Spetsiifilise lookuse võimendatud fragmentide sekveneerimine (SLAF-Seq)
Töövoog
Teenusel on in silico eelprojekteerimine, et tagada optimaalne ensüümide valik teeki ettevalmistamisel.
Tehniline skeem
Teenuse funktsioonid
● Sekveneerimine NovaSeq-il koos PE150-ga.
● Teegi ettevalmistamine topeltvöötkoodiga, mis võimaldab koondada üle 1000 proovi.
● Võrdlusgenoomist sõltumatu:
Võrdlusgenoomiga: SNP ja InDeli avastamine
Ilma võrdlusgenoomita: proovide klasterdamine ja SNP avastamine
● Sissein silicoEeldisaini etapis skriinitakse mitut restriktsiooniensüümide kombinatsiooni, et leida need, mis tekitavad SLAF-märgiste ühtlase jaotuse genoomis.
● Eelkatse käigus testitakse kolme ensüümikombinatsiooni kolmes proovis, et genereerida 9 SLAF-teeki, ja seda teavet kasutatakse projekti jaoks optimaalse restriktsiooniensüümide kombinatsiooni valimiseks.
Teenuse eelised
●Kõrge geneetilise markeri avastamineMe integreerime suure läbilaskevõimega topeltribakoodisüsteemi, mis võimaldab suurte populatsioonide samaaegset sekveneerimist ja lookusespetsiifilist amplifikatsiooni, mis suurendab efektiivsust, tagades, et siltide arv vastab erinevate uurimisküsimuste mitmekesistele nõuetele.
● Madal sõltuvus genoomistSeda saab rakendada liikidele, millel on või puudub võrdlusgenoom.
●Paindlik skeemi ülesehitusErinevate uurimiseesmärkide või liikide rahuldamiseks saab valida üheensüümilisi, kaheensüümilisi, mitmeensüümseid ja erinevat tüüpi ensüüme.
● Kõrge efektiivsus ensümaatilises seedimisesJuhtivusin silicoEeldisain ja eelkatse tagavad optimaalse disaini, millel on SLAF-märgiste ühtlane jaotumine kromosoomis (1 SLAF-märgis/4Kb) ja vähendatud korduv järjestus (<5%).
●Laialdased teadmisedMeie igasse projekti on kaasatud rikkalik kogemus, olles lõpule viinud üle 5000 SLAF-Seq projekti sadade liikide, sealhulgas taimede, imetajate, lindude, putukate ja veeorganismidega.
● Isearendatud bioinformaatika töövoogLõpptulemuse usaldusväärsuse ja täpsuse tagamiseks töötasime välja SLAF-Seqi jaoks integreeritud bioinformaatilise töövoo.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Analüüsi tüüp | Soovitatav populatsiooni skaala | Järjestusstrateegia | |
| Siltide järjestamise sügavus | Sildi number | ||
| Geneetilised kaardid | 2 vanemat ja üle 150 järglase | Vanemad: 20x WGS Järelkasv: 10x | Genoomi suurus: <400 Mb: soovitatav on WGS <1 GB: 100 000 silti 1–2 GB: 200 000 silti >2 GB: 300 000 silti Maksimaalselt 500 000 silti |
| Genoomiülesed assotsiatsiooniuuringud (GWAS) | ≥200 proovi | 10x | |
| Geneetiline evolutsioon | ≥30 proovi, kusjuures igast alamrühmast on >10 proovi | 10x | |
Teenuse nõuded
Kontsentratsioon ≥ 5 ng/µL
Kogukogus ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6–2,5
Agaroosgeel: lagunemine või saastumine puudub või on piiratud
Soovitatav proovi kohaletoimetamine
Pakend: 2 ml tsentrifuugituub
(Enamiku proovide puhul soovitame neid etanoolis mitte säilitada)
Proovi märgistamine: Proovid peavad olema selgelt märgistatud ja identsed esitatud prooviteabe vormiga.
Saatmine: Kuivjää: Proovid tuleb kõigepealt kottidesse pakkida ja kuivjää sisse matta.
Teenuse töövoog
Proovi kvaliteedikontroll
Pilootekatse
SLAF-eksperiment
Raamatukogu ettevalmistamine
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgne teenindus
Meie bioinformaatiline analüüs hõlmab järgmist:
Andmete kvaliteedikontroll ja andmete kärpimine N-rikaste lugemiste, adapteri lugemiste või madala kvaliteediga lugemiste eemaldamiseks.
Puhaste lugemiste teine kvaliteedikontroll aluste jaotuse, järjestuse kvaliteedi ja andmete hindamise kontrollimiseks, aga ka seedimise efektiivsuse ja saadud insertide kontrollimiseks.
Kui näidud on kontrollitud, on kaks võimalust:
- Võrdlusgenoomi kaardistamine
- Ilma võrdlusgenoomita: klasterdamine
Pärast seda analüüsitakse SLAF-silte, et teha variantide tuvastamise hõlbustamiseks SNP, InDel, SNV, CV tuvastamine ja annotatsioon.
SLAF-märgiste jaotus kromosoomidel:
SNP-de jaotus kromosoomides:
SNP annotatsioon
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X ja Shi C (2023) QTL-kaardistamine ja transkriptoomianalüüs suhkrusisalduse kohta viljade valmimise ajal.Pyrus pyrifolia.Esikülg. Taimeteadus.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. ja Sun, L. (2022). st1 identifitseerimine näitab valikut, mis hõlmab seemnete morfoloogia ja õlisisalduse muutumist sojaoa kodustamise ajal.Taimebiotehnoloogia ajakiri, 20(6), 1110–1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.jt.Hariliku karpkala genoomi järjestus ja geneetiline mitmekesisus,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.jt.Kultiveeritud maapähkli genoom annab ülevaate kaunviljade karüotüüpidest, polüploidse evolutsioonist ja põllukultuuride kodustamisest.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Aasta | Ajakiri | IF | Pealkiri | Rakendused |
| 2022. aasta | Looduskommunikatsioon | 17.694 | Puupojengi giga-kromosoomide ja giga-genoomi genoomne alus Pojengiliik | SLAF-GWAS |
| 2015. aastal | Uus fütoloog | 7.433 | Kodustamise jalajäljed ankurdavad agronoomilise tähtsusega genoomseid piirkondi sojaoad | SLAF-GWAS |
| 2022. aasta | Täiustatud uuringute ajakiri | 12.822 | Gossypium barbadense'i genoomiülesed kunstlikud introgressioonid G. hirsutumisse paljastavad paremad lookused puuvillakiu kvaliteedi ja saagikuse samaaegseks parandamiseks iseloomujooned | SLAF-evolutsiooniline geneetika |
| 2019. aasta | Molekulaarne tehas | 10.81 | Rahvastiku genoomianalüüs ja de novo assamblee paljastavad umbrohu päritolu Riis kui evolutsiooniline mäng | SLAF-evolutsiooniline geneetika |
| 2019. aasta | Looduse geneetika | 31.616 | Hariliku karpkala (Cyprinus carpio) genoomi järjestus ja geneetiline mitmekesisus | SLAF-i ühenduskaart |
| 2014. aastal | Looduse geneetika | 25.455 | Kultiveeritud maapähkli genoom annab ülevaate kaunviljade karüotüüpidest ja polüploididest evolutsioon ja põllukultuuride kodustamine. | SLAF-i ühenduskaart |
| 2022. aasta | Taimebiotehnoloogia ajakiri | 9.803 | ST1 identifitseerimine näitab valikut, mis hõlmab seemnemorfoloogia hääletamist ja õlisisaldus sojaoa kodustamise ajal | SLAF-markeri arendus |
| 2022. aasta | Rahvusvaheline molekulaarteaduste ajakiri | 6.208 | Nisu-Leymus mollis 2Ns (2D) identifitseerimine ja DNA-markeri väljatöötamine Disoomse kromosoomi asendamine | SLAF-markeri arendus |
| Aasta | Ajakiri | IF | Pealkiri | Rakendused |
| 2023. aastal | Taimeteaduse piirid | 6.735 | Pyrus pyrifolia viljade valmimise ajal suhkrusisalduse QTL-kaardistamine ja transkriptoomianalüüs | Geneetiline kaart |
| 2022. aasta | Taimebiotehnoloogia ajakiri | 8.154 | ST1 identifitseerimine näitab valikut, mis hõlmab seemnemorfoloogia ja õlisisalduse muutmist sojaoa kodustamise ajal
| SNP helistab |
| 2022. aasta | Taimeteaduse piirid | 6.623 | Hulless Barely fenotüüpide genoomiülene assotsiatsioonikaardistamine põuakeskkonnas.
| GWAS |
