16S/18S/ITS Anplikoi Sekuentziazioa-NGS
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Sekuentziazio plataforma: Illumina NovaSeq.
● 16S, 18S eta ITS-ren eskualde laburren anplifikazioa, beste anplifikazio-helburu batzuen artean.
● Anplikonen aukera malguak.
● Anplifikazio-helburu anitzekin aurreko proiektu-esperientzia.
Zerbitzuaren abantailak
●Isolamendurik gabe:Ingurumen-laginetan mikrobioen osaera azkarra identifikatzea.
●Bereizmen handiaIngurumen-laginetan ugaritasun txikiko osagaietan.
●Oso aplikagarriaKomunitate mikrobiano anitzen azterketak.
●Bioinformatika Analisi IntegralaQIIME2 pakete berriena (ekologia mikrobianoari buruzko ikuspegi kuantitatiboa), datu-base, oharpen eta OTU/ASV arloetako analisi anitzekin.
●Esperientzia zabalaUrtero 150 mila anplikoi sekuentziazio proiektu egiten dituenez, BMKGENEk hamarkada bat baino gehiagoko esperientzia, analisi talde oso trebea, eduki osoa eta salmenta osteko laguntza bikaina ditu.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Liburutegia | Sekuentziazio Estrategia | Gomendatutako datuak |
| Anplikona | Illumina PE250 | 50/100/300K etiketak (Irakurketa bikoteak) |
Zerbitzu-eskakizunak
| Kontzentrazioa (ng/µL) | Kopuru osoa (ng) | Bolumena (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Lurzorua/lohia: 1-2g
● Heste-edukia - animalia: 0,5-2 g
● Heste-edukia-intsektuak: 0,1-0,25 g
● Landarearen gainazala (sedimentu aberastua): 0,1-0,5 g
● Hartzidura-saldaz aberastutako sedimentua): 0,1-0,5 g
● Gorotzak (animalia handiak): 0,5-2 g
● Gorotzak (saguarenak): 3-5 ale
● Biriketako albeoloen garbiketa-likidoa: iragazki-papera
● Baginako hisopoa: 5-6 hisopo
● Larruazaleko/genitaletako hisopoa/listu/ahoko ehun bigunak/faringeko hisopoa/untesteko hisopoa: 2-3 hisopo
● Gainazaleko mikroorganismoak: iragazki-papera
● Ur-masa/airea/biofilma: iragazki-papera
● Endofitoak: 1-2g
● Hortz-plaka: 0,5-1 g
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Honako analisi hauek barne hartzen ditu:
- Datu gordinaren kalitatearen kontrola
- OTU multzokatzea / Zarata kentzea (ASV)
- OTU oharra
- Alfa dibertsitatearen analisia: hainbat indize, besteak beste, Shannon, Simpson eta ACE.
- Beta dibertsitatearen analisia
- Taldeen arteko analisia
- Korrelazio-analisia: ingurumen-faktoreen eta OUT konposizioaren eta dibertsitatearen artekoa
- 16S gene funtzionalaren iragarpena
Banaketa taxonomikoaren histograma
taxonomiko ugaritasunaren multzokatzearen bero-mapa
Alfa dibertsitatearen analisia: arrarifikazio-kurba
beta dibertsitatearen analisia: NMDS
Taldeen arteko analisia: LEFSE biomarkatzaileen aurkikuntza
Arakatu BMKGene-ren anplikoi sekuentziazio zerbitzuek Illumina-rekin batera ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Dong, C. et al. (2022) 'Eucommia ulmoides-en errizosferako lurzoruaren eta azalaren mikrobiotaren muntaketa, mikrobiota nagusia eta funtzioa', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Gardnerella vaginalis-ek eragindako bakterio-baginosiaren tratamendurako bakterio-partzuergo sintetikoen transplantea saguetan', Microbiome, 11(1), 1–14 or. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. eta Liu, H. (2022) 'Lunar Palace 365' lurrean oinarritutako bizitza-euskarri bioerregeneratibo itxiko esperimentuan bildutako aire-hautsaren mikrobiomak', Environmental Microbiomes, 17(1), 1–20 or. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Nitrogenoaren eraldaketarekin lotutako gene funtzionalen lehengaien araberako ugaritasunak konpostatzean nitrogeno galera kontrolatzen du', Bioresource Technology, 361, 127678. or. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
