Kogu genoomi bisulfiidi sekveneerimine (WGBS)
See meetod, mis põhineb DNA bisulfiidi töötlemisel, et indutseerida metüleerimata tsütosiinide muundumist uratsiiliks (C-st U-ks), jättes samal ajal metüleeritud tsütosiinid muutmata, on DNA metülatsiooni, täpsemalt tsütosiini viienda positsiooni (5-mC), mis on geeniekspressiooni ja rakulise aktiivsuse keskne regulaator, põhjaliku uurimise kuldstandardi metoodika.
See meetod pakub ühe aluse täpsusega lahutusvõimet, mis võimaldab teadlastel metüloomi põhjalikult uurida ja proovides ebanormaalseid metülatsioonimustreid paljastada. WGBS-i abil saavad teadlased enneolematuid teadmisi genoomi hõlmavatest metülatsioonimaastikest, pakkudes nüansirikast arusaama epigeneetilistest mehhanismidest, mis on mitmesuguste bioloogiliste protsesside ja haiguste aluseks.
Teenuse funktsioonid
● Sekveneerimine Illumina NovaSeq seadmel.
● Nõuab referentsgenoomi.
● Bisulfiidi muundamise efektiivsuse jälgimiseks lisatakse lambda DNA-d.
Teenuse eelised
●DNA metülatsiooniuuringute kuldstandardSellel küpsel tehnoloogial on kõrge täpsus ja hea reprodutseeritavus.
●Lai leviala ja ühe baasi resolutsioon:Metüleerimiskohtade tuvastamine toimub kogu genoomi ulatuses.
●Täielik platvorm:Pakume terviklikku teenust alates proovide töötlemisest ja raamatukogu loomisest kuni sekveneerimiseni kuni bioinformaatilise analüüsini.
●Laialdased teadmisedMeil on lai valik projekte, mis hõlmavad väga erinevaid liike. BMKGENE-l on üle kümne aasta pikkune kogemus, kõrgelt kvalifitseeritud analüüsimeeskond, põhjalik sisu ja suurepärane müügijärgne tugi.
●Võimalus liituda transkriptoomilise analüüsigaVõimaldab WGBS-i integreeritud analüüsi teiste omikaandmetega, näiteks RNA-seq-ga.
Näidisspetsifikatsioonid
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatav andmeväljund | Kvaliteedikontroll |
| Bisulfitiga töödeldud | Illumina PE150 | 30x sügavus | Q30 ≥ 85% Bisulfiidi konversioon > 99% |
Näidisnõuded
| Kontsentratsioon (ng/µL) | Kogukogus (µg) | Lisanõuded | |
| Genoomne DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Piiratud lagunemine või saastumine |
Teenuse töövoog
Proovi kohaletoimetamine
DNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Andmete edastamine
Teenus sisaldab järgmist analüüsi:
● Toores sekveneerimise kvaliteedikontroll;
● Kaardistamine referentsgenoomiga;
● 5mC metüleeritud aluste tuvastamine;
● Metülatsiooni jaotuse analüüs ja annotatsioon;
● Diferentsiaalselt metüleeritud piirkondade (DMR) analüüs;
● DMR-idega seotud geenide funktsionaalne annotatsioon.
5mC metülatsiooni tuvastamine: metüleeritud saitide tüübid
Metülatsiooni kaart. 5mC metülatsiooni genoomiülene jaotus
Väga metüleeritud piirkondade annotatsioon
Diferentsiaalselt metüleeritud piirkonnad: seotud geenid
Diferentsiaalselt metüleeritud piirkonnad: seotud geenide annotatsioon (geeni ontoloogia)
Avastage BMKGene'i kogu genoomi bisulfit-sekvenseerimise teenuste abil saavutatud edusamme kureeritud publikatsioonide kogu kaudu.
Fan, Y. jt (2020) „DNA metülatsiooniprofiilide analüüs lammaste skeletilihaste arengu ajal, kasutades täisgenoomi bisulfitsekveneerimist”,BMC genoomika, 21 (1), lk 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. jt (2022) „Uudsed deoksüribonukleiinhappe metülatsiooni häired töötajatel, kes puutuvad kokku vinüülkloriidiga“,Toksikoloogia ja töötervishoid, 38(7), lk 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. jt (2020) „Seosed genoomi metülatsiooni, mittekodeerivate RNA-de, mRNA-de ja metaboliitide tasemete vahel valmivates tomativiljades“,Taimede ajakiri, 103(3), lk 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
