Produktuak

Koderik gabeko sekuentziazio luzea-Illumina

Kodetzen ez diren RNA luzeak (lncRNA) 200 nt-tik gorako luzera duten RNA molekula mota bat dira, kodetze potentzial oso baxua dutenak.LncRNA, RNA ez-kodetzaileetan funtsezko kide gisa, batez ere nukleoan eta plasman aurkitzen da.Sekuentziazio-teknologiaren eta bioinformtikaren garapenak lncRNA berri ugari identifikatu eta funtzio biologikoekin lotzen ditu.Ebidentzia metatuek iradokitzen dute lncRNAk erregulazio epigenetikoan, transkripzioaren erregulazioan eta transkripzioaren osteko erregulazioan parte hartzen duela.

Jarri gurekin harremanetan

Zerbitzuaren xehetasunak

Bioinformatika

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

● Zerbitzuaren abantailak

● Zelularra eta ehun espezifikoa

● Etapa zehatzak adierazpen aldaketa dinamikoa adierazten eta aurkezten du

● Denbora eta espazioaren adierazpen eredu zehatzak

● Analisi bateratua mRNA datuekin.

● BMKCloud-en oinarritutako emaitzak entrega: datu-meatzaritza pertsonalizatua eskuragarri dago plataforman.

● Salmenta osteko zerbitzuak 3 hilabeterako balio du proiektua amaitzean

Lagin-baldintzak eta entrega

Liburutegia	Plataforma	Gomendatutako datuak	Datuen QC
rRNA agortzea	Illumina PE150	10 Gb	Q30≥85%

Konk. (ng/μl)

Kantitatea (μg)

Garbitasuna

Osotasuna

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez.

Landareetarako: RIN≥6,5;

Animalientzat: RIN≥7,0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

Oinarrizko kota mugatua edo ez

Nukleotidoak:

Ehuna: Pisua (lehorra): ≥1 g

*5 mg baino txikiagoak diren ehunetarako, izoztutako (nitrogeno likidoan) ehun lagina bidaltzea gomendatzen dugu.

Zelula esekidura: Zelula kopurua = 3×10⁷
* Izoztutako zelula lisatua bidaltzea gomendatzen dugu.Gelaxka hori 5×10 baino txikiagoa bada⁵, nitrogeno likidoan izoztutako flasha gomendatzen da.

Odol laginak:
PA×geneBloodRNATube;
6 mlTRIzol eta 2 ml odol (TRIzol:Odola=3:1)

Laginaren entrega gomendatua
Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Laginaren etiketatzea: Taldea+erreplika, adibidez, A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Bidalketa:
1.Izotz lehorra: laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2.RNAstable hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodian lehortu daitezke (adibidez, RNAstable®) eta giro-tenperaturan bidal daitezke.

Zerbitzuaren Lan Fluxua

Esperimentuen diseinua

Laginaren entrega

RNA erauzketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Salmenta osteko zerbitzuak

Aurrekoa: RNA txikiaren sekuentziazioa-Illumina

Hurrengoa: Ez-erreferentzian oinarritutako mRNA sekuentziazioa-Illumina

Bioinformatika

1.LncRNA sailkapena

Goiko lau softwareek aurreikusitako LncRNA 4 kategoriatan sailkatu ziren: lincRNA, anti-sens-LncRNA, intrronic-LncRNA;zentzua-LncRNA.LncRNA sailkapena beheko histograman erakutsi zen.

LncRNA-sailkapena

LncRNA sailkapena

2.DE-lncRNA aberastearen analisiaren Cis helburuko geneak

ClusterProfiler GO aberasteko analisian erabili zen diferentzialki adierazitako lncRNAren (DE-lncRNA) cis helburuko geneetan, prozesu biologikoei, funtzio molekularrei eta osagai zelularrei dagokienez.GO aberaste-analisia DEG-ek zuzendutako nabarmen aberastutako GO terminoak identifikatzeko prozesu bat da, genoma osoarekin alderatuta.Termino aberastuak histograman, burbuilen taulan eta abarretan aurkeztu ziren behean erakusten den moduan.

DE-lncRNA-ren aberaste-analisia--Bubble-diagrama DE-lncRNA aberastearen analisiaren Cis helburuko geneak -Bubble diagrama

3. MRNAren eta lncRNAren luzera, exoi-zenbakia, ORF eta adierazpen-kopurua konparatuz, haien arteko egitura, sekuentzia eta abarretako desberdintasunak uler ditzakegu, eta guk aurreikusitako lncRNA berriaren ezaugarri orokorrekin bat datorren ala ez egiaztatu ere.

BMK kasua

LncRNA adierazpen-profil desregulatua saguaren biriketako adenokartzinometan KRAS-G12D mutazioarekin eta P53 knockoutarekin

Argitaratu:Medikuntza Zelularra eta Molekularraren Aldizkaria,2019

Sekuentziazio estrategia

Argia

Lagin-bilketa

NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) zelulak eta kontrol negatiboa (sh-Scr) zelulak infekzio biriko zehatz baten 6. egunean lortu ziren.

Emaitza nagusiak

Azterketa honek saguaren biriketako adenokartzinoma aberrantean adierazitako lncRNAak ikertzen ditu P53 knockoutarekin eta KrasG12D mutazioarekin.
1.6424 lncRNA modu desberdinean adierazi ziren (≥ 2 aldiz aldaketa, P <0.05).
2. 210 lncRNA (FC≥8) guztien artean, 11 lncRNAren adierazpena P53-k erregulatu zuen, 33 lncRNA KRASek eta 13 lncRNA hipoxiaren bidez KP zelula primarioetan, hurrenez hurren.
3.NONMMUT015812, saguaren biriketako adenokartzinomaren gorakada nabarmena zena eta P53 berre-espresioaren bidez negatiboki erregulatua, bere funtzio zelularra aztertzeko detektatu zen.
4.ShRNA-ek NONMMUT015812 suntsitzeak KP zelulen ugalketa eta migrazio gaitasunak murriztu zituen.NONMMUT015812 onkogene potentziala zen.

PB-luzera osoa-RNA-Sekuentziazioa-kasu-azterketa

NONMMUT015812-knockdown KP zeluletan KEGG bidearen azterketa

NONMMUT015812-knockdown KP zeluletan diferentzialki adierazitako geneen Gene Ontologiaren azterketa

Erreferentzia

Desregulatutako lncRNA adierazpen-profila saguaren biriketako adenokartzinometan KRAS-G12D mutazioarekin eta P53 knockout-arekin [J].Medikuntza Zelularra eta Molekularra, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584