10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ezaugarriak
● Bereizmena: 100 µM
● Spot Diametroa: 55 µM
● Leku kopurua: 4992
● Harrapatzeko eremua: 6,5 x 6,5 mm
● Barra-kodeko puntu bakoitza 4 atalez osatutako inprimagailuz kargatuta dago:
- poli(dT) isatsa mRNA-ren abiarazterako eta cDNA sintesirako
- Identifikatzaile Molekular Bakarra (UMI) anplifikazio-alborapena zuzentzeko
- Barra-kode espaziala
- Irakurketa partzialaren 1 sekuentziazio-abiarazlearen lotura-sekuentzia
● Atalen H&E tindaketa
Abantailak
●Leihatila bakarreko zerbitzua: esperientzia eta trebetasunetan oinarritutako urrats guztiak integratzen ditu, krio-sekzioa, tindaketa, ehunen optimizazioa, barra-kode espaziala, liburutegien prestaketa, sekuentziazioa eta bioinformatika barne.
● Gaitasun handiko talde teknikoa: 250 ehun mota baino gehiagotan eta 100 espezie baino gehiagotan, gizakia, sagua, ugaztuna, arraina eta landareak barne.
●Proiektu osoaren denbora errealean eguneratzea: aurrerapen esperimentalaren kontrol osoarekin.
●Bioinformatika estandar integrala:paketeak 29 analisi eta kalitate handiko 100 zifra baino gehiago biltzen ditu.
●Datu pertsonalizatuak aztertzea eta bistaratzea: ikerketa-eskaera desberdinetarako eskuragarri.
●Aukerako baterako azterketa zelula bakarreko mRNA sekuentziazioarekin
Zehaztapenak
| Lagin-baldintzak | Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate kontrola |
| OCT-n txertatutako krio laginak, FFPE laginak (Diametro optimoa: 6x6x6 mm3 inguru) 3 bloke lagin bakoitzeko | 10X Visium cDNA liburutegia | Illumina PE150 | 50K PE irakurketa leku bakoitzeko (60 Gb) | RIN>7 |
Laginak prestatzeko orientabideei eta zerbitzu-fluxuari buruzko xehetasun gehiago lortzeko, mesedez hitz egin aske aBMKGENE aditua
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginak prestatzeko fasean, hasierako RNA erauzketa saiakuntza bat egiten da, kalitate handiko RNA bat lor daitekeela ziurtatzeko.Ehunen optimizazio fasean atalak tindatu eta bistaratzen dira eta ehunetatik mRNA askatzeko iragazkortasun-baldintzak optimizatzen dira.Ondoren, optimizatutako protokoloa liburutegiaren eraikuntzan aplikatzen da, eta ondoren sekuentziatu eta datuen analisia egiten da.
Zerbitzuaren lan-fluxu osoak denbora errealeko eguneraketak eta bezeroen berrespenak dakartza, erantzunaren begizta bat mantentzeko, proiektuaren exekuzio egokia bermatuz.
Honako analisia barne hartzen du:
Datuen Kalitate Kontrola:
o Datuen irteera eta kalitate puntuaren banaketa
o Leku bakoitzeko gene detekzioa
o Ehunen estaldura
Barne-laginaren analisia:
o Gene-aberastasuna
o Spot clustering, dimentsio murriztuko analisia barne
o Klusterren arteko adierazpen diferentzialaren analisia: gene markatzaileen identifikazioa
o Adierazpen funtzionala eta gene markatzaileen aberastea
Taldeen arteko analisia
o Bi laginetako orbanak (adibidez, gaixoak eta kontrola) konbinatzea eta birmultzoa
o Kluster bakoitzeko gene markatzaileen identifikazioa
o Adierazpen funtzionala eta gene markatzaileen aberastea
o Taldeen arteko kluster beraren adierazpen diferentziala
Barne-laginaren analisia
Lekuen multzokatzea
Gene markatzaileen identifikazioa eta banaketa espaziala
Taldeen arteko analisia
Bi taldeetako datuen konbinazioa eta bir-kluster
Multzo berrien gene markatzaileak
Arakatu 10X Visium-ek BMKGene-ren transcriptomics espazial zerbitzuak errazten dituen aurrerapenak Argitalpen aipagarri hauetan:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, ugaztunen atxikimenduko GPCRen Drosophila homologo potentziala, eulietan injektatutako zelula onkogenikoen aurkako tumore-erreakzioetan parte hartzen du', Amerikako Estatu Batuetako Zientzien Akademia Nazionaleko Aktak, 120(30), or.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL enables high-resolution delineation of spatiotemporal transcriptomic data', Briefings in Bioinformatics, 24 (2), 1-10 orr.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Organogenesiaren atlas espaziotemporal bat orkideen loreen garapenean', Nucleic Acids Research, 50 (17), 9724–9737 or.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integrating Spatial Transcriptomics and Single-nucleus RNA Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomioma', International Journal of Biological Sciences, 19 (8), 2515-2530 orr.doi: 10.7150/IJBS.83510.
