Hi-C oinarritutako genomaren muntaketa
Hi-C kromosomen konfigurazioa harrapatzeko diseinatutako metodo bat da, hurbiltasunean oinarritutako elkarrekintzak eta sekuentziazio-errendimendu handikoa konbinatuz. Elkarrekintza hauen intentsitatea kromosomen distantzia fisikoarekin korrelazionatuta dagoela uste da. Hori dela eta, Hi-C datuak erabiltzen dira genoma zirriborro batean muntatutako sekuentzien multzokatzea, ordenatzea eta orientazioa gidatzeko, eta kromosoma kopuru jakin batean ainguratzeko. Teknologia honek kromosoma mailako genomaren muntaketa ahalbidetzen du populazioan oinarritutako mapa genetikorik ezean. Genoma bakoitzak Hi-C bat behar du.
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Sekuentziazioa Illumina NovaSeq-en PE150-rekin.
● Zerbitzuak ehunen laginak behar ditu, erauzitako azido nukleikoen ordez, formaldehidoarekin lotura gurutzatuak egiteko eta DNA-proteinen arteko elkarrekintzak kontserbatzeko.
● Hi-C esperimentuak mutur itsaskorren murrizketa eta konponketa biotinarekin dakar, eta ondoren mutur kamutsen zirkularizazioa, elkarrekintzak mantenduz. Ondoren, DNA estreptavidina aleekin erauzi eta gero liburutegia prestatzeko purifikatu egiten da.
Zerbitzuaren abantailak
Hi-C-ren ikuspegi orokorra
(Lieberman-Aiden E eta beste batzuk,Zientzia, 2009)
●Populazio Genetikoen Datuen Beharra Ezabatzea:Hi-C-k contig ainguratzeko beharrezko den informazio ezinbestekoa ordezkatzen du.
●Markatzaile-dentsitate handia:%90etik gorako kontig ainguratze-erlazio handia eraginez.
●Esperientzia zabala eta argitalpen erregistroak:BMKGenek esperientzia zabala du, 1000 espezie ezberdinetako 2000 Hi-C Genomaren Muntaketa kasu baino gehiagorekin eta hainbat patenterekin. Argitaratutako 200 kasu baino gehiagok 2000tik gorako eragin metatua dute.
●Bioinformatika talde oso kualifikatua:Hi-C esperimentuen eta datuen analisietarako barne-patente eta softwarearen egile-eskubideekin, autogaratutako bistaratze-datuen softwareak blokeak eskuz mugitzea, alderantzikatzea, ezeztatzea eta berregitea ahalbidetzen du.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
●Oharpen osoaHainbat datu-base erabiltzen ditugu identifikatutako aldaerak dituzten geneak funtzionalki anotatzeko eta dagokion aberaste-analisia egiteko, hainbat ikerketa-proiekturi buruzko informazioa emanez.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Liburutegiaren prestaketa | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datu-irteera | Kalitate kontrola |
| Hi-C liburutegia | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ %85 |
Laginaren eskakizunak
| Ehuna | Beharrezko zenbatekoa |
| Animalien erraiak | ≥ 2 g |
| Animalien muskuluak | |
| Ugaztunen odola | ≥ 2 ml |
| Hegazti/Arrain Odola | |
| Landare- Hosto Freskoa | ≥ 3 g |
| Zelulak landuak | ≥ 1x107 |
| Intsektua | ≥ 2 g |
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
1) Datu gordinak QC
2) Hi-C liburutegiaren QC: baliozko Hi-C interakzioen estimazioa
3) Hi-C muntaketa: kontigak taldeka sailkatzea, ondoren kontigak talde bakoitzaren barruan ordenatzea eta kontigaren orientazioa esleitzea
4) Hi-C ebaluazioa
Hi-C Liburutegiaren QC – Hi-C baliozko interakzio bikoteen estimazioa
Hi-C Muntaketa – estatistikak
Muntaketa osteko ebaluazioa – kutxen arteko seinale-intentsitatearen mapa termikoa
Arakatu BMKGene-ren Hi-C muntaketa zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Tian, T. et al. (2023) 'Lehortearekiko erresistentea den arto-germoi-plasma nabarmen baten genomaren muntaketa eta disekzio genetikoa', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496–506 or. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Apis cerana erle asiarraren genomaren kromosoma-eskalako muntaketa', Frontiers in Genetics, 11, 524140 or. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae familiako bi genoma aztertuz tropano alkaloideen biosintesiaren bilakaera agerian uztea', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1–18 or. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Banianoaren eta liztor polinizatzailearen genomak piku-liztor koeboluzioari buruzko ikuspegiak eskaintzen ditu', Cell, 183(4), 875-889.e17 orr. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
