Hi-C oinarritutako Genoma Asanblada
Zerbitzu Abantailak
Hi-C-ren ikuspegi orokorra
(Lieberman-Aiden E et al.,Zientzia, 2009)
● Ez da beharrezkoa populazio genetikoa eraikitzeko kontig aingurarako;
● Markatzaile-dentsitate handiagoak kontigs ainguratze-erlazio handiagoa dakar %90etik gora;
● Dauden genoma multzoen ebaluazioa eta zuzenketak ahalbidetzen ditu;
● Erantzuteko denbora laburragoa, genomaren muntaketan zehaztasun handiagoarekin;
● Esperientzia ugari 500 espezie baino gehiagorentzat eraikitako 1000 Hi-C liburutegi baino gehiagorekin;
● 100 kasu arrakastatsu baino gehiago argitaratutako eragin-faktore metatua 760 baino gehiagokoa;
● Hi-C oinarritutako genoma poliploiderako genoma muntaia, aurreko proiektuan % 100eko ainguratze-tasa lortu zen;
● Hi-C esperimentuetarako eta datuen analisirako patenteak eta software-eskubideak;
● Norberak garatutako bistaratutako datuak sintonizatzeko softwarea, eskuz blokeak mugitzea, alderantzikatzea, baliogabetzea eta berregitea ahalbidetzen du.
Zerbitzuaren zehaztapenak
|
Liburutegi Mota
|
Plataforma | Irakurri Luzera | Estrategia gomendatu |
| Kaixo-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatikako analisiak
● Datu gordinak kalitate kontrola
● Hi-C liburutegiaren kalitate kontrola
● Hi-C oinarritutako genomaren muntaia
● Muntaketaren osteko ebaluazioa
Lagin-baldintzak eta entrega
Lagin-baldintzak:
| Animalia | Onddoa | Landareak
|
| Ehun izoztua: 1-2g liburutegi bakoitzeko Gelaxkak: 1x 10^7 gelaxka liburutegi bakoitzeko | Ehun izoztua: 1 g liburutegi bakoitzeko | Ehun izoztua: 1-2g liburutegi bakoitzeko
|
| *Hi-C esperimenturako gutxienez 2 alikuota (1 g bakoitza) bidaltzea gomendatzen dugu. | ||
Laginaren entrega gomendatua
Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Lagin gehienetarako, etanolean ez kontserbatzea gomendatzen dugu.
Laginak etiketatzea: laginak argi eta garbi etiketatuta egon behar dira eta bidalitako laginaren informazio-inprimakiaren berdinak.
Bidalketa: izotz lehorra: laginak poltsetan sartu behar dira lehenik eta izotz lehorrean lurperatu.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
DNA erauztea
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
*Hemen erakusten diren demo-emaitzak Biomarker Technologies-ekin argitaratutako genometatik datoz
1.Hi-C elkarrekintza bero-mapaCamptotheca acuminatagenoma.Mapan ikusten den bezala, elkarrekintzen intentsitatea negatiboki erlazionatuta dago distantzia linealarekin, eta horrek oso zehatza den kromosoma-mailako muntaia adierazten du.(Ainguratzeko ratioa: %96,03
Kang M et al.,Natura Komunikazioak, 2021
2.Hi-C-k arteko inbertsioen baliozkotzea erraztu zuenGossypium hirsutumL. TM-1 A06 etaG. arboreoaChr06
Yang Z et al.,Natura Komunikazioak, 2019
3. SC205 maniokoaren genomaren muntaketa eta bereizketa bialelikoa.Hi-C bero-mapak kromosoma homologoetan zatiketa argia erakusten du.
Hu W et al.,Landare Molekularra, 2021
4. Hi-C bero-mapa bi Ficus espezieen genomaren muntaia:F.microcarpa(ainguratzeko ratioa: %99,3) etaF.hispida (ainguratzeko ratioa: %99,7)
Zhang X et al.,Zelula, 2020
BMK kasua
Banyan zuhaitzaren eta liztor polinizatzailearen genomek piku-liztorren koeboluzioari buruzko argibideak eskaintzen dituzte
Argitaratu: Zelula, 2020
Sekuentziazio estrategia:
F. mikrokarpa genoma: gutxi gorabehera.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenoma: gutxi gorabehera.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenoma: gutxi gorabehera.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Emaitza nagusiak
1.Bi banian zuhaitz genoma eta liztor polinizatzaile bat genoma PacBio sekuentziazioa, Hi-C eta lotura mapa erabiliz eraiki ziren.
(1)F. mikrokarpagenoma: 426 Mb-ko muntaia (genomaren tamaina estimatuaren % 97,7) ezarri zen 908 Kb-ko N50 kontigarekin, % 95,6ko BUSCO puntuazioarekin.Guztira 423 Mb sekuentzia 13 kromosomatan ainguratuta zeuden Hi-C bidez.Genomaren oharpenak 29.416 proteina kodetzen duten gene eman zituen.
(2)F. Hispidagenoma: 360 Mb-ko muntaia (genomaren tamaina estimatuaren % 97,3) etekina izan zen 492 Kb-ko N50 kontigarekin eta % 97,4ko BUSCO puntuazioarekin.Guztira 359 Mb sekuentzia 14 kromosomatan ainguratuta zeuden Hi-C bidez eta dentsitate handiko lotura-maparen oso berdinak.
(3)Eupristina verticillatagenoma: 387 Mb-ko muntaia (estimatutako genomaren tamaina: 382 Mb) 3,1 Mb-ko contig N50 eta % 97,7 BUSCO puntuazioarekin ezarri zen.
2.Genomiko konparaziozko analisiak biren arteko egitura-aldaera ugari agerian utzi zituenFicusgenomak, baliabide genetiko eskerga eskaini baitzuten eboluzio moldatzaileari buruzko ikasketetarako.Ikerketa honek, lehen aldiz, piku-liztorren koeboluzioari buruzko argibideak eman zituen maila genomikoan.
 Biren ezaugarri genomikoei buruzko zirkuko diagramaFicusgenomak, kromosomak, bikoizketa segmentalak (SD), transposoiak (LTR, TEs, DNA TEs), geneen adierazpena eta sintenia barne. |  Y kromosomaren eta sexua zehazteko gene hautagaiaren identifikazioa |
Zhang, X., et al."Bania zuhaitzaren eta liztor polinizatzailearen genomek piku-liztorren koeboluzioari buruzko argibideak ematen dituzte".183.4 gelaxka (2020).
