Eboluzio Genetika
Zerbitzuaren abantailak
Takagi eta beste batzukLandareen aldizkaria., 2013
●Bioinformatika analisi integrala:espezieen eboluzio-potentziala islatzen duen dibertsitate genetikoaren estimazioa ahalbidetzea eta espezieen arteko erlazio filogenetiko fidagarria agerian uztea, eboluzio konbergentearen eta eboluzio paraleloaren eragin minimizatuarekin.
●Aukerako analisi pertsonalizatua: hala nola, dibergentzia-denbora eta -abiaduraren estimazioa, nukleotido eta aminoazidoen mailan dauden aldakuntzetan oinarrituta.
●Esperientzia zabala eta argitalpen erregistroakBMKGenek 15 urte baino gehiagoz esperientzia handia metatu du populazio eta eboluzio genetikako proiektuetan, milaka espezie barne hartuz, eta Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal eta abarretan argitaratutako 1000 goi-mailako proiektu baino gehiagotan lagundu du.
● Bioinformatika talde oso trebea eta analisi ziklo laburraGenomika aurreratuaren analisian esperientzia handia duenez, BMKGene-ren taldeak analisi integralak eskaintzen ditu erantzun azkarrean.
● Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Zerbitzuaren zehaztapenak eta eskakizunak
| Sekuentziazio mota | Gomendatutako populazio-eskala | Sekuentziazio estrategia | Nukleotidoen eskakizunak |
| Genoma Osoaren Sekuentziazioa | ≥ 30 pertsona, azpitalde bakoitzeko ≥ 10 pertsonarekin
| 10 aldiz | Kontzentrazioa: ≥ 1 ng/ µL Guztirako kopurua ≥ 30ng Degradazio edo kutsadura mugatua edo batere ez |
| Loku Espezifikoko Zati Anplifikatua (SLAF) | Etiketaren sakonera: 10 aldiz Etiketa kopurua: <400 Mb: WGS gomendatzen da <1Gb: 100K etiketak 1 GB >2Gb: 300K etiketak Gehienez 500.000 etiketa | Kontzentrazioa ≥ 5 ng/µL Guztirako kopurua ≥ 80 ng Agarosa gela: degradazio edo kutsadurarik ez edo mugatua
|
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Zerbitzuak populazio-egituraren analisia (zuhaitz filogenetikoa, PCA, populazio-estratifikazio-diagrama), populazio-aniztasuna eta populazio-hautaketa (lotura-desoreka, abantaila handiko guneen hautaketa selektiboa) barne hartzen ditu. Zerbitzuak analisi pertsonalizatua ere barne har dezake (adibidez, dibergentzia-denbora, gene-fluxua).
*Hemen erakusten diren demo emaitzak BMKGENE-rekin argitaratutako genometatik datoz.
1. Eboluzioaren analisiak zuhaitz filogenetikoaren, populazio-egituraren eta PCAren eraikuntza barne hartzen du, aldakuntza genetikoetan oinarrituta.
Zuhaitz filogenetikoak arbaso komuna duten espezieen arteko erlazio taxonomikoak eta ebolutiboak adierazten ditu.
PCA-k azpipopulazioen arteko hurbiltasuna bistaratzea du helburu.
Populazio-egiturak alelo-maiztasunei dagokienez genetikoki bereizitako azpipopulazioen presentzia erakusten du.
Chen eta beste batzukPNAS, 2020
2. Eskaneatze selektiboa
Miaketa selektiboa gune abantailagarri bat hautatzen den eta lotutako gune neutroen maiztasunak handitzen eta loturarik gabeko guneenak gutxitzen diren prozesu bat da, eta horren ondorioz eskualdeko murrizketa.
Eskualde selektiboetan genoma osoko detekzioa egiteko, urrats jakin batean (10 Kb) leiho irristakor batean (100 Kb) dauden SNP guztien populazio-indize genetikoa (π, Fst, Tajimaren D) kalkulatzen da.
Nukleotidoen dibertsitatea (π)
Tajimaren D.
Finkapen-indizea (Fst)
Wu eta beste batzukLandare molekularra, 2018
3. Geneen fluxua
Wu eta beste batzukLandare molekularra, 2018
4. Demografia-historia
Zhang eta beste batzukNaturaren Ekologia eta Eboluzioa, 2021
5. Dibergentzia denbora
Zhang eta beste batzukNaturaren Ekologia eta Eboluzioa, 2021
Arakatu BMKGene-ren eboluzio-genetika zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Apis cerana cerana larbetan SNP markatzaile molekularrak eta hautagai-geneak aurkitzea, genoma osoko birsekuentziazioaren bidez',Zientzia Molekularreko Nazioarteko Aldizkaria, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Txinako salamandra erraldoi basati eta genetikoki puru baten aurkikuntzak kontserbazio aukera berriak sortzen ditu',Ikerketa Zoologikoa, 2022, 43. liburukia, 3. alea, 469-480 orrialdeak, 43(3), 469–480 orr. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Elymus sibiricus L. bertakoaren eredu filogeografikoa eta populazioaren bilakaeraren historia Qinghai-Tibeteko goi-ordokian',Landare Zientziaren Mugak, 13, 882601 or. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Longanen bilakaeraren ikuspegi genomikoak kromosoma-mailako genoma-muntaketa batetik eta longanen atzipenen populazio-genomikatik',Lorezaintza Ikerketa, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
