BMKCloud Log in
条形banner-03

Produktuak

Bulked Segregant analisia

Bulked segregant analysis (BSA) fenotipoarekin lotutako markatzaile genetikoak azkar identifikatzeko erabiltzen den teknika da.BSAren lan-fluxu nagusiak fenotipo oso kontrajarriak dituzten bi gizabanako talde hautatzen ditu, gizabanako guztien DNA batuz bi DNAren zati bat osatzeko, bi multzoen arteko sekuentzia diferentzialak identifikatuz.Teknika hau oso erabilia izan da landare/animalien genometan zuzendutako geneekin oso lotuta dauden marka genetikoak identifikatzeko.


Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

12

Takagi et al., The plant journal, 2013

● Lokalizazio zehatza: 30 + 30 eta 200 + 200 pertsonarekin ontziratuak nahastea hondoko zarata minimizatzeko;mutante ez-sinonimoetan oinarritutako eskualde hautagaien iragarpena.

● Azterketa integrala: gene hautagaiaren funtzioen oharpen sakona, NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etab.

● Erantzuteko denbora azkarragoa: geneen lokalizazio azkarra 45 lanegunetan.

● Esperientzia zabala: BMK-k milaka ezaugarriren lokalizazioan lagundu du, hainbat espezie barne hartuta: laboreak, uretako produktuak, basoak, loreak, fruituak, etab.

Zerbitzuaren zehaztapenak

Biztanleria:
Fenotipo kontrajarriak dituzten gurasoen ondorengoak bereiztea.
adib. F2 ondorengoak, Backcrossing (BC), Birkonbinazio endogamia-lerroa (RIL)

Nahasketa igerilekua
Ezaugarri kualitatiboetarako: 30 eta 50 banako (gutxienez 20)/masa
Tratis kuantitatiboetarako: populazio osoan muturreko fenotipoak dituzten %5 eta %10eko indibiduo nagusiak (gutxienez 30+30).

Sekuentziazio-sakonera gomendatua
Gutxienez 20X/guraso eta 1X/kume-banako (adibidez, 30+30 banakako ondorengoen nahasketa-igerilekuan, sekuentziazio-sakonera 30X izango da multzo bakoitzeko)

Bioinformatikako analisiak

● Genoma osoaren birsekuentziazioa
 
● Datuen tratamendua
 
● SNP/Indel deia
 
● Hautagaien eskualdeko emanaldia
 
● Hautagaien gene-funtzioaren oharpena

流程图-BS-A1

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

Nukleotidoak:

gDNA lagina

Ehun-lagina

Kontzentrazioa: ≥30 ng/μl

Landareak: 1-2 g

Kantitatea: ≥2 μg (Bolumena ≥15 μl)

Animaliak: 0,5-1 g

Garbitasuna: OD260/280= 1,6-2,5

Odol osoa: 1,5 ml

Zerbitzuaren Lan Fluxua

Lagina QC

Esperimentuen diseinua

laginaren entrega

Laginaren entrega

Esperimentu pilotua

RNA erauzketa

Liburutegiaren Prestaketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Datuen azterketa

Salmenta osteko Zerbitzuak

Salmenta osteko zerbitzuak


  • Aurrekoa:
  • Hurrengoa:

  • 1.Elkarteen analisiaren oinarria Euklidean Distantzian (ED) eskualde hautagaia identifikatzeko.Hurrengo irudian

    X ardatza: Kromosoma zenbakia;Puntu bakoitzak SNP baten ED balio bat adierazten du.Lerro beltza egokitutako ED balioari dagokio.ED balio handiagoak gunearen eta fenotipoaren arteko lotura esanguratsuagoa adierazten du.Marra gorriak asoziazio esanguratsuaren atalasea adierazten du.

    mRNA-FLNC-irakurketa-luzera-banaketa

     

    2.SNP-indizerik gabeko elkarteen analisia

    X ardatza: Kromosoma zenbakia;Puntu bakoitzak SNP-indizearen balioa adierazten du.Lerro beltzak SNP-indizearen balio egokitua adierazten du.Zenbat eta balioa handiagoa izan, orduan eta esanguratsuagoa da elkartea.

    mRNA-Osa-ORF-luzera-banaketa

     

    BMK kasua

    Fnl7.1 ezaugarri kuantitatiboko efektu nagusiak pepinoaren fruitu lepoaren luzerarekin lotutako enbriogenesi berantiarreko proteina ugaria kodetzen du.

    Argitaratu: Landare Bioteknologia Aldizkaria, 2020

    Sekuentziazio estrategia:

    Gurasoak (Jin5-508, YN): genoma osoa birsekuentziatzea 34× eta 20×-rako.

    DNA-igerilekuak (50 lepo luze eta 50 lepo labur): 61× eta 52×-rako birsekuentziazioa

    Emaitza nagusiak

    Azterketa honetan, populazio bereizketa (F2 eta F2: 3) lepo luzeko pepino lerroa Jin5-508 eta lepo laburreko YN zeharkatuz sortu zen.Muturreko lepo luzeko 50 pertsona eta muturreko lepo motzeko 50 gizabanakok bi DNA-igerileku eraiki zituzten.Efektu nagusiko QTL Chr07-n identifikatu zen BSA analisiaren eta QTL mapeo tradizionalaren bidez.Eskualde hautagaia gehiago murriztu zen mapeo finaren, gene-adierazpenaren kuantifikazioaren eta esperimentu transgenikoen bidez, lepoaren luzera kontrolatzeko gene gakoa agerian utzi zutenak, CsFnl7.1.Horrez gain, CsFnl7.1 eskualde sustatzaileko polimorfismoa dagokion adierazpenarekin lotuta zegoela aurkitu zen.Azterketa filogenetiko gehiagok iradoki zuen Fnl7.1 locus-a oso litekeena dela Indiatik sortua izatea.

    PB-luzera osoa-RNA-Sekuentziazioa-kasu-azterketa

    QTL-mapping BSA analisian pepinoaren lepoaren luzerari lotutako eskualde hautagaia identifikatzeko

    PB-luzera osoa-RNA-epaketa-alternatiboa

    Chr07-n identifikatutako pepino lepoko QTL-ren LOD profilak

     
    Erreferentzia

    Xu, X., et al."Fnl7.1 ezaugarri kuantitatiboko efektu nagusiak pepinoaren fruitu lepoaren luzerarekin lotutako enbriogenesi berantiarreko proteina ugaria kodetzen du".Landare Bioteknologia aldizkaria 18.7 (2020).

    jaso aurrekontua

    Idatzi zure mezua hemen eta bidali iezaguzu

    Bidali zure mezua: