BMKCloud Log in
条形banner-03

Produktuak

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

16S/18S/ITS anplikoien sekuentziazioak mikrobio-komunitate batean filogenia, taxonomia eta espezieen ugaritasuna agerian uztea du helburu, zati oso konversatuak eta hiperaldagaiak dituzten etxeko markatzaile genetikoen PCR produktuak ikertuz.Woeses et al-ek (1977) hatz-marka molekular perfektu hauek sartzeak isolamendurik gabeko mikrobiomaren profila ahalbidetzen du.16S (bakterioak), 18S (onddoak) eta Barne transkribatutako espazioa (ITS, onddoak) sekuentziatzeak espezie ugariak zein espezie arraroak eta identifikatu gabekoak identifikatzeko aukera ematen du.Teknologia hau oso erabilia eta tresna nagusi bihurtu da mikrobioen konposizio diferentziala identifikatzeko hainbat ingurunetan, hala nola gizakiaren ahoan, hesteak, gorotzak, etab.

Plataforma:Illumina NovaSeq plataforma


Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

● Ingurugiro-laginetan mikrobioen konposizioa isolatu gabe eta azkar identifikatzea

● Bereizmen handia ingurumen-laginetan ugaritasun gutxiko osagaietan

● Azken QIIME2-ren analisi-fluxua datu-baseari, oharpenei, OTU/ASVri dagokionez hainbat analisirekin.

● Errendimendu handikoa, zehaztasun handiagoa

● Hainbat mikrobio-komunitate ikerketetarako aplikagarria

● BMK-k esperientzia zabala du urtean 100.000 lagin baino gehiagorekin, lurra, ura, gasa, lohiak, gorotzak, hesteak, azala, hartzidura-salda, intsektuak, landareak, etab.

● BMKCloud-ek 45 analisi-tresna pertsonalizatu zituen datuen interpretazioa erraztu zuen

Zerbitzuaren zehaztapenak

SekuentziazioaPlataforma

Liburutegia

Gomendatutako datuen etekina

Gutxi gorabeherako epea

Illumina NovaSeq plataforma

PE250

50K/100K/300K etiketak

30 Egun

Bioinformatikako analisiak

● Datu gordinak kalitate kontrola

● OTU clustering/De-noise (ASV)

● OTU oharpena

● Alfa aniztasuna

● Beta aniztasuna

● Taldeen arteko analisia

● Faktore esperimentalen aurkako elkartze-analisia

● Funtzio geneen iragarpena

16S

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

Izan ereDNAren laburpenak:

Lagin mota

Zenbatekoa

Kontzentrazioa

Garbitasuna

DNAren laburpenak

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Ingurumen laginetarako:

Lagin mota

Gomendatutako laginketa-prozedura

Lurzorua

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Gainontzeko substantzia ihartua gainazaletik kendu behar da;Pieza handiak xehatu eta 2 mm-ko iragazkitik pasatu;Alikuota laginak EP-hodi antzuetan edo zirohodietan erreserbatzeko.

Gorotzak

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta alikuota laginak EP-hodi edo kriohodi antzuetan erreserbatzeko.

Hesteetako edukiak

Laginak baldintza aseptikoetan prozesatu behar dira.Garbitu bildutako ehuna PBSarekin;Zentrifugatu PBS eta bildu hauspeatzailea EP-hodietan.

Lohiak

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta lohi-lagina EP-hodi antzuan edo kriotudian erreserbatzeko

Ur-gorputza

Mikrobio kopuru mugatua duten laginetarako, hala nola iturriko ura, putzu-ura, etab., jaso gutxienez 1 L ur eta pasa 0,22 μm-ko iragazkia mintzean mikrobioak aberasteko.Gorde mintza hodi esterila batean.

Azala

Kontu handiz urratu larruazaleko gainazala kotoizko kotoiarekin edo pala kirurgikoarekin eta jarri hodi esterila batean.

Laginaren entrega gomendatua

Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradu epe luzerako erreserbarako.Laginak izotz lehorrekin bidaltzea beharrezkoa da.

Zerbitzuaren Lan Fluxua

laginaren entrega

Laginaren entrega

Liburutegiaren Prestaketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Datuen azterketa

Salmenta osteko Zerbitzuak

Salmenta osteko zerbitzuak


  • Aurrekoa:
  • Hurrengoa:

  • 1.Espezieen banaketa

    3

    2.Bero-mapa: Espezieen aberastasunaren multzokatzea

    4

    3.Fakzioaren kurba arraroa

    5

    4.NMDS azterketa

    6

    5.Lefse azterketa

    7

     

     

     

    BMK kasua

    2 motako diabetesa duten eta ez duten gizabanako obesoek hesteetako mikrobioen gaitasun funtzional eta konposizio desberdinak erakusten dituzte

    Argitaratu:Zelula ostalaria eta mikrobioa, 2019

    Sekuentziazio estrategia:

    Diabetesa ez argala (n=633);obesoa ez-diabetesa (n=494);Obesitatea-2 motako diabetesa (n=153);
    Helburuko eskualdea: 16S rDNA V1-V2
    Plataforma: Illumina Miseq (NGS-en oinarritutako anplikoien sekuentziazioa)
    DNAren laburpenen azpimultzoa Illumina Hiseq-en sekuentziazio metagenomikoa jasan zuten

    Emaitza nagusiak

    Gaixotasun metaboliko hauen mikrobio-profilak arrakastaz bereizi ziren.
    16S sekuentziazioak sortutako mikrobioen ezaugarriak alderatuz, obesitatea mikrobioen konposizioan, ezaugarri indibidualetan, batez ere Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, eta abarretako aldaketekin lotuta zegoela aurkitu zen. .

    Erreferentzia

    Thingholm, LB, et al."2 motako diabetesa duten eta ez duten obesoek hesteetako mikrobioen gaitasun funtzional eta konposizio desberdinak erakusten dituzte".Zelula ostalaria eta mikrobioa26.2 (2019).

     

    jaso aurrekontua

    Idatzi zure mezua hemen eta bidali iezaguzu

    Bidali zure mezua: