● Zunda bereziak erabiltzen dira erribosomaren cDNA agortzeko.
● Strand-erako liburutegi espezifikoen eraikuntza.
● Lan-fluxu bakarra mRNA, lncRNA eta circRNA datuak aldi berean lortzeko.
● Kalitate Kontrol Zorrotza: Oinarrizko kontrol puntuak ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen eta liburutegiaren prestaketatik hasi eta sekuentziaziora eta bioinformatikaraino. Jarraipen zehatz honek emaitza kalitate handikoak etengabe lortzen direla bermatzen du.
● Salmenta osteko laguntza: Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
| Liburutegia | Plataforma | Gomendatutako datuak | Datuen Kalitate Kontrola |
| ARNr agortutako norabide-liburutegia | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidoak:
| Kopurua (ng) | Bolumena (μL) |
| 40 | 20 |
Ehuna:
Exosoma: 100 μL; 40 μg; >10^9 partikula/mL
Seruma/plasma: 5 mL
Zelula-kulturako gainnadantea: 100 mL
Gernua: 100 ml
Listua: 15 ml
Sudur-jarioa: 15 ml
Bizkor-muineko likidoa: 15 mL
Likido amniotikoa: 50 ml
Esperma: 5 ml
Behazun: 5 mL
Aszitisa: 50 ml
Esnea: 15 ml
Folikulu-fluidoa: 15 mL
Gorotz-gainjarioa: 50 ml
Mikrobioen kulturaren gainnatzailea: 100 ml
Animalia-ehuna: 3 g
Landare-ehuna: 1 g
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Etiketatze-lagina: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Bioinformatika
circRNA iragarpena: kromosomen banaketa
Adierazpen desberdineko circRNAk – Sumendiaren grafikoa
Adierazpen desberdineko circRNAk – multzokatze hierarkikoa
CircRNAren ostalarien geneen aberaste funtzionala
Geneen Adierazpen Diferentzialaren (DEG) analisia
lncRNA espresioaren kuantifikazioa – multzokatzea
lncRNA geneen aberastea
mRNA eta lncRNAren posizio bateratuaren analisia – Circos grafikoa (erdiko zirkulua mRNA da eta barneko zirkulua lncRNA)