Hi-C oinarritutako kromatinaren interakzioa
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Sekuentziazioa Illumina NovaSeq-en PE150-rekin.
● Zerbitzuak ehunen laginak behar ditu, erauzitako azido nukleikoen ordez, formaldehidoarekin lotura gurutzatuak egiteko eta DNA-proteinen arteko elkarrekintzak kontserbatzeko.
● Hi-C esperimentuak mutur itsaskorren murrizketa eta konponketa biotinarekin dakar, eta ondoren mutur kamutsen zirkularizazioa, elkarrekintzak mantenduz. Ondoren, DNA estreptavidina aleekin erauzi eta gero liburutegia prestatzeko purifikatu egiten da.
Zerbitzuaren abantailak
●Murrizketa-entzimaren diseinu optimoa: espezie ezberdinetan Hi-C eraginkortasun handia bermatzeko, % 93rainoko interakzio bikote baliodunekin.
●Esperientzia zabala eta argitalpen erregistroak:BMKGenek esperientzia zabala du 800 espezie ezberdinetako 2000 Hi-C sekuentziazio proiektu baino gehiagorekin eta hainbat patenterekin. 100 kasu baino gehiago argitaratu ditu, 900etik gorako inpaktu faktore metatuarekin.
●Bioinformatikako talde oso trebea:Hi-C esperimentuetarako eta datuen analisietarako barne-patenteak eta softwarearen egile-eskubideak, eta berak garatutako datuen bistaratzeko softwarea.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
●Oharpen osoaHainbat datu-base erabiltzen ditugu identifikatutako aldaerak dituzten geneak funtzionalki anotatzeko eta dagokion aberaste-analisia egiteko, hainbat ikerketa-proiekturi buruzko informazioa emanez.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Liburutegia | Sekuentziazio Estrategia | Gomendatutako datu-irteera | Hi-C seinalearen bereizmena |
| Hi-C liburutegia | Illumina PE150 | Kromatina begizta: 150x TAD: 50x | Kromatina begizta: 10Kb TAD: 40Kb |
Zerbitzu-eskakizunak
| Lagin mota | Beharrezko zenbatekoa |
| Animalia-ehuna | ≥2g |
| Odol osoa | ≥2mL |
| Onddoak | ≥1g |
| Landare-ehun gaztea | 1g/alikuota, 2-4 alikuota gomendatzen dira |
| Zelulak landuak | ≥1x107 |
Honako analisia barne hartzen du:
● Datu gordinak QC;
● Mapak eta Hi-C liburutegiaren QC: baliozko interakzio bikoteak eta Interakzio Desintegrazio Berretzaileak (IDE);
● Genoma osoko interakzio-profilazioa: cis/trans analisia eta Hi-C interakzio-mapa;
● A/B konpartimentuen banaketaren azterketa;
● TADen eta kromatina-begizten identifikazioa;
● Laginen arteko 3D kromatinaren egituraren elementuen analisi diferentziala eta lotutako geneen dagokion anotazio funtzionala.
Cis eta trans proportzio banaketa
Laginen arteko kromosoma-elkarrekintzen mapa termikoa
A/B konpartimentuen banaketa genoma osoan
Kromatina begizten banaketa genoma osoan
TADen bistaratzea
Arakatu BMKGene-ren Hi-C sekuentziazio zerbitzuek ahalbidetutako ikerketa aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Meng, T. et al. (2021) 'Analisi multiomiko integratu konparatibo batek CA2 kordomaren helburu berri gisa identifikatzen du',Neuro-Onkologia, 23(10), 1709–1722 or. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) 'Genomaren 3D desantolaketak eta berrantolaketak NAFLDren patogenesiaren inguruko informazioa ematen dute Hi-C, Nanopore eta RNA sekuentziazio integratuaren bidez',Acta Farmaceutica Sinica B, 11(10), 3150–3164 orr. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
