BMKCloud Log in
条形banner-03

Produktuak

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

16S eta 18S rRNAren azpiunitatea oso kontserbatuak eta hiperaldagarriak diren eskualdeak dituena hatz-marka molekular ezin hobea da organismo prokariotoak eta eukariotoak identifikatzeko.Sekuentziazioa aprobetxatuz, anplikoi hauek kontserbatutako zatietan oinarrituta bideratu daitezke eta eskualde hiperaldagaiak guztiz karakterizatu daitezke mikrobioen identifikaziorako, mikrobioen dibertsitatearen azterketa, taxonomia, filogenia, etab. ) PacBio plataformaren sekuentziazioak irakurketa luzeak oso zehatzak lortzeko aukera ematen du, luzera osoko anplikoiak (1,5 Kb inguru) estal ditzaketenak.Eremu genetikoaren ikuspegi zabalak bakterioen edo onddoen komunitateko espezieen oharpenen bereizmena asko hobetu zuen.

Plataforma:PacBio Sequel II


Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

1

● Irakurketa luzeak 16S/18S/ITS-ren sekuentzia luzea erakusten dutenak

● Oinarrizko deiak oso zehatzak PacBio CCS moduaren sekuentziazioarekin

● Espezie mailako bereizmena OTU/ASV oharpenean

● Azken QIIME2-ren analisi-fluxua datu-baseari, oharpenei, OTU/ASVri dagokionez hainbat analisirekin.

● Hainbat mikrobio-komunitate ikerketetarako aplikagarria

● BMK-k esperientzia zabala du urtean 100.000 lagin baino gehiagorekin, lurra, ura, gasa, lohiak, gorotzak, hesteak, azala, hartzidura-salda, intsektuak, landareak, etab.

● BMKCloud-ek 45 analisi-tresna pertsonalizatu zituen datuen interpretazioa erraztu zuen

Zerbitzuaren zehaztapenak

SekuentziazioaPlataforma

Liburutegia

Gomendatutako datuak

Erantzun Denbora

PacBio Sequel II

SMRT-kanpaia

5K/10K/20K etiketak

44 lanegun

Bioinformatikako analisiak

● Datu gordinak kalitate kontrola

● OTU clustering/De-noise (ASV)

● OTU oharpena

● Alfa aniztasuna

● Beta aniztasuna

● Taldeen arteko analisia

● Faktore esperimentalen aurkako elkartze-analisia

● Funtzio geneen iragarpena

16akPacbio

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

Izan ereDNAren laburpenak:

Lagin mota

Zenbatekoa

Kontzentrazioa

Garbitasuna

DNAren laburpenak

> 1 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Ingurumen laginetarako:

Lagin mota

Gomendatutako laginketa-prozedura

Lurzorua

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Gainontzeko substantzia ihartua gainazaletik kendu behar da;Pieza handiak xehatu eta 2 mm-ko iragazkitik pasatu;Alikuota laginak EP-hodi antzuetan edo zirohodietan erreserbatzeko.

Gorotzak

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta alikuota laginak EP-hodi edo kriohodi antzuetan erreserbatzeko.

Hesteetako edukiak

Laginak baldintza aseptikoetan prozesatu behar dira.Garbitu bildutako ehuna PBSarekin;Zentrifugatu PBS eta bildu hauspeatzailea EP-hodietan.

Lohiak

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta lohi-lagina EP-hodi antzuan edo kriotudian erreserbatzeko

Ur-gorputza

Mikrobio kopuru mugatua duten laginetarako, hala nola iturriko ura, putzu-ura, etab., jaso gutxienez 1 L ur eta pasa 0,22 μm-ko iragazkia mintzean mikrobioak aberasteko.Gorde mintza hodi esterila batean.

Azala

Kontu handiz urratu larruazaleko gainazala kotoizko kotoiarekin edo pala kirurgikoarekin eta jarri hodi esterila batean.

Laginaren entrega gomendatua

Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradu epe luzerako erreserbarako.Laginak izotz lehorrekin bidaltzea beharrezkoa da.

Zerbitzuaren Lan Fluxua

laginaren entrega

Laginaren entrega

Liburutegiaren Prestaketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Datuen azterketa

Salmenta osteko Zerbitzuak

Salmenta osteko zerbitzuak


  • Aurrekoa:
  • Hurrengoa:

  • 1.V3+V4(Illumina) oinarritutako mikrobioen komunitatearen profilaren ohartarazpen-tasa vs. luzera (PacBio) oinarritutako profila.
    (Ausaz hautatutako 30 proiekturen datuak aplikatu ziren estatistiketarako)

    3

    2. Luzera osoko anplikoien sekuentziazio-tasa espezie-mailan lagin mota desberdinetan

    4

    3.Espezieen banaketa

    5
    4.Zuhaitz filogenetikoa

    6

    BMK kasua

    Artsenikoaren esposizioak heste-hesiaren kalteak eragiten ditu eta ondorioz heste-gibelaren ardatzaren aktibazioa eragiten du ahateetan gibelaren hantura eta piroptosia.

    Argitaratu:Ingurumen osoaren Zientzia,2021

    Sekuentziazio estrategia:

    Laginak: Kontrola vs 8 mg/kg ATO jasandako taldea
    Sekuentziazio datuen etekina: 102.583 CCS sekuentzia gordinak guztira
    Kontrola: 54.518 ± 747 CCS eraginkorra
    ATOren eraginpean: 45.050 ± 1675 CCS eraginkorra

    Emaitza nagusiak

    Alfa aniztasuna:ATO esposizioak nabarmen aldatu zuen hesteetako mikrobioen aberastasuna eta aniztasuna ahateetan.

    Metastatikoak aztertzea:
    Filum mailan: 2 bakterio phyla kontrol-taldeetan bakarrik detektatu dira
    Genero mailan: 6 genero ugaritasun erlatiboan nabarmen desberdinak aurkitu ziren
    Espezie mailan: 36 espezie identifikatu ziren guztira, horietako 6 nabarmen desberdinak biziberritzeko ugaritasunean.

    Erreferentzia

    Thingholm, LB, et al."2 motako diabetesa duten eta ez duten obesoek hesteetako mikrobioen gaitasun funtzional eta konposizio desberdinak erakusten dituzte".Zelula ostalaria eta mikrobioa26.2 (2019).

    jaso aurrekontua

    Idatzi zure mezua hemen eta bidali iezaguzu

    Bidali zure mezua: