BMKMANU S1000 transkriptome espaziala
BMKMANU S1000 Transcriptome Espaziala Eskema Teknikoa
BMKMANU S1000ren abantailak
1) Zelula azpiko bereizmena: Harrapaketa-eremu bakoitzak > 2 milioi barra-kode espazialak zituen 2,5 µm-ko diametroa eta 5 µm-ko tartea puntu-zentroen artean, transkriptoma espazialaren analisia ahalbidetuz bereizmen azpizelularrarekin (5 µm).
2) Maila anitzeko bereizmenaren analisia: 100 μm eta 5 μm bitarteko maila anitzeko analisi malgua, ehunen ezaugarri anitzak bereizmen optimoan ebazteko.
3) Transkriptomaren profil osoa: ehun-diapositiba osotik atzemandako transkripzioak azter daitezke, xede-geneen eta xede-eremuaren mugarik gabe.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Datuen irteera gomendatzen da |
| S1000 cDNA liburutegia | BMKMANU S1000-Illumina PE150 | 60 Gb/lagin |
Lagin-baldintzak
| Lagina | Zenbakia | Tamaina | RNA kalitatea |
| OCT txertatutako ehun-blokea | 2-3 bloke/lagina | Gutxi gorabehera.6,8x6,8x6,8 mm3 | RIN≥7 |
Laginak prestatzeko orientabideei eta zerbitzu-fluxuari buruzko xehetasun gehiago lortzeko, mesedez hitz egin aske aBMKGENE aditua
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
Aurre-esperimentua
Barra-kode espaziala
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
BMKMANU S1000-k sortutako datuak BMKGENEk independenteki diseinatutako "BSTMatrix" softwarearen bidez aztertzen dira, besteak beste:
1) Gene-adierazpen matrizea sortzea
2) HE irudien tratamendua
3) Analisirako hirugarrenen softwarearekin bateragarria
4) Lineako "BSTViewer"-ek bereizmen ezberdinetan bistaratzeko emaitzak lortzen laguntzen du.
1.Spot clustering
2.Banaketa espaziala
Note: Ebazpenamaila=13 (100 µm, ezkerra); 7 (50 µm, eskuinera)
3.Markatzaile-adierazpen ugari multzokatzea bero-mapa
4.Laginen arteko datuen analisia
