Väikese RNA sekveneerimine - Illumina
Funktsioonid
● RNA suuruse valik enne raamatukogu ettevalmistamist
● Bioinformaatiline analüüs, mis keskendub miRNA ennustamisele ja nende sihtmärkidele
Teenuse eelised
●Põhjalik bioinformaatika analüüs:võimaldab tuvastada nii tuntud kui ka uudseid miRNA-sid, tuvastada miRNA-de sihtmärke ja vastavat funktsionaalset annotatsiooni ja rikastamist mitme andmebaasiga (KEGG, GO)
●Range kvaliteedikontroll: rakendame põhilisi kontrollpunkte kõigis etappides, alates proovide ja raamatukogu ettevalmistamisest kuni järjestamise ja bioinformaatikani.See hoolikas jälgimine tagab püsivalt kvaliteetsete tulemuste saavutamise.
●Müügijärgne tugi: Meie kohustus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine.Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
●Laialdased teadmised: meie meeskond on edukalt lõpetanud mitu sRNA projekti, mis hõlmavad enam kui 100 liiki erinevates uurimisvaldkondades.
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Platvorm | Soovitatavad andmed | Andmete QC |
| Suurus valitud | Illumina SE50 | 10–20 miljonit lugemist | Q30≥85% |
Näidisnõuded:
Nukleotiidid:
| Kontsentr. (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse. | RIN≥6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; algtaseme tõus on piiratud või puudub |
● Taimed:
Juur, vars või kroonleht: 450 mg
Leht või seeme: 300 mg
Puuviljad: 1,2 g
● Loom:
Süda või soolestik: 450 mg
Siseelundid või aju: 240 mg
Lihas: 600 mg
Luud, juuksed või nahk: 1,5 g
● lülijalgsed:
Putukad: 9g
Koorik: 450 mg
● täisveri: 2 toru
● Rakud: 106 rakud
● Seerum ja plasma:6 ml
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Konteiner:
2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium ei ole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuivjäässe.
2. RNA-stabiilsed torud: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatsutis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Bioinformaatika
MiRNA identifitseerimine: struktuur ja sügavus
MiRNA diferentsiaalne ekspressioon – hiearhiline klasterdamine
Erinevalt ekspresseeritud miRNA-de sihtmärgi funktsionaalne annotatsioon
Tutvuge BMKGene'i sRNA sekveneerimisteenuste pakutavate teadusuuringute edusammudega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Chen, H. et al.(2023) "Virusinfektsioonid inhibeerivad saponiini biosünteesi ja fotosünteesi Panax notoginsengis", Plant Physiology and Biochemistry, 203, lk.108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al.(2023) "Taime FYVE domeeni sisaldav valk FREE1 seostub mikroprotsessori komponentidega, et represseerida miRNA biogeneesi", teatab EMBO, 24(1).doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al.(2023) "MicroRNA Ame-Bantam-3p kontrollib vastsete nuku arengut, sihites mitut epidermise kasvufaktori sarnase domeeni 8 geeni (megf8) mesilases, Apis mellifera", International Journal of Molecular Sciences, 24(6), lk .5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al.(2018) „MiRNA ja lihakvaliteediga seotud geenide integreeritud analüüs näitab, et Gga-MiR-140-5p mõjutab lihasesisese rasva ladestumist kanadel”, Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), lk 2421–2433.doi: 10.1159/000489649.
