Genomika Konparatiboa
Zerbitzuaren abantailak
●Esperientzia zabala eta argitalpen erregistroakMetatutako datuekin, BMKGenek 90 genomika konparatiboko proiektu baino gehiago burutu ditu, eta 900eko inpaktu-faktore metatua lortu du.
●Bioinformatika analisi integrala: analisi paketeak zortzi analisi ohikoenak ditu, argitaratzeko prest dauden irudi ondo diseinatuak eskainiz eta emaitzen interpretazio erraza ahalbidetuz
●Bioinformatika talde oso trebea eta analisi ziklo laburraGenomika konparatiboko analisian esperientzia handia duenez, BMKGene-ko taldeak analisi pertsonalizatuen eskaera anitzak betetzen ditu denbora gutxian.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Aurreikusitako itzulera-denbora | Espezie kopurua | Analisiak |
| 30 lanegun | 6 - 12 | Gene familien multzokatzea Geneen familien hedapena eta uzkurdura Zuhaitz filogenetikoaren eraikuntza Dibergentzia denboraren estimazioa (fosilen kalibrazioa beharrezkoa da) LTR txertatze denbora (landareentzat) Genoma osoaren bikoizketa (landareentzat) Presio selektiboa Sintenia-analisia |
Bioinformatika analisiak
● Gene familia
● Filogenetika
● Dibergentzia denbora
● Presio selektiboa
● Sintenia-analisia
Laginaren eskakizunak eta entrega
Laginaren eskakizunak:
Genomaren sekuentziazio eta muntaketarako ehuna edo DNA
Ehunetarako
| Espezieak | Ehuna | Inkesta | Pacbio CCS |
| Animalia | Ehun biszerala | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g |
| Gihar ehuna | |||
| Ugaztunen odola | ≥ 0,3 ml | ≥ 1 mL | |
| Hegazti/arrain odola | ≥ 0,05 ml | ≥ 0,1 ml | |
| Intsektua | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g | |
| Landare | Hosto freskoa | ≥ 0,5 g | ≥ 2 g |
| Uretako organismoa | Gihar ehuna | ≥ 0,3 g | ≥ 1,5 g |
| Algak | ≥ 0,5 g | ≥ 3,0 g | |
| Zelulak | Zelulak landuak | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 |
Datuak
Espezie estuki erlazionatuen genomaren sekuentzia fitxategiak (.fasta) eta anotazio fitxategiak (.gff3)
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
*Hemen erakusten diren demo emaitzak Biomarker Technologies-ekin argitaratutako genometatik datoz.
1. LTR txertatze-denboraren estimazioa: Irudiak Weining zekalearen genoman LTR-RT txertatze-denboren banaketa bimodal berezia erakusten du, beste espezie batzuekin alderatuta. Azken gailurra duela 0,5 milioi urte inguru agertu zen.
Li Guang eta beste batzukNaturaren Genetika, 2021
2. Chayotearen (Sechium edule) filogenia eta gene familien azterketa: Chayote eta gene familiako beste 13 espezie erlazionatuak aztertuz, Chayote suge-kalabazarekin (Trichosanthes anguina) erlazionatuena dela ikusi zen. Chayote suge-kalabazatik eratorria zen duela 27-45 milioi urte inguru, eta genoma osoaren bikoizketa (WGD) ikusi zen chayotean duela 25±4 milioi urte, hau da, cucuibitaceae-ko hirugarren WGD gertaera.
Fu A eta beste batzukLorezaintza Ikerketa, 2021
3. Sintesiaren analisia: Fruituen garapenean fitohormonekin lotutako gene batzuk txaiotean, suge-kalabazan eta kuiatxoan aurkitu ziren. Txaiotearen eta kuiatxoaren arteko korrelazioa txaiotearen eta suge-kalabazaren artekoa baino zertxobait handiagoa da.
Fu A eta beste batzukLorezaintza Ikerketa, 2021
4. Gene familien analisia: G.thurberi eta G.davidsonii genometan gene familien hedapenean eta uzkurtzean KEGG aberasteak esteroideen biosintesia eta brassinoesteroideen biosintesiarekin lotutako geneak hedatu egin zirela erakutsi zuen.
Yang Z eta beste batzukBMC Biologia, 2021
5. Genoma osoaren bikoizketa-analisia: 4DTV eta Ks banaketa-analisiak genoma osoaren bikoizketa-gertaera erakutsi zuen. Espezie barruko gailurrek bikoizketa-gertaerak erakutsi zituzten. Espezie arteko gailurrek espeziazio-gertaerak erakutsi zituzten. Analisiak adierazi zuen beste hiru espezie estuki erlazionatuekin alderatuta, O. europaea duela gutxi eskala handiko gene-bikoizketa bat izan zuela.
Rao G eta beste batzukLorezaintza Ikerketa, 2021
BMK kasua
Arrosa arantzarik gabe: hezetasun-egokitzapenarekin lotutako ikuspegi genomikoak
Argitaratua: Zientzia Aldizkari Nazionala, 2021
Sekuentziazio estrategia:
Basye-renArantzarik gabekoa'(R.Wichurainan) genoma:
Gutxi gorabehera 93 X PacBio + gutxi gorabehera 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Emaitza nagusiak
1. Kalitate handiko R.wichuraiana genoma sekuentziazio luzeko teknikak erabiliz eraiki zen, eta 530,07 Mb-ko muntaketa eman zen (genomaren tamaina estimatua 525,9 Mb ingurukoa zen fluxu-zitometriaren bidez eta 525,5ekoa genomaren azterketaren bidez; heterozigositatea % 1,03 ingurukoa zen). BUSCOren puntuazio estimatua % 93,9koa izan zen. "Old blush" (haploOB)-rekin alderatuta, genoma honen kalitatea eta osotasuna base bakarreko zehaztasunaren eta LTR muntaketa-indizearen bidez (LAI = 20,03) berretsi zen. R.wichuraiana genomak 32.674 proteina kodetzaile gene ditu.
2. Genomika konparatiboa, transkriptomika eta populazio genetikoaren QTL analisiak barne hartzen dituen multi-omika analisi bateratuak R. wichuraiana eta Rosa chinensis arteko espeziazio erabakigarria agerian utzi zuen. Gainera, QTL-ko gene erlazionatuen adierazpen-aldakuntzak zurtoinaren arantza-ereduarekin lotuta egon zitezkeen.
Basye's Thornless eta Rosa chinensis arteko genomika-analisi konparatiboak, sintenia-analisia, gene-familia multzokatzea, hedapen eta uzkurdura-analisia barne, arrosen ezaugarri garrantzitsuekin lotutako aldakuntza ugari agerian utzi zituen. NAC eta FAR1/FRS gene-familiaren hedapen berezia orban beltzaren aurkako erresistentziarekin lotuta egon liteke.
BT eta haploOB genomen arteko genomikaren analisi konparatiboa.
Zhong, M., et al. “Arantzarik gabeko arrosa: hezetasun-egokitzapenarekin lotutako ikuspegi genomikoak”Zientzia Aldizkari Nazionala, 2021;, nwab092.
