De novo Onddoen Genomaren Asanblada
BMKGENEk onddoen genometarako irtenbide polifazetikoak eskaintzen ditu, ikerketa-behar anitzak eta nahi den genomaren osotasuna asetzeko. Irakurketa laburreko Illumina sekuentziazioa soilik erabiltzeak genoma zirriborro bat sortzea ahalbidetzen du. Nanopore edo Pacbio erabiliz irakurketa laburreko eta irakurketa luzeko sekuentziazioak konbinatzen dira kontig luzeagoekin onddoen genoma finduago bat lortzeko.
Zerbitzuaren Ezaugarriak
Genomaren osotasun-mailaren arabera bi aukera posible daude aukeran:
● Genomaren zirriborro aukera: Irakurketa laburreko sekuentziazioa Illumina NovaSeq PE150-rekin.
● Onddoen Genoma Finaren Aukera:
Genomaren Azterketa: Illumina NovaSeq PE150.
Genomaren muntaketa: PacBio Revio (HiFi irakurketak) edo Nanopore PromethION 48.
Zerbitzuaren abantailak
●Sekuentziazio estrategia ugari eskuragarriIkerketa-helburu eta genomaren osotasunaren eskakizun desberdinetarako
●Bioinformatika lan-fluxu osoa:Honen barruan sartzen dira genomaren muntaketa eta elementu genomiko anitzen iragarpena, geneen anotazio funtzionala eta kontig ainguraketa.
●Esperientzia zabala12.000 mikrobio-genoma baino gehiago bilduta, hamarkada bat baino gehiagoko esperientzia, analisi-talde oso trebea, eduki osoa eta salmenta osteko laguntza bikaina ditugu.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Zerbitzua | Sekuentziazio Estrategia | Kalitate Kontrola |
| Genomaren zirriborroa | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genoma Fina | Genomaren azterketa: Illumina PE150 50 x Muntaketa: PacBio HiFi 30x edo Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio zelulabakar) contig N50 ≥2Mb (ONT zelulabakar) N50 kontig ≥500kb (Beste batzuk) |
Zerbitzu-eskakizunak
| Kontzentrazioa (ng/µL) | Kopuru osoa (µg) | Bolumena (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanoporoa | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Onddo zelulabakarra: ≥3.5x1010 zelulak
Makro-onddoa: ≥10 g
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Honako analisia barne hartzen du:
Genomaren Azterketa:
- Sekuentziazio datuen kalitate kontrola
- Genomaren estimazioa: tamaina, heterozigositatea, elementu errepikakorrak
Genomaren Muntaketa Fina:
- Sekuentziazio Datuen Kalitate Kontrola
- BerriroBatzarra
- Genomaren Osagaien Analisia: CDSren eta hainbat elementu genomikoren iragarpena
- Funtzio-anotazioa hainbat datu-base orokorrekin (GO, KEGG, etab.) eta datu-base aurreratuekin (CARD, CAZy, etab.)
Genomaren azterketa: k-mer banaketa
Genomaren muntaketa: gene homologoen anotazioa (NR datu-basea)
Genomaren muntaketa: gene funtzionalen anotazioa (GO)
Arakatu BMKGene-ren onddoen genomaren muntaketa zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Hao, J. et al. (2023) 'Inonotus obliquus perretxiko sendagarriaren profilaketa omiko integratua urpeko baldintzetan',BMC Genomika, 24(1), 1–12 orr. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genomaren sekuentziazioak Rhizoctonia cerealis gari-orban zorrotzaren patogenoaren eboluzioa eta mekanismo patogenikoak agerian uzten ditu',Laborantza Aldizkaria, 11(2), 405-416 or. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Lau Clarireedia espezieren genomaren baliabideak, belar-belar anitzetan dolar-orbanak eragiten dituztenak',Landareen gaixotasuna, 107(3), 929–934 orr. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Grifola frondosa perretxiko jangarrian tetrapolar parekatze-sistema baten ebidentzia genetiko eta molekularra',Onddoen Aldizkaria, 9(10), 959. or. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
