Sekuentziazio luze ez-kodetzailea - Illumina
Zerbitzuaren abantailak
●mRNA eta lncRNAren analisi bateratuamRNA transkripzioen kuantifikazioa lncRNAren eta haien jomugen azterketarekin konbinatuz, erantzun zelularraren oinarrian dagoen erregulazio-mekanismoaren ikuspegi sakona lor daiteke.
●Esperientzia zabala230.000 lagin baino gehiago prozesatu ditugu, lagin eta proiektuen helburu anitzak barne hartuta. Esperientzia aberastasuna ekartzen diogu proiektu bakoitzari.
●mRNA eta lncRNAren analisi bateratuamRNA transkriptuen kuantifikazioa lncRNAren eta haien jomugen azterketarekin konbinatzen dugu, zelulen erantzunaren oinarrian dagoen erregulazio-mekanismoaren ikuspegi sakona lortzeko aukera emanez.
●Kalitate Kontrol ZorrotzaOinarrizko kontrol puntuak ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen prestaketatik hasi eta liburutegiaren prestaketara, sekuentziaziora eta bioinformatikara arte. Gure jarraipen zorrotzak kalitate handiko emaitzak etengabe lortzen direla bermatzen du.
●Oharpen osoaHainbat datu-base erabiltzen ditugu Gene Diferentzialki Adieraziak (DEG) funtzionalki anotatzeko eta dagokien aberaste-analisiak egiteko. Ikuspegi integral honek transkriptomaren erantzunaren oinarrian dauden prozesu zelular eta molekularrei buruzko informazioa ematen du, zure esperimentuaren datuei buruzko informazio guztia lortuko duzula ziurtatuz.
●Salmenta osteko laguntzaBadakigu zein garrantzitsua den bertan egotea, horregatik gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzuarekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Plataforma | Gomendatutako datuak | Datuen Kalitate Kontrola |
| ARNr agortutako norabide-liburutegia | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidoak:
| Kontzentrazioa (ng/μl) | Kopurua (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; oinarrizko kota mugatua edo batere ez |
● Landareak:
Sustraia, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hestea: 450 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Muskulu-masa: 600 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1,5 g
● Artropodoak:
Intsektuak: 9g
Krustazeoak: 450 mg
● Odol osoa:2 hodi
● Zelulak: 106 zelulak
● Seruma eta plasma6 ml
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Laginaren etiketatzea: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
- Datu gordinak
- Datuen Kalitate Kontrola
- Genomaren lerrokatzea
- Geneen egitura (splicing alternatiboa, geneen egituraren optimizazioa eta gene berrien iragarpena)
- Geneen adierazpenaren kuantifikazioa
- Adierazpen diferentzialaren analisia
- DEG anotazioa eta aberastea + Adierazpen desberdineko lncRNA gene diana
- Transkripzioaren identifikazioa
- lncRNA identifikazioa (lncRNAren kontserbazioa eta lncRNA ezaguna)
- lncRNA helburuko geneen iragarpena
- lncRNA espresioaren kuantifikazioa
- mRNA datuekin batera egindako analisia
Geneen Adierazpen Diferentzialaren (DEG) analisia
lncRNA espresioaren kuantifikazioa – multzokatzea
lncRNA geneen aberastea
mRNA eta lncRNAren posizio bateratuaren analisia – Circos grafikoa (erdiko zirkulua mRNA da eta barneko zirkulua lncRNA)
Arakatu BMKGene-ren lncRNA sekuentziazio zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Ji, H. et al. (2020) 'Estres hotzarekin lotutako lncRNAen identifikazioa, funtzio-iragarpena eta arratoien gibeleko lncRNA gakoen egiaztapena',Txosten zientifikoak2020 10:1, 10(1), 1–14 orr. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Transkriptomikako analisi integratzaileak CyHV-3-rekiko erresistentea den karpa arruntaren andui baten mekanismo immunologikoa agerian uzten du',Immunologiaren mugak, 12, or. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Biriketako minbizi txikiko zelulan lehian dauden RNA erregulazio-sare endogenoen lehentasuna multi-omika integrazioan oinarrituta: ezaugarri molekularrak eta sendagai hautagaiak',Onkologiako mugak, 12, or. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Populus-en fotosintesiaren oinarrian dagoen geneen koespresio sarearen disekzio genetikoa',Landareen Bioteknologia Aldizkaria, 18(4), 1015–1026 orr. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Gravesen gaixotasunaren eta Hashimotoren tiroiditisaren mikroinguruneko zelula immuneetan geneen adierazpen desregulatuaren eta seinaleztapen metaboliko anormalaren arautze-sare globala',Immunologiaren mugak, 13, or. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
