Illumina aurrez egindako liburutegiak
Ezaugarriak
●Plataformak:Illumina NovaSeq 6000 eta NovaSeq X Plus
●Sekuentziazio moduak:PE150 eta PE250
●Liburutegien kalitate-kontrola sekuentziazioaren aurretik
●Sekuentziazio datuen QC eta entrega:QC txostenaren eta datu gordinaren entrega fastq formatuan, Q30 irakurketak demultiplexatu eta iragazi ondoren
Zerbitzuaren abantailak
●Sekuentziazio zerbitzuen moldakortasuna:bezeroak sekuentziazioa erreiaren, fluxu-zelularen edo behar den datu kopuruaren arabera (errei partzialaren sekuentziazioa) aukera dezake.
●Esperientzia zabala Illumina sekuentziazio plataforman:espezie ezberdinekin itxitako milaka proiekturekin.
●Sekuentziazio QC txostenaren entrega:kalitate-metrikekin, datuen zehaztasunarekin eta sekuentziazio-proiektuaren errendimendu orokorrarekin.
●Sekuentziazio helduaren prozesua:itzulera-denbora laburrarekin.
●Kalitate Kontrol ZorrotzaKalitate handiko emaitzak etengabe lortzen direla bermatzeko, Kalitate Kontrol zorrotzak ezartzen ditugu.
Lagin Plataformak
| Plataforma | Fluxu-zelula | Sekuentziazio modua | Unitatea | Kalkulatutako irteera |
| NovaSeq X | 10B (8 errei) | PE150 | Errei bakarra Errei partziala | 375 Gb / Erreia |
| 25B (8 errei) | PE150 | Errei bakarra Errei partziala | 1000 Gb/erreia | |
| NovaSeq 6000 | SP fluxu-zelula (2 errei) | PE250 | Fluxu-zelula Errei bakarra Errei partziala | 325-400 M irakurketa / Erreia |
| S4 Fluxu-zelula (4 errei) | PE150 | Fluxu-zelula Errei bakarra Errei partziala | ~800 Gb / Erreia |
Laginaren eskakizunak
| Datu kopurua (X) | Kontzentrazioa (qPCR/nM) | Bolumena | |
| Errei-sekuentziazio partziala
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Erreien sekuentziazioa | Errei bakoitzeko | ≥ 1,5 nM / Liburutegi multzoa | ≥ 25 μl / Liburutegi multzoa |
Kontzentrazioaz eta kantitate osoaz gain, gailur-eredu egoki bat ere behar da.
Oharra: Dibertsitate baxuko liburutegien erreien sekuentziazioak PhiX spike-in behar du baseen dei sendoa bermatzeko.
Aurrez bildutako liburutegiak lagin gisa bidaltzea gomendatzen dugu. BMKGENE-k liburutegien multzokatzea behar baduzu, jo honera:
errei partzialen sekuentziaziorako liburutegiaren eskakizunak.
Liburutegiaren tamaina (Mapa nagusia)
Gailur nagusia 300-450 bp-ren artean egon beharko litzateke.
Liburutegiek gailur nagusi bakarra, egokitzaileen kutsadurarik eta primer dimerorik ez izan behar dute.
Jarri gurekin harremanetan zure laginek hasierako materialen baldintzak betetzen ez badituzte.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Liburutegiaren kalitate-kontrola
Sekuentziazioa
Datuen kalitatearen kontrola
Proiektuaren entrega
Liburutegiko Kalitate Txostena
Sekuentziazioa egin aurretik, liburutegiaren kalitateari buruzko txostena ematen da, liburutegiaren kopurua eta zatikatzea ebaluatuz.
Sekuentziazioaren QC txostena
1. taula. Sekuentziazio datuei buruzko estatistikak.
| Laginaren IDa | BMKID | Irakurketa gordinak | Datu gordinak (bp) | Irakurketa garbiak (%) | 20. hiruhilekoa (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96,48 | 99.14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
1. irudia. Kalitatearen banaketa lagin bakoitzeko irakurketen arabera
2. irudia. Oinarrizko edukiaren banaketa
3. irudia. Irakurritako edukien banaketa sekuentziazio datuetan
