BMKCloud Log in
条形bänner-03

Tooted

Spetsiifilise lookusega võimendatud fragmentide järjestus (SLAF-Seq)

Suure läbilaskevõimega genotüpiseerimine, eriti suuremahuliste populatsioonide puhul, on geeniassotsiatsiooniuuringute põhietapp, mis loob geneetilise aluse funktsionaalseks geenide avastamiseks, evolutsiooniliseks analüüsiks jne. Põhjaliku kogu genoomi ümbersekveneerimise asemel kasutatakse vähendatud esindusliku genoomi järjestamist (RRGS). ).Tavaliselt saavutatakse see restriktsioonifragmendi ekstraheerimisega etteantud suurusvahemikus, mida nimetatakse vähendatud esitusraamatukoguks (RRL).Spetsiifilise lookusega amplifitseeritud fragmentide järjestamine (SLAF-Seq) on enda väljatöötatud strateegia SNP genotüpiseerimiseks võrdlusgenoomiga või ilma.
Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm


Teenuse üksikasjad

Demo tulemused

Esiletõstetud väljaanded

Teenuse üksikasjad

Tehniline skeem

111

Töövoog

流程图

Teenuse eelised

Kõrge markerite avastamise efektiivsus- Suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnoloogia aitab SLAF-Seqil avastada sadu tuhandeid silte kogu genoomist.

Madal sõltuvus genoomist- Seda saab rakendada liikide puhul kas võrdlusgenoomiga või ilma.

Paindlik skeemide disain- Ühe ensüümi, kahe ensüümi, mitme ensüümi seedimist ja erinevat tüüpi ensüüme saab valida erinevate uurimiseesmärkide või liikide rahuldamiseks.Ensüümi optimaalse disaini tagamiseks kasutatakse in silico eelhindamist.

Tõhus ensümaatiline seedimine- Tingimuste optimeerimiseks viidi läbi eelkatse, mis muudab ametliku katse stabiilseks ja usaldusväärseks.Fragmentide kogumise efektiivsus võib saavutada üle 95%.

Ühtlaselt jaotatud SLAF-i sildid- SLAF-märgised on kõigis kromosoomides kõige suuremal määral jaotunud ühtlaselt, saavutades keskmiselt 1 SLAF-i 4 kb kohta.

Tõhus korduste vältimine- Korduv järjestus SLAF-Seq andmetes on vähendatud alla 5%, eriti liikide puhul, millel on palju kordusi, nagu nisu, mais jne.

Laialdased kogemused-Üle 2000 suletud SLAF-Seq projekti sadade liikide kohta, mis hõlmavad taimi, imetajaid, linde, putukaid, veeorganisme jne.

Ise välja töötatud bioinformaatiline töövoog- BMKGENE töötas välja SLAF-Seq integreeritud bioinformaatilise töövoo, et tagada lõppväljundi usaldusväärsus ja täpsus.

 

Teenuse spetsifikatsioonid

 

Platvorm

Kontsentr. (ng/gl)

Kokku (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(Maht>15μl)

1,6-2,5

Märkus. Eelkatse jaoks võetakse kolm proovi, millest igaühel on kolm ensüümskeemi.

Soovitatav järjestusstrateegia

Järjestussügavus: 10X/silt

Genoomi suurus

Soovitatavad SLAF-i sildid

< 500 Mb

100K või WGS

500 Mb - 1 Gb

100 K

1 Gb - 2 Gb

200 K

Hiiglaslikud või keerulised genoomid

300-400 tuhat

 

Rakendused

 

Soovitatav

Rahvastiku skaala

 

Järjestusstrateegia ja sügavus

 

Sügavus

 

Sildi number

 

GWAS

 

Proovide arv ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Vastavalt

genoomi suurus

 

Geneetiline evolutsioon

 

Iga üksikisikud

alarühm ≥ 10;

proovid kokku ≥ 30

 

10X

 

Soovitatav näidiste kohaletoimetamine

Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru

Enamiku proovide puhul soovitame mitte säilitada etanoolis.

Näidiste märgistus: proovid peavad olema selgelt märgistatud ja identsed esitatud näidisandmete vormiga.

Saatmine: kuivjää: proovid tuleb esmalt kottidesse pakkida ja kuivjäässe matta.

Teeninduse töövoog

QC näidis
Pilootkatse
SLAF-i eksperiment
Raamatukogu ettevalmistamine
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused

QC näidis

Pilootkatse

SLAF-katse

Raamatukogu ettevalmistamine

Järjestus

Andmete analüüs

Müügijärgsed teenused


  • Eelmine:
  • Järgmine:

  • 1. Kaarditulemuse statistika

    pilt1

    A1

    2. SLAF-i markeri väljatöötamine

    A2

    3. Variatsiooniannotatsioon

    A3

    aasta

    Ajakiri

    IF

    Pealkiri

    Rakendused

    2022. aasta

    Looduskommunikatsioonid

    17.694

    Puupojengi giga-kromosoomide ja giga-genoomi genoomne alus

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015. aasta

    Uus fütoloog

    7.433

    Kodustamise jalajäljed ankurdavad agronoomilise tähtsusega genoomseid piirkondi

    sojaoad

    SLAF-GWAS

    2022. aasta

    Teadusuuringute ajakiri

    12.822

    Gossypium barbadense'i kogu genoomi hõlmav kunstlik introgressioon G. hirsutum'i

    paljastavad paremad lookused puuvillakiu kvaliteedi ja saagise samaaegseks parandamiseks

    tunnused

    SLAF-Evolutsiooniline geneetika

    2019

    Molekulaarne taim

    10.81

    Populatsiooni genoomianalüüs ja De Novo assamblee paljastavad Weedy päritolu

    Riis kui evolutsiooniline mäng

    SLAF-Evolutsiooniline geneetika

    2019

    Loodusgeneetika

    31.616

    Karpkala Cyprinus carpio genoomijärjestus ja geneetiline mitmekesisus

    SLAF-ühenduse kaart

    2014. aasta

    Loodusgeneetika

    25.455

    Kultiveeritud maapähkli genoom annab ülevaate kaunviljade karüotüüpidest, polüploidsetest

    evolutsioon ja põllukultuuride kodustamine.

    SLAF-ühenduse kaart

    2022. aasta

    Taimede biotehnoloogia ajakiri

    9.803

    ST1 identifitseerimine näitab valikut, mis hõlmab seemnete morfoloogia autostopimist

    ja õlisisaldus sojaoa kodustamise ajal

    SLAF-Markeri arendus

    2022. aasta

    International Journal of Molecular Sciences

    6.208

    Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) identifitseerimine ja DNA markeri väljatöötamine

    Disoomne kromosoomiasendus

    SLAF-Markeri arendus

    saada hinnapakkumist

    Kirjutage oma sõnum siia ja saatke see meile

    Saada meile oma sõnum: