mRNAren sekuentziazio osoa - Nanoporoa
Ezaugarriak
● Poli-A mRNAren harrapaketa, ondoren cDNAren sintesia eta liburutegiaren prestaketa
● Transkripzio osoen sekuentziazioa
● Erreferentziazko genoma batekin lerrokatzean oinarritutako analisi bioinformatikoa
● Bioinformatika-analisiak ez du soilik gene eta isoforma mailan adierazpena barne hartzen, baita lncRNAren, gene-fusioen, poliadenilazioen eta gene-egituraren analisia ere.
Zerbitzuaren abantailak
●Espresioaren kuantifikazioa isoforma mailan: adierazpenaren analisi zehatza eta zehatza ahalbidetzen du, geneen adierazpen osoa aztertzean ezkutatuta egon daitezkeen aldaketak agerian utziz
●Datu Eskari Murriztuak:Hurrengo Belaunaldiko Sekuentziazioarekin (NGS) alderatuta, Nanopore sekuentziazioak datu-eskakizun txikiagoak ditu, eta geneen espresioaren kuantifikazio-saturazio maila baliokideak ahalbidetzen ditu datu txikiagoekin.
●Adierazpen kuantifikazioaren zehaztasun handiagoabai gene mailan bai isoforma mailan
●Informazio transkriptomiko gehigarriaren identifikazioapoliadenilazio alternatiboa, fusio-geneak eta lcnRNA eta haien gene diana
●Esperientzia zabalaGure taldeak esperientzia handia dakar proiektu guztietara, 850 Nanopore transkriptoma proiektu oso baino gehiago burutu eta 8.000 lagin baino gehiago prozesatu baititu.
●Salmenta osteko laguntzaGure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzuarekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| Poli A aberastua | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gb | Batez besteko kalitate puntuazioa: Q10 |
Laginaren eskakizunak:
Nukleotidoak:
| Kontzentrazioa (ng/μl) | Kopurua (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | Landareentzat: RIN≥7.0; Animalientzat: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; oinarrizko kota mugatua edo batere ez |
● Landareak:
Sustraia, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hestea: 300 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Giharra: 450 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1g
● Artropodoak:
Intsektuak: 6g
Krustazeoak: 300 mg
● Odol osoahodi 1
● Zelulak: 106 zelulak
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Laginaren etiketatzea: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Nukleotidoak:
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Zerbitzuaren lan-fluxua
Ehuna:
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
● Datu gordinak prozesatzea
● Transkripzioaren identifikazioa
● Juntura alternatiboa
● Adierazpen kuantifikazioa gene mailan eta isoforma mailan
● Adierazpen diferentzialaren analisia
● Funtzioen oharpena eta aberastea (DEGak eta DETak)
Splicing alternatiboen analisia
Poliadenilazio Analisi Alternatiboa (APA)
lncRNAren iragarpena
Gene berrien anotazioa
DETen multzokatzea
Proteina-proteina sareak DEGetan
Arakatu BMKGene-ren Nanopore mRNA sekuentziazio zerbitzu osoek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Gong, B. et al. (2023) 'FAM20C jariatze-kinasaren aktibazio epigenetikoa eta transkripzionala glioman onkogene gisa', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), 422–433 or. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'IFN-γ-ri erantzuten dioten linfozitoen transkriptomaren sekuentziazio osoak Th1-okertutako erantzun immune bat agerian uzten du platuxan (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, 108636. or. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'PacBio eta ONT RNA sekuentziazio metodoen analisi konparatiboa Nemopilema Nomurai pozoia identifikatzeko', Genomics, 115(6), 110709. or. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq analisiak hUMSC-tik eratorritako exosomen eta mikrobesikulen arteko joera funtzional desberdinak agerian uzten ditu', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), 1–13 or. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
