BMKCloud Log in
条形bänner-03

Tooted

Terve transkriptoomi järjestus – Illumina

Terve transkriptoomi sekveneerimine pakub terviklikku lähenemisviisi erinevate RNA molekulide profiilide koostamiseks, mis hõlmab nii kodeerivaid (mRNA) kui ka mittekodeerivaid RNA-sid (lncRNA, tsircRNA ja miRNA).See meetod jäädvustab konkreetsete rakkude täieliku transkriptsiooni antud hetkel, võimaldades rakuprotsesside terviklikku mõistmist.Tuntud ka kui "täielik RNA sekveneerimine", selle eesmärk on paljastada keerulised regulatiivsed võrgud transkriptoomi tasemel, võimaldades süvaanalüüsi, nagu konkureeriv endogeenne RNA (ceRNA) ja ühine RNA analüüs.See tähistab esimest sammu funktsionaalse iseloomustamise suunas, eriti tsircRNA-miRNA-mRNA-põhiseid tseRNA-põhiseid interaktsioone hõlmavate regulatiivsete võrkude lahtiharutamisel.


Teenuse üksikasjad

Bioinformaatika

Demo tulemused

Esiletõstetud väljaanded

Funktsioonid

● Kahekordne raamatukogu täieliku transkriptoomi järjestamiseks: rRNA ammendumine, millele järgneb PE150 raamatukogu ettevalmistamine ja suuruse valik, millele järgneb SE50 raamatukogu ettevalmistamine

● mRNA, lncRNA, tsircRNA ja miRNA täielik bioinformaatika analüüs eraldi bioinformaatika aruannetes

● Kogu RNA ekspressiooni ühine analüüs kombineeritud aruandes, sealhulgas ceRNA võrkude analüüs.

Teenuse eelised

Regulatiivsete võrgustike süvaanalüüs: ceRNA võrguanalüüsi võimaldab mRNA, lncRNA, tsirRNA ja miRNA ühine sekveneerimine ning põhjalik bioinformaatiline töövoog.

Põhjalik annotatsioon: kasutame erinevalt ekspresseeritud geenide (DEG) funktsionaalseks märkimiseks ja vastava rikastamisanalüüsi tegemiseks mitut andmebaasi, mis annab ülevaate transkriptoomivastuse aluseks olevatest raku- ja molekulaarsetest protsessidest.

Laialdased teadmised: meie meeskond on edukalt lõpetanud üle 2000 terve transkriptsiooniprojekti erinevates uurimisvaldkondades ja toob igasse projekti kaasa hulgaliselt kogemusi.

Range kvaliteedikontroll: rakendame põhilisi kontrollpunkte kõigis etappides, alates proovide ja raamatukogu ettevalmistamisest kuni järjestamise ja bioinformaatikani.See hoolikas jälgimine tagab püsivalt kvaliteetsete tulemuste saavutamise.

● Põhjalik annotatsioon: kasutame erinevalt ekspresseeritud geenide (DEG) funktsionaalseks märkimiseks ja vastava rikastamisanalüüsi tegemiseks mitut andmebaasi, mis annab ülevaate transkriptoomivastuse aluseks olevatest raku- ja molekulaarsetest protsessidest.

Müügijärgne tugi: Meie kohustus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine.Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud küsimustele

Näidisnõuded ja kohaletoimetamine

Raamatukogu

Järjestusstrateegia

Soovitatavad andmed

Kvaliteedi kontroll

rRNA ammendunud

Illumina PE150

16 Gb

Q30≥85%

Suurus valitud

Illumina SE50

10-20 miljonit lugemist

 

Näidisnõuded:

Nukleotiidid:

Kontsentr. (ng/μl)

Kogus (μg)

Puhtus

Terviklikkus

≥ 100

≥ 1

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230 = 0,5-2,5

Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse.

Taimed: RIN≥6,5

Loom: RIN≥7,0

5,0≥28S/18S≥1,0;

algtaseme tõus on piiratud või puudub

Soovitatav näidiste kohaletoimetamine

Konteiner:
2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium ei ole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3;B1, B2, B3.....

Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuivjäässe.
2. RNA-stabiilsed torud: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatsutis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.

Teeninduse töövoog

QC näidis

Katsekujundus

proovi kohaletoimetamine

Näidiste kohaletoimetamine

Pilootkatse

RNA ekstraheerimine

Raamatukogu ettevalmistamine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Järjestus

Andmete analüüs

Andmete analüüs

Müügijärgsed teenused

Müügijärgsed teenused


  • Eelmine:
  • Järgmine:

  • Bioinformaatika

    wps_doc_16

    RNA ekspressiooni ülevaade

     图片41

    Erinevalt ekspresseeritud geenid

    图片42

     

     

    ceRNA analüüs

     图片43Erinevalt ekspresseeritud miRNA-d ja nendega seotud RNA-d

    图片44 

     Tutvuge BMKGene'i kogu transkriptsioonide järjestamise teenustega seotud teadusuuringute edusammudega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.

     

    Dai, Y. et al.(2022) "MRNA-de, lncRNA-de ja miRNA-de põhjalikud ekspressiooniprofiilid RNA-sekveneerimisega tuvastatud Kashin-Becki tõve korral", Molecular Omics, 18(2), lk 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.

    Liu, N. nan et al.(2022) "Apis cerana külmakindluse täispikk transkriptoomide analüüs Changbai mäestikus talvitumisperioodil." Gene, 830, lk 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.

    Wang, XJ jt.(2022) „Konkureerivate endogeensete RNA regulatsioonivõrkude mitmekülgne integreerimine väikerakulise kopsuvähi korral: molekulaarsed omadused ja ravimikandidaadid”, Frontiers in Oncology, 12, lk.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.

    Xu, P. et al.(2022) „LncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ekspressiooniprofiilide integreeritud analüüs näitab uudseid teadmisi võimalikest mehhanismidest vastuseks juuresõlme nematoodidele maapähklis”, BMC Genomics, 23(1), lk 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.

    Yan, Z. et al.(2022) „Terve transkriptoomiline RNA sekveneerimine tõstab esile molekulaarsed mehhanismid, mis on seotud brokoli koristusjärgse kvaliteedi säilitamisega punase LED-kiirguse abil”, Postharvest Biology and Technology, 188, lk.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.

    saada hinnapakkumist

    Kirjutage oma sõnum siia ja saatke see meile

    Saada meile oma sõnum: