BMKCloud Log in
条形banner-03

Produktuak

Genomika Konparatua

Genomika konparatiboak, literalki, espezie ezberdinen genoma sekuentzia eta egitura osoak alderatzea esan nahi du.Diziplina honek espezieen bilakaera, gene-funtzioa, gene-erregulazio-mekanismoa genoma mailan ezagutaraztea du helburu, espezie ezberdinetan kontserbatu edo bereizten diren sekuentzia-egiturak eta elementuak identifikatuz.Genomika konparatiboko ohiko azterketak geneen familian, garapen ebolutiboan, genoma osoaren bikoizketan, presio selektiboan, etab.


Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

1 Konparazio-genomika

● Analisien pakete integrala, gehien eskatzen diren zortzi analisiak biltzen dituena

● Fidagarritasun handia analisian, emaitzen interpretazio zehatza eta erraz ulergarria izanik

● Ondo diseinatutako figurak argitaratzeko prest

● Gaitasun handiko bioinformatika-taldeak hainbat analisi pertsonalizatuen eskakizunak betetzen ditu

● Erantzuteko denbora laburragoa analisian zehaztasun handiagoarekin

● Esperientzia ugari 90 kasu arrakastatsu baino gehiagorekin argitaratutako inpaktu-faktore metatua 900etik gorakoa

Zerbitzuaren zehaztapenak

Gutxi gorabeherako epea

Espezie kopurua

Azterketak

30 lanegun

6-12

Gene-familia multzokatzea

Gene-familiaren hedapena eta uzkurdura

Zuhaitz filogenetikoa eraikitzea

Dibergentzia denboraren estimazioa (fosilen kalibrazioa behar da)

LTR sartzeko denbora (Landareetarako)

Genoma osoa bikoiztea (Landareentzat)

Presio selektiboa

Sinteniaren analisia

Bioinformatikako analisiak

● Gene familia

● Filogenetika

● Dibergentzia-denbora

● Presio selektiboa

● Sinteniaren analisia

流程图Genomika Konparatua

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

Genomaren sekuentziazio eta muntaketa egiteko ehuna edo DNA

Ehunetarako

Espezieak

Ehuna

Inkesta

PacBio CCS

Animalia

Ehun erraia

0,5 ~ 1 g

≥ 3,5 g

Muskulu-ehuna

≥ 5,0 g

≥ 5,0 ml

Ugaztunen odola

≥ 0,5 ml

Hegazti/arrain odola

Landarea

Hosto Freskoa

1 ~ 2 g

≥ 5,0 g

 

Petalo/Zurtoina

1 ~ 2 g

≥ 10,0 g

 

Erro/Hazia

1 ~ 2 g

≥ 20,0 g

Zelulak

Zelula haziak

-

≥ 1 x 108

Datuak

Erlazionatutako espezieen genomaren sekuentzia fitxategiak (.fasta) eta oharpen fitxategiak (.gff3)

Zerbitzuaren Lan Fluxua

Lagina QC

Esperimentuen diseinua

laginaren entrega

Laginaren entrega

Liburutegiaren Prestaketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Datuen azterketa

Salmenta osteko Zerbitzuak

Salmenta osteko zerbitzuak


  • Aurrekoa:
  • Hurrengoa:

  • *Hemen erakusten diren demo-emaitzak Biomarker Technologies-ekin argitaratutako genometatik datoz

    1.LTR txertatze-denboraren estimazioa: irudiak LTR-RT-ak txertatzeko denboran banaketa bimodal berezia erakusten du Weining zekalearen genoman, beste espezie batzuekin alderatuta.Azken gailurra duela 0,5 milioi urte inguru agertu zen.

    3LTR-txertatzeko-denbora-kalkulua-Weining-zekalea

    Li Guang et al.,Naturaren Genetika, 2021

     

     

    2.Filogenia eta gene-familiaren analisia chayotearen gainean (Sechium edule): Chayotearen eta geneen familiako beste 13 espezie erlazionatuta aztertuta, Chayote-a suge-kalabazarekin (Trichosanthes anguina) erlaziorik estuena zuela aurkitu zen.27-45 Mya inguruan suge-kalabaz eratorritako chayote eta genoma osoko bikoizketa (WGD) 25±4 Mya-n ikusi zen chayotean, hau da, cucuibitaceae-en hirugarren WGD gertaera.

    4Chayote-arbola-filogenetikoa

    Fu A et al.,Baratzezaintza Ikerketa, 2021

     

     

    3.Sintenia analisia: fruituaren garapenean fitohormonekin erlazionatutako gene batzuk chayotean, suge-kalabazan eta kalabazan aurkitu ziren.Chayote eta squash-en arteko korrelazioa chayote eta suge-kalabazaren artekoa baino apur bat handiagoa da.

    4Chayote-arbola-filogenetikoa

    Fu A et al.,Baratzezaintza Ikerketa, 2021

     

     

    4.Gene-familiaren analisia: G.thurberi eta G.davidsonii genometan gene-familiaren hedapenean eta uzkurtzean KEGG aberasteak erakutsi zuen esteroideen biosintesia eta brassinosteroidearen biosintesiarekin lotutako geneak zabaldu zirela.

    4Chayote-arbola-filogenetikoa

    Yang Z et al.,BMC Biologia, 2021

     

     

    5.Genoma osoaren bikoizketa-analisia: 4DTV eta Ks banaketa-analisiak genoma osoa bikoizteko gertaera erakutsi du.Espezie barneko gailurrek bikoizketa-gertaerak erakutsi zituzten.Espezieen arteko gailurrek espeziazio-gertaerak erakutsi zituzten.Analisiak esan zuen oso erlazionatuta dauden beste hiru espezieekin alderatuz gero, O. europaea eskala handiko geneen bikoizketa jasan duela duela gutxi.

    4Chayote-arbola-filogenetikoa

    Rao G et al.,Baratzezaintza Ikerketa, 2021

    BMK kasua

    Arrosa pikorrik gabe: hezetasun-egokitzapenarekin lotutako ikuspegi genomikoak

    Argitaratu: National Science Review, 2021

    Sekuentziazio estrategia:

    'BasyerenaArantzarik gabe' (R.Wichurainan) genoma:
    Gutxi gorabehera.93 X PacBio + gutxi gorabehera.90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Emaitza nagusiak

    1.Kalitate handiko R.wichuraiana genoma irakurketa luzeko sekuentziazio-teknikak erabiliz eraiki zen, 530,07 Mb-ko muntaia lortzen dutenak (estimatutako genomaren tamaina 525,9 Mb zen gutxi gorabehera fluxu zitometriaren arabera eta 525,5 genomaren inkestaren arabera); Heterozigositatea % 1,03 ingurukoa zen.BUSCOren puntuazioa % 93,9koa izan zen."Old blush" (haploOB)rekin alderatuta, genoma honen kalitatea eta osotasuna oinarri bakarreko zehaztasunarekin eta LTR muntaia indizearekin (LAI=20,03) baieztatu ziren.R.wichuraiana genomak 32.674 proteina kodetzen dituen gene ditu.

    2.Multi-omics baterako analisiak, genomika konparatiboaz, transkriptomikaz, populazio genetikoaren QTL analisiaz osatua, R. wichuraiana eta Rosa chinensis-en arteko espeziazio erabakigarria agerian utzi zuen.Gainera, QTL-n erlazionatutako geneen espresio-aldakuntza zurtoinaren prickle-ren ereduarekin erlazionatuta egon liteke.

    7KEGG-aberastea-gene-familiaren-hedapena-eta-uzkurtzea

    Basye;s Thornless eta Rosa chinensis-en arteko genomikaren analisi konparatiboak, sinteniaren analisia, gene-familia multzoa, hedapena eta uzkurdura-analisia barne, aldakuntza ugari agerian utzi zituen, arrosen ezaugarri erabakigarriekin zerikusia dutenak.NAC eta FAR1/FRS geneen familiako hedapen berezia oso litekeena zen puntu beltzen aurkako erresistentziarekin lotzea.

    81BT-eta-OB-en arteko-genomika-analisi konparatiboak 82BT-eta-OB-en arteko-genomika-analisi konparatiboak 83BT-eta-OB-en arteko-genomika-analisi konparatiboak

    BT eta haploOB genomaren arteko genomikaren analisi konparatiboa.

    Erreferentzia

    Zhong, M., et al."Arrosorik gabeko arrosa: hezetasun-egokitzapenarekin lotutako ikuspegi genomikoak"National Science Review, 2021;, nwab092.

    jaso aurrekontua

    Idatzi zure mezua hemen eta bidali iezaguzu

    Bidali zure mezua: