BMKCloud-en saioa hasi

Produktuak

16S/18S/ITS Anplikoi Sekuentziazioa-PacBio

16S eta 18S rRNA geneak, Barneko Transkripzio Espazatzailearekin (ITS) batera, funtsezko hatz-marken markatzaile molekularrak dira, eskualde oso kontserbatuen eta hiperaldakorren konbinazioari esker, eta horrek tresna baliotsu bihurtzen ditu organismo prokarioto eta eukariotoak karakterizatzeko. Eskualde hauen anplifikazioa eta sekuentziazioa isolamendurik gabeko ikuspegia eskaintzen du hainbat ekosistematako konposizio eta dibertsitate mikrobianoa ikertzeko. Illumina sekuentziazioak normalean 16S eta ITS1 bezalako eskualde hiperaldakor laburrak hartzen ditu jomugan, baina frogatu da anotazio taxonomiko hobea lor daitekeela 16S, 18S eta ITS-en luzera osoa sekuentziatuz. Ikuspegi integral honek zehaztasunez sailkatutako sekuentzien ehuneko handiagoak lortzen ditu, espezieen identifikaziora hedatzen den bereizmen maila lortuz. PacBioren Molekula Bakarreko Denbora Errealeko (SMRT) sekuentziazio plataforma nabarmentzen da irakurketa luze (HiFi) oso zehatzak eskaintzen dituelako, amplikon osoak estaltzen dituztenak, Illumina sekuentziazioaren zehaztasunaren parekoa izanik. Gaitasun honek ikertzaileei abantaila paregabea lortzeko aukera ematen die: paisaia genetikoaren ikuspegi panoramikoa. Estaldura zabalak espezieen anotazioaren bereizmena nabarmen handitzen du, batez ere bakterio edo onddo komunitateetan, mikrobio populazioen konplexutasunak sakonago ulertzeko aukera emanez.

Jarri gurekin harremanetan

Zerbitzuaren xehetasunak

Bioinformatika

Demoaren emaitzak

Argitalpen aipagarriak

Zerbitzuaren Ezaugarriak

● Sekuentziazio plataforma: PacBio Revio

● Sekuentziazio modua: CCS (HiFi irakurketak)

● Helburu eskualdearen anplifikazioa eta ondoren amplikoien tandem lotura HiFi SMRT kanpai liburutegia prestatu aurretik

Zerbitzuaren abantailak

●Taxonomiaren bereizmen handiagoa: THan amplikon laburren sekuentziazioa,espezie mailan OTU sailkapen-tasak altuagoak ahalbidetuz.

●Oinarrizko deialdi oso zehatzakPacBio CCS moduko sekuentziazioa (HiFi irakurketak).

●Isolamendurik gabekoaIngurumen-laginetan mikrobioen osaera azkarra identifikatzea.

●Oso aplikagarriaKomunitate mikrobiano anitzen azterketak.

●Bioinformatika analisi integralaQIIME2 pakete berriena (ekologia mikrobianoari buruzko ikuspegi kuantitatiboa), datu-base, anotazio eta OTU/ASV arloetako analisi anitzekin.

●Esperientzia zabalaUrtero milaka anplikoi sekuentziazio proiektu egiten dituenez, BMKGENEk hamarkada bat baino gehiagoko esperientzia, analisi talde oso trebea, eduki osoa eta salmenta osteko laguntza bikaina eskaintzen ditu.

Zerbitzuaren zehaztapenak

Liburutegia	Sekuentziazio Estrategia	Gomendatutako datuak
Anplikona	PacBio Revio	10/30/50 K etiketak (CCS)

Laginaren eskakizunak

Kontzentrazioa (ng/µL)	Kopuru osoa (µg)	Bolumena (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Gomendatutako lagin-bidalketa

Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradutan epe luzerako erreserba egiteko. Lagina izotz lehorrarekin bidaltzea beharrezkoa da.

Zerbitzuaren lan-fluxua

Laginaren entrega

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Datuen analisia

Salmenta osteko zerbitzuak

Aurrekoa: 16S/18S/ITS Anplikoi Sekuentziazioa-NGS

Hurrengoa: Transposasa bidezko kromatina eskuratzeko saiakuntza, sekuentziazio-errendimendu handikoarekin (ATAC-seq)

Honako analisi hauek barne hartzen ditu:

● Datu gordinen kalitatearen kontrola

●OTU multzokatzea/zarata kentzea (ASV)

●OTU oharra

●Alfa dibertsitatearen analisia: hainbat indize, besteak beste, Shannon, Simpson eta ACE.

●Beta dibertsitatearen analisia

●Taldeen arteko analisia

● Korrelazio-analisia: ingurumen-faktoreen eta OUT konposizioaren eta dibertsitatearen artekoa

●16S gene funtzionalaren iragarpena

Banaketa taxonomikoaren histograma

Komunitatearen banaketaren zuhaitz filogenetikoa

Alfa aniztasunaren analisia: ACE

indizea

Beta dibertsitatearen analisia: PCoA

Taldeen arteko analisia: ANOVA

Arakatu BMKGene-ren anplikoi sekuentziazio zerbitzuek PacBio-rekin batera ahalbidetzen dituzten aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.

Gao, X. eta Wang, H. (2023) 'Alpeetako belardi batean bi hazkuntza-etapa dituzten Alpeetako Merino ardietan, Rumeneko bakterioen profilen eta funtzioen analisi konparatiboa, fenologia desberdinetara egokitzean (berrezartzea vs. belartsua).', Fermentation, 9(1), 16. or. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Basamortuko lurzoruetako materia ilun mikrobianoa harrapatzea kulturomikan oinarritutako metagenomika eta bereizmen handiko analisia erabiliz', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), 1–14 or. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Gantz-azidoen gatzen eraginak alpapa, arroz-lasto eta gari-zahiarekin prestatutako silo nahasiaren hartzidura-ezaugarrietan, bakterioen dibertsitatean eta egonkortasun aerobikoan', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), 1475–1487 or. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Oxidazio-estresaren biomarkatzaileen eta hesteetako mikrobiotaren arteko elkarrekintza Sonchus brachyotus DC.-ren erauzkinek oxazolonak eragindako hesteetako estres oxidatiboan zebra-arrain helduengan dituzten efektu antioxidatzaileetan', Antioxidants 2023, 12. liburukia, 192. orrialdea, 12(1), 192. or. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.