Tooted

Ühetuumalise RNA sekveneerimine

Ühetuumalise RNA sekveneerimise esiletõstetud pilt

Edusammud üksikute rakkude hõivamise ja individuaalse raamatukogu ehitamise tehnikas koos suure läbilaskevõimega sekveneerimisega võimaldavad geeniekspressiooni uuringuid rakupõhiselt.See võimaldab keerukate rakupopulatsioonide sügavamat ja täielikku süsteemianalüüsi, milles see väldib suures osas nende heterogeensuse varjamist, võttes kõigi rakkude keskmise.

Mõned rakud ei sobi siiski üherakulise suspensiooni valmistamiseks, mistõttu on vaja kasutada teisi proovide ettevalmistamise meetodeid – kudedest tuuma eraldamist, see tähendab, et tuum ekstraheeritakse otse kudedest või rakust ja valmistatakse sellest ühetuumaline suspensioon. rakkude järjestamine.

BMK pakub 10× Genomics ChromiumTM-il põhinevat üherakulise RNA sekveneerimisteenust.Seda teenust on laialdaselt kasutatud haigustega seotud uuringutes, nagu immuunrakkude diferentseerumine, kasvaja heterogeensus, kudede areng jne.

Ruumiline transkriptoomikiip: 10 × genoomika

Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm

Võta meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Bioinformaatika

Demo tulemused

Tehniline põhimõte

Tuumade isoleerimine saavutatakse 10× Genomics ChromiumTM abil, mis koosneb kaheksa kanaliga topeltristumistega mikrofluidikasüsteemist.Selles süsteemis on vöötkoodide ja praimeri, ensüümide ja ühe tuumaga geelihelmed kapseldatud nanoliitrisesse õlitilga, mis tekitab GEM-i (Gel Bead-in-Emulsion).Kui GEM on moodustunud, viiakse igas GEM-is läbi rakkude lüüs ja vöötkoodide vabastamine.mRNA pöördtranskribeeritakse 10-kordsete vöötkoodide ja UMI-ga cDNA molekulideks, mille suhtes kohaldatakse täiendavalt standardset sekveneerimisraamatukogu konstruktsiooni.

Kude ei sobi üherakulise suspensiooni valmistamiseks

Rakk / kude	Põhjus
Värske külmutatud kude	Värskeid või kaua salvestatud organisatsioone ei õnnestu hankida
Lihasrakud, megakarüotsüüdid, rasv…	Lahtri läbimõõt on instrumenti sisenemiseks liiga suur
Maks…	Liiga habras, et murda, ei suuda eristada üksikuid rakke
Neuronrakk, aju…	Tundlikum, kergemini stressitav, muudab järjestuse tulemusi
Pankreas, kilpnääre…	Rikas endogeensete ensüümide poolest, mis mõjutavad üherakulise suspensiooni tootmist

Ühetuumaline vs üherakuline

Ühetuumaline	Üherakuline
Piiramatu raku läbimõõt	Raku läbimõõt: 10-40 μm
Materjaliks võib olla külmutatud kude	Materjal peab olema värske kude
Külmunud rakkude madal stress	Ensüümravi võib põhjustada raku stressireaktsiooni
Punaseid vereliblesid pole vaja eemaldada	Punased verelibled tuleb eemaldada
Tuuma väljendab bioinformatsiooni	Kogu rakk väljendab bioinformatsiooni