mRNA sekuentziazio osoa -PacBio
Ezaugarriak
● ADNc sintesia poli-A mRNAtik, eta ondoren liburutegiaren prestaketa
● Sekuentziazioa CCS moduan, HiFi irakurketak sortuz
● Transkripzio osoen sekuentziazioa
● Analisiak ez du erreferentziazko genomarik behar; hala ere, erabil daiteke
● Bioinformatika-analisiak transkripzioen isoforma lncRNA, gene-fusioak, poliadenilazioa eta gene-egitura aztertzea ahalbidetzen du.
Zerbitzuaren abantailak
●Zehaztasun handiaHiFi irakurketak %99,9tik gorako zehaztasunarekin (Q30), NGSren parekoa
● Splicing alternatiboen analisiatranskripzio osoen sekuentziazioak isoformen identifikazioa eta karakterizazioa ahalbidetzen du
●Esperientzia zabala1100 PacBio transkriptoma proiektu baino gehiago burutu eta 2300 lagin baino gehiago prozesatu dituenez, gure taldeak esperientzia handia ekartzen dio proiektu bakoitzari.
●Salmenta osteko laguntzaGure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzuarekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| PolyA-n aberastutako mRNA CCS liburutegia | PacBio Jarraipena II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Laginaren eskakizunak:
Nukleotidoak:
● Landareak:
Sustraia, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hestea: 300 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Giharra: 450 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1g
● Artropodoak:
Intsektuak: 6g
Krustazeoak: 300 mg
● Odol osoahodi 1
● Zelulak: 106 zelulak
| Kontzentrazioa (ng/μl) | Kopurua (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | Landareentzat: RIN≥7.5; Animalientzat: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; oinarrizko kota mugatua edo batere ez |
Gomendatutako lagin-bidalketa
Edukiontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Laginaren etiketatzea: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Honako analisi hauek barne hartzen ditu:
● Datu gordinaren kalitatearen kontrola
● Poliadenilazio Analisi Alternatiboa (APA)
● Fusio-transkripzioen analisia
● Splicing alternatiboen analisia
● Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analisi erreferentziazkoak egitea
● Transkripzioen analisi berria: kodetze-sekuentzien iragarpena (CDS) eta funtzio-anotazioa
● lncRNAren analisia: lncRNAren eta jomugen iragarpena
● Mikrosateliteen identifikazioa (SSR)
BUSCOren analisia
Splicing alternatiboen analisia
Poliadenilazio Analisi Alternatiboa (APA)
Transkripzio berrien anotazio funtzionala
Arakatu BMKGene-ren Nanopore mRNA sekuentziazio zerbitzu osoek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen honetan.
Ma, Y. et al. (2023) 'PacBio eta ONT RNA sekuentziazio metodoen analisi konparatiboa Nemopilema Nomurai pozoia identifikatzeko', Genomics, 115(6), 110709. or. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Populus zurtoinaren transkriptomaren garapen-dinamika', Plant Biotechnology Journal, 17(1), 206–219 or. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Actinidia latifoliaren (askorbatoan aberatsa den fruta-laborea) fruituaren garapenean eta heltzean azido askorbiko edukiaren aldaketa dinamikoak eta lotutako mekanismo molekularrak', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), 5808. or. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Paris polyphylla-ko polifilin bioaktiboetan parte hartzen duten bide biosintetikoen geneen iragarpen eraginkorra', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1–10 or. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) transkriptomaren eta zitokromo P450 geneen PacBio Iso-Seq eta Illumina RNA-Seq analisi konbinatua', Insects, 14(4), 363. or. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Transkriptomaren konplexutasunaren azterketa PacBio molekula bakarreko denbora errealeko analisia erabiliz Illumina RNA sekuentziazioarekin konbinatuta, Ricinus communis-en azido rizinoleikoaren biosintesia hobeto ulertzeko', BMC Genomics, 20(1), 1–17 or. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
