine mRNA järjestus-Illumina
mRNA sekveneerimine võimaldab spetsiifilistel tingimustel rakkudes kõigi mRNA transkriptide igakülgset profileerimist.See tipptehnoloogia on tõhus tööriist, mis toob esile keerukad geeniekspressiooniprofiilid, geenistruktuurid ja molekulaarsed mehhanismid, mis on seotud erinevate bioloogiliste protsessidega.Alusuuringutes, kliinilises diagnostikas ja ravimite väljatöötamises laialdaselt kasutusele võetud mRNA sekveneerimine annab ülevaate raku dünaamika ja geneetilise regulatsiooni keerukusest.
Platvorm: Illumina NovaSeq X
-
Pikk mittekodeeriv järjestus-Illumina
Pikad mittekodeerivad RNA-d (lncRNA-d) on üle 200 nukleotiidi pikkused RNA-d, millel on minimaalne kodeerimispotentsiaal ja mis on mittekodeeriva RNA kesksed elemendid.Tuumas ja tsütoplasmas leiduvad need RNA-d mängivad olulist rolli epigeneetilises, transkriptsioonilises ja transkriptsioonijärgses regulatsioonis, rõhutades nende tähtsust raku- ja molekulaarsete protsesside kujundamisel.LncRNA sekveneerimine on võimas tööriist rakkude diferentseerumisel, ontogeneesil ja inimese haigustel.
Platvorm: Illumina NovaSeq
-
Väikese RNA sekveneerimine - Illumina
Väikesed RNA (sRNA) molekulid, mis on tavaliselt alla 200 nukleotiidi pikkused, hõlmavad mikroRNA-sid (miRNA-sid), väikseid segavaid RNA-sid (siRNA-sid) ja piwi-interakteeruvaid RNA-sid (piRNA-sid).Nende hulgas on umbes 20–24 nukleotiidi pikkused miRNA-d eriti tähelepanuväärsed nende pöördelise reguleeriva rolli tõttu erinevates rakuprotsessides.Koespetsiifiliste ja staadiumispetsiifiliste ekspressioonimustrite korral on miRNA-del erinevate liikide puhul kõrge säilivus.
Platvorm: Illumina NovaSeq
-
tsircRNA sekveneerimine-Illumina
Tsirkulaarne RNA sekveneerimine (circRNA-seq) on tsirkulaarsete RNA-de profileerimine ja analüüsimine, RNA molekulide klass, mis moodustavad suletud ahelaid mittekanooniliste splaissimise sündmuste tõttu, pakkudes neile RNA-dele suuremat stabiilsust.Kuigi on näidatud, et mõned tsircRNA-d toimivad mikroRNA käsnadena, eraldades mikroRNA-d ja takistades neil oma sihtmärk-mRNA-sid reguleerida, võivad teised tsircRNA-d suhelda valkudega, moduleerida geeniekspressiooni või omada rolli rakuprotsessides.tsircRNA ekspressioonianalüüs annab ülevaate nende molekulide reguleerivatest rollidest ja nende olulisusest erinevates rakuprotsessides, arenguetappides ja haigusseisundites, aidates kaasa RNA regulatsiooni keerukuse sügavamale mõistmisele geeniekspressiooni kontekstis.
-
Terve transkriptoomi järjestus – Illumina
Terve transkriptoomi sekveneerimine pakub terviklikku lähenemisviisi erinevate RNA molekulide profiilide koostamiseks, mis hõlmab nii kodeerivaid (mRNA) kui ka mittekodeerivaid RNA-sid (lncRNA, tsircRNA ja miRNA).See meetod jäädvustab konkreetsete rakkude täieliku transkriptsiooni antud hetkel, võimaldades rakuprotsesside terviklikku mõistmist.Tuntud ka kui "täielik RNA sekveneerimine", selle eesmärk on paljastada keerulised regulatiivsed võrgud transkriptoomi tasemel, võimaldades süvaanalüüsi, nagu konkureeriv endogeenne RNA (ceRNA) ja ühine RNA analüüs.See tähistab esimest sammu funktsionaalse iseloomustamise suunas, eriti tsircRNA-miRNA-mRNA-põhiseid tseRNA-põhiseid interaktsioone hõlmavate regulatiivsete võrkude lahtiharutamisel.
