-
Kromatina immunoprezipitazioaren sekuentziazioa (ChIP-seq)
ChIP-Seq-ek histonak aldatzeko, transkripzio-faktoreak eta DNAri lotutako beste proteina batzuetarako DNA helburuen genoma osoko profila eskaintzen du.Kromatina immuno-prezipitazioaren (ChIP) selektibitatea konbinatzen du proteina-DNA konplexu espezifikoak berreskuratzeko, hurrengo belaunaldiko sekuentziazioaren (NGS) ahalmenarekin, berreskuratutako DNAren errendimendu handiko sekuentziaziorako.Gainera, proteina-DNA konplexuak zelula bizietatik berreskuratzen direnez, lotura-guneak zelula-mota eta ehun desberdinetan edo baldintza desberdinetan aldera daitezke.Aplikazioak transkripzio-erregulaziotik garapen-bideetatik gaixotasun-mekanismoetara eta haratago doaz.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Genoma osoko bisulfitoen sekuentziazioa
Zitosinaren bosgarren posizioan dagoen DNA metilazioa (5-mC) funtsezko eragina du geneen adierazpenean eta jarduera zelularrean.Metilazio-eredu anormalak hainbat baldintza eta gaixotasunekin erlazionatu dira, hala nola minbizia.WGBS urrezko estandar bihurtu da genoma osoko metilazioa oinarri bakarreko bereizmenean aztertzeko.
Plataforma: Illumina NovaSeq6000
-
Transposasaren bidez irisgarria den kromatinaren saiakuntza, errendimendu handiko sekuentziazioarekin (ATAC-seq)
ATAC-seq errendimendu handiko sekuentziazio metodo bat da, genoma osoko kromatinaren irisgarritasuna aztertzeko, garrantzitsua dena geneen adierazpenaren kontrol epigenetiko globalerako.Sekuentziazio-egokitzaileak kromatina-eskualde irekietan sartzen dira Tn5 transposasa hiperaktiboaren bidez.PCR anplifikazioaren ondoren, sekuentziazio liburutegi bat eraikitzen da.Kromatina-eskualde ireki guztiak espazio-denbora-baldintza zehatz batean lor daitezke, transkripzio-faktore baten lotura guneetara mugatuta ez ezik, edo histona eraldatutako eskualde jakin batera.
-
Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS)
DNAren metilazioari buruzko ikerketa beti izan da gai nagusietako bat gaixotasunen ikerketan, eta estuki lotuta dago geneen adierazpenarekin eta ezaugarri fenotipikoekin.RRBS DNA metilazioa ikertzeko metodo zehatza, eraginkorra eta ekonomikoa da.Sustatzaileen eta CpG uharte-eskualdeen aberastea mozketa entzimatikoaren bidez (Msp I), Bisulfitoaren sekuentziazioarekin konbinatuta, bereizmen handiko DNAren metilazioa detektatzeko aukera ematen du.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
