Genoma osoko asoziazio-analisia
Lan-fluxua
Zerbitzuaren abantailak
●Esperientzia zabala eta argitalpen erregistroakGWASen metatutako esperientziarekin, BMKGenek ehunka espezie-proiektu burutu ditu populazioen GWAS ikerketan, ikertzaileei 100 artikulu baino gehiago argitaratzen lagundu die, eta inpaktu-faktore metatua 500era iritsi da.
● Bioinformatika-analisi integralaLan-fluxuak SNP ezaugarrien asoziazio-analisia barne hartzen du, hautagai-gene multzo bat eta dagokien funtzio-anotazioa emanez.
●Bioinformatika talde oso trebea eta analisi ziklo laburraGenomika aurreratuaren analisian esperientzia handia duenez, BMKGene-ren taldeak analisi integralak eskaintzen ditu erantzun azkarrean.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Zerbitzuaren zehaztapenak eta eskakizunak
| Sekuentziazio mota | Gomendatutako populazio-eskala | Sekuentziazio estrategia | Nukleotidoen eskakizunak |
| Genoma Osoaren Sekuentziazioa | 200 lagin | 10 aldiz | Kontzentrazioa: ≥ 1 ng/ µL Guztirako kopurua ≥ 30ng Degradazio edo kutsadura mugatua edo batere ez |
| Loku Espezifikoko Zati Anplifikatua (SLAF) | Etiketaren sakonera: 10x Etiketa kopurua: < 400 Mb: WGS gomendatzen da < 1Gb: 100K etiketak 1 GB > 2Gb: 300K etiketak Gehienez 500.000 etiketa | Kontzentrazioa ≥ 5 ng/µL Guztirako kopurua ≥ 80 ng Agarosa gela: degradazio edo kutsadurarik ez edo mugatua
|
Materialen hautaketa
Barietate, azpiespezie, tokiko arrazak/gene-bankuak/familia mistoak/baliabide basatiak desberdinak
Barietate, azpiespezie eta tokiko barietate desberdinak
Anai-arreba erdiko familia/anai-arreba osoko familia/baliabide basatiak
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Honako analisi hauek barne hartzen ditu:
- Genoma osoko asoziazio-analisia: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM eredua
- Gene hautagaien anotazio funtzionala
SNP-ezaugarrien asoziazio-analisia – Manhattan-en grafikoa
SNP-ezaugarrien asoziazio-analisia – QQ grafikoa
Arakatu BMKGene-ren de GWAS zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez:
Lv, L. et al. (2023) 'Sinonovacula constricta txirla-labanaren amoniakoarekiko tolerantziaren oinarri genetikoari buruzko ikuspegia, genoma osoko asoziazio-azterketaren bidez',Akuikultura, 569, 739351 or. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) '398 azeri-buztan artatxikiaren analisi multiomikoek etxekotzearekin, metabolitoen ezaugarriekin eta efektu antiinflamatorioekin lotutako eskualde genomikoak agerian uzten dituzte',Landare molekularra, 15(8), 1367–1383 orr. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Hulless Barely fenotipoen genoma osoko asoziazio-mapak lehorte-inguruneetan',Landare Zientziaren Mugak, 13, 924892 or. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1-ek, sulfotransferasa bat kodetzen duenak, G2 eta G3 soja-mosaiko birusaren anduien aurkako erresistentzia ematen du',Landarea, Zelula eta Ingurumena, 44(8), 2777–2792 or. doi: 10.1111/PCE.14066.
