BMKCloud Log in
条形banner-03

Produktuak

Genetika ebolutiboa

Genetika ebolutiboa aldakuntza genetikoetan oinarritutako material ebolutiboari buruzko interpretazio integrala emateko diseinatutako sekuentziazio-zerbitzu bat da, SNP, InDels, SV eta CNV barne.Populazioen eboluzio-aldaketak eta ezaugarri genetikoak deskribatzeko beharrezkoak diren oinarrizko analisi guztiak eskaintzen ditu, hala nola, populazioaren egitura, aniztasun genetikoa, filogenia-erlazioak, etab. Gene-fluxuari buruzko azterketak ere baditu, populazio-tamaina eraginkorra eta dibergentzia-denbora zenbatesteko ahalmena ematen dutenak.


Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

1 Genetika ebolutiboa

Takagi et al.,Landareen aldizkaria, 2013

● Espezieen dibergentzia-denbora eta abiadura kalkulatzea nukleotidoen eta aminoazidoen mailan dauden aldaketetan oinarrituta.
● Espezieen arteko erlazio filogenetiko fidagarriagoa agerian jartzea, bilakaera konbergentearen eta eboluzio paraleloaren eragin txikiagoarekin.
● Aldaketa genetikoen eta fenotipoen arteko loturak eraikitzea ezaugarriekin lotutako geneak ezagutzeko
● Aniztasun genetikoa kalkulatzea, espezieen eboluzio-ahalmena islatzen duena
● Erantzuteko denbora azkarragoa
● Esperientzia zabala: BMK-k 12 urte baino gehiago daramatza populazioarekin eta eboluzioaren inguruko proiektuetan esperientzia handia pilatu du, ehunka espezie eta abar hartzen dituena, eta Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etab. argitaratutako goi-mailako 80 proiektutan lagundu du.

Zerbitzuaren zehaztapenak

Materialak:

Normalean, gutxienez hiru azpipopulazio gomendatzen dira (adibidez, azpiespezieak edo anduiak).Azpipopulazio bakoitzak 10 indibiduo baino gutxiago izan behar ditu (landareak > 15, espezie arraroentzat murriztu daitezke).

Sekuentziazio estrategia:

* WGS kalitate handiko erreferentziako genoma duten espezieetarako erabil daiteke, eta SLAF-Seq erreferentziazko genoma duten edo ez duten edo kalitate txarreko erreferentziazko genoma duten espezieetan aplika daiteke.

Genomaren tamainari aplikagarria

WGS

SLAF-Etiketak (×10.000)

≤ 500 Mb

10×/banaka

WGS gomendagarria da

500 Mb - 1 Gb

10

1 Gb - 2 Gb

20

≥2 Gb

30

Bioinformatikako analisiak

● Azterketa ebolutiboa

● Ekorketa selektiboa

● Gene-fluxua

● Historia demografikoa

● Dibergentzia-denbora

bilakaera 2

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

 

Espezieak

 Ehuna

WGS-NGS

SLAF

Animalia

 

  

Ehun erraia

 

0,5~1g

 

 

0,5 g

 

 

 Muskulu-ehuna

Ugaztunen odola

 

1,5 ml

 

 

1,5 ml

 

Hegazti/arrain odola

Landarea

  

  Hosto Freskoa    

1 ~ 2 g

   

0,5~1g

 Petalo/Zurtoina
  Erro/Hazia
 

Zelulak

  Zelula haziak    

 

gDNA

Kontzentrazioa
(ng/ul)

Zenbatekoa

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1,6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

-

Zerbitzuaren Lan Fluxua

Lagina QC

Esperimentuen diseinua

laginaren entrega

Laginaren entrega

Liburutegiaren Prestaketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Datuen azterketa

Salmenta osteko Zerbitzuak

Salmenta osteko zerbitzuak


  • Aurrekoa:
  • Hurrengoa:

  • *Hemen erakusten diren demo-emaitzak BMKGENErekin argitaratutako genometakoak dira

    1.Eboluzioaren azterketak zuhaitz filogenetikoaren, populazioaren egituraren eta aldaera genetikoetan oinarritutako PCAren eraikuntza ditu.

    Zuhaitz filogenetikoak arbaso komuna duten espezieen arteko erlazio taxonomikoak eta ebolutiboak adierazten ditu.
    PCAk azpipopulazioen arteko hurbiltasuna ikusaraztea du helburu.
    Populazio-egiturak genetikoki bereizten diren azpipopulazioen presentzia erakusten du alelo-maiztasunei dagokienez.

    3-1Zuhaitz-filogenetikoa 3-2PCA 3-3Biztanleria-egitura

    Chen, et.al.,PNAS, 2020

    2.Ekorketa selektiboa

    Ekorketa selektiboa gune onuragarri bat hautatzen den eta estekatutako gune neutroen maiztasunak handitzen diren eta loturarik gabeko guneen maiztasunak murrizten dituen prozesu bati egiten dio erreferentzia, eta ondorioz, eskualdekoen murrizketa da.

    Ekorketa-eskualde selektiboetan genoma osoko detekzioa populazioaren indize genetikoa (π,Fst, Tajima-ren D) SNP guztien indize genetikoa kalkulatuz prozesatzen da leiho labainkor batean (100 Kb) urrats jakin batean (10 Kb).

    Nukleotidoen aniztasuna (π)
    4 Nukleotidoen aniztasuna (π)

    Tajimaren D
    5Tajima's-D

    Finkatze-indizea (Fst)

    6Finkatzeko-indizea (Fst)

    Wu, et.al.,Landare Molekularra, 2018

    3.Gene Fluxua

    7Gene-fluxua

    Wu, et.al.,Landare Molekularra, 2018

    4.Histori demografikoa

    8Demografia-historia

    Zhang, et.al.,Natura Ekologia&Eboluzioa, 2021

    5.Dibergentzia denbora

    9 Dibergentzia-denbora

    Zhang, et.al.,Natura Ekologia&Eboluzioa, 2021

    BMK kasua

    Aldakuntza genomikoaren mapa batek Udaberriko Txinako Aza (Brassica rapa ssp. Pekinensis) hautaketaren oinarri genetikoari buruzko informazioa eskaintzen du.

    Argitaratu: Landare Molekularra, 2018

    Sekuentziazio estrategia:

    Birsekuentziazioa: sekuentziazio-sakonera: 10×

    Emaitza nagusiak

    Ikerketa honetan, 194 aza txinatar prozesatu ziren berriro sekuentziatzeko 10×ko batez besteko sakonerarekin, eta horrek 1.208.499 SNP eta 416.070 InDel eman zituen.194 lerro hauen azterketa filogenetikoak erakutsi zuen lerro hauek hiru ekotipotan bana daitezkeela, udaberria, uda eta udazkena.Horrez gain, populazio-egiturak eta PCA azterketak adierazi zuten udaberriko Txinako aza Shandong-eko (Txina) udazkeneko aza batetik sortu zela.Ondoren, hauek Korea eta Japonian sartu ziren, tokiko lerroekin gurutzatu ziren eta beranduko bolting-barietate batzuk Txinara itzuli ziren eta azkenean Udaberriko Txinako aza bihurtu ziren.

    Udaberriko txinatar aza eta udazkeneko aza hautatzean genomaren osoko eskaneatzea hautespen sendoa jasan duten 23 loci genomiko agerian utzi zituen, horietako bi QTL-mapean oinarritutako bolting-denbora kontrolatzeko eskualdearekin gainjarri ziren.Bi eskualde hauek loraldia erregulatzen duten gene nagusiak zeudela aurkitu zuten, BrVIN3.1 eta BrFLC1.Bi gene hauek bolting-denboran parte hartzen zutela baieztatu zuten transkriptomiaren azterketa eta esperimentu transgenikoen bidez.

    PB-luzera osoa-RNA-Sekuentziazioa-kasu-azterketa

    Biztanleriaren egituraren azterketa Txinako azetan

    PB-luzera osoa-RNA-epaketa-alternatiboa

    Txinako aza hautaketari buruzko informazio genetikoa

     
    Erreferentzia

    Tongbing, et al."Aldakuntza genomikoaren mapa batek udaberriko txinatar aza (Brassica rapa ssp.pekinensis) hautaketaren oinarri genetikoari buruzko ikuspegiak eskaintzen ditu".Landare molekularrak,11 (2018): 1360-1376.

    jaso aurrekontua

    Idatzi zure mezua hemen eta bidali iezaguzu

    Bidali zure mezua: