Exosoma Txikien RNA Sekuentziazioa-Illumina
Ezaugarriak
● Exosoma-RNA osoa erabiltzen da sarrera-material gisa. Purifikazioan zehar, miRNA aleak erabiltzen dira miRNA isolatzeko.
● miRNAren iragarpenean eta haien jomugan oinarritutako analisi bioinformatikoa.
Zerbitzuaren abantailak
● Bioinformatika-analisi integrala: miRNA ezagunak zein berriak identifikatzea, miRNA jomugak identifikatzea eta dagokion anotazio funtzionala eta hainbat datu-baserekin (KEGG, GO) aberastea ahalbidetzen du.
● Kalitate Kontrol Zorrotza: Oinarrizko kontrol puntuak ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen eta liburutegiaren prestaketatik hasi eta sekuentziaziora eta bioinformatikaraino. Jarraipen zehatz honek emaitza kalitate handikoak etengabe lortzen direla bermatzen du.
● Salmenta osteko laguntza: Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Plataforma | Gomendatutako datuak | Datuen Kalitate Kontrola |
| Exosoma-miRNA isolamendua | Illumina SE50 | 10M-20M irakurketa | Q30≥85% |
Laginaren eskakizunak
Nukleotidoak:
| Kopurua (ng) | Bolumena (μL) |
| 40 | 20 |
Ehuna:
Exosoma: 100 μL; 40 μg; >10^9 partikula/mL
Seruma/plasma: 5 mL
Zelula-kulturako gainnatzailea: 100 mL
Gernua: 100 ml
Listua: 15 ml
Sudur-jarioa: 15 ml
Bizkor-muineko likidoa: 15 mL
Likido amniotikoa: 50 ml
Esperma: 5 ml
Behazun: 5 mL
Aszitisa: 50 ml
Esnea: 15 ml
Folikulu-fluidoa: 15 mL
Gorotz-gainjarioa: 50 ml
Mikrobioen kulturaren gainnatzailea: 100 ml
Animalia-ehuna: 3 g
Landare-ehuna: 1 g
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Laginaren etiketatzea: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
● Datu gordinaren kalitatearen kontrola
● sRNA sailkapena
● Erreferentziazko genoma batekin lerrokatzea
● miRNA ezagun eta berrien identifikazioa
● miRNA espresio diferentzialaren analisia
● miRNA jomugen funtzionalitate-anotazioa
miRNAren identifikazioa: egitura eta sakonera
miRNAren adierazpen diferentziala – multzokatze hierarkikoa
Adierazpen desberdineko miRNAen jomugaren anotazio funtzionala
