Metabolomika
Ezaugarriak
●Ez-Metabolomika zuzendua (Discovery Metabolomika)
Kromatografia likido-espektrometria masiboa (LC-MS) teknologian oinarrituta, metabolomika ez-zuzenduak ahalik eta metabolito molekula txiki gehien detektatzea ahalbidetzen du, alborapenik gabe, lagin biologikoetan, hala nola zeluletan, ehunetan, organoetan edo gorputz-fluidoetan. Talde esperimentalen eta kontrol-taldeen arteko analisi konparatiboa egiten du, eta metabolito desberdinak aztertzen ditu analisi estatistikoaren bidez.
● Lipidoen metabolomika ez-zuzendua
Kromatografia likido-espektrometria masiboaren (LC-MS) teknologia erabiliz,nLipidoen metabolomika zuzenduak ahalik eta lipido molekula gehien detektatzen ditu alboragabe lagin biologikoetan, hala nola zelulak, ehunak, organoak edo gorputz-fluidoak.
● Zabala-Metabolomika zuzendua
Zerbitzu honek ezin hobeto konbinatzen ditu helburu gabeko teknologiaren bereizmen handiko eta estaldura zabaleko abantailak, MRM (Erreakzio Anitzeko Monitorizazioa) teknologia zuzenduaren sentikortasun handiko eta kuantifikazio zehatzeko gaitasunekin. Lan-fluxua honako hau da: Lehenik eta behin, bereizmen handiko masa-espektrometria erabiltzen da laginetan estaldura ultra-handiko MS² eskaneatzea egiteko, metabolito "guztien" MS² espektroak lortzeko. Ondoren, metabolitoen identifikazio zehatza egiten da bereizmen handiko MS² liburutegi batekin konbinatuz (25.000 metabolito baino gehiago hartzen dituena, metabolito bakoitzerako bereizmen handiko MS² espektro estandar anitzekin). Ondoren, MRM ioi bikoteen informazioa masa-espektroetatik ateratzen da laginentzako liburutegi espezifiko bat ezartzeko. Azkenik, MRM teknologiarekin hirukoitz kuadrupolo masa-espektrometria aplikatzen da kuantifikazio zehatza lortzeko.
● Metabolomika zuzendua
Metabolomika zuzenduak bide espezifiko batean parte hartzen duten hainbat konposatu edo metabolito guztietan/zati batean jartzen du arreta. Substantzia estandarrak erabiliz, espezifikotasun sendoa, sentikortasun handia eta errepikagarritasun ona dituen detekzio-metodo bat ezartzen du konposatuen kuantifikazio eta analisietarako. Kanpoko estandarra barneko estandar batekin konbinatuta erabiltzen du kuantifikazio absoluturako, kurba estandarraren linealtasuna 0,99tik gorakoa izanik eta ng/mL mailarainoko sentikortasuna duelarik.
Abantailak
●Detekzio Aurreratuaren Plataforma
-Goi-mailako bereizmen handiko masa-espektrometroekin eta hirukoitz kuadrupoloko masa-espektrometroekin hornituta, milaka metabolito aldi berean detektatu eta aztertzeko aukera ematen dutenak.
●Datu-base integralak
- Datu-base publikoak: METLIN, KEGG, HMDB, NP Atlas eta Lipidmaps biltzen dituzte, 500.000 metabolito baino gehiago barne hartzen dituztenak.
- Etxean bertanLandare espezifikoen datu-basea: 25.000 metabolito baino gehiago ditu, metabolito primarioak eta sekundarioak barne.
- Etxean bertanAnimalien/Medikuen datu-base espezifikoa: 12.000 metabolito baino gehiago ditu.
●Kalitate Kontrol Sistema Zorrotza
-Kalitate-kontrol zorrotza, tresnen egonkortasuna, substantzia-hondakinak, QC laginaren PCA eta korrelazio-analisia barne hartzen dituena, datuen kalitate fidagarria bermatzeko.
●Metabolitoen detekzio-ahalmen handia
- Ez-Metabolomika zuzendua: Batez beste 4.200 metabolito baino gehiago detektatzen ditu exekuzio bakoitzeko, aproposa laginetan metabolito ezezagunak aztertzeko eta lagin konplexuetan metabolitoak identifikatzeko.
- Zabala-Metabolomika zuzendua (landareak): Batez beste 2.410 metabolito baino gehiago detektatzen ditu exekuzio bakoitzeko, metabolito primarioak eta sekundarioak barne.
- Zabala-Metabolomika zuzendua (animaliak): Batez beste 1.250 metabolito baino gehiago detektatzen ditu exekuzio bakoitzeko.
- Metabolomika zuzendua: panelak-rakometabolitoen kategoria anitz.
●Analisi osoa
-10 analisi elementu baino gehiago eta 20 bistaratze grafiko baino gehiago eskaintzen ditu.
●Salmenta osteko zerbitzu pentsakorra
-Salmenta osteko aholkularitza eta azken txostenaren interpretazio laguntza eskaintzen ditu.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Irtenbidea | Plataforma | Gomendatutako erreplika biologikoak |
|---|---|---|
| Metabolomika Ez-Zuzendua | UHPLC-TOF-MS (Waters Xevo G2-XS QTof) | Landare eta mikrobio lagina: ≥ 6 Animalien lagina: ≥ 10 Lagin klinikoa: ≥ 30 Lagin biologiko erreplikatu guztiak modu independentean aztertu ziren. |
| Metabolomika Helburu Zabalak | Ura Xevo G2-XS QTOF + AB Sciex QTRAP 6500+ | Landare lagina: ≥ 3 |
| Metabolomika zuzendua | UHPLC-QQQ-MS (AB Sciex QTRAP 6500+) GC-MS (Agilent 7890-5977, Agilent 7820-5977) | Landare lagina: ≥ 3 Animalia lagina: ≥ 6 |
Laginaren eskakizunak
Zure laginen irizpideak betetzen dituzten ala ez galdetzen ari zara? Egin klik hemen gure informazioa lortzeko.azken lagin-eskakizunak.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Lagin Bilketa
Metabolitoen erauzketa
Datuen eskurapena
Datuen analisia
Datuen bidalketa
1. Atzeko planoko zarata eta datu gordinen kalitate baxuko datuen prozesamendua
2. Datuen Kalitatearen Ebaluazioa
2.1 Osagai nagusien analisia
2.2 Erreproduzigarritasunaren ebaluazioa
3. Metabolitoen oharra
3.1 KEGG datu-basearen anotazioa
3.2 HMDB datu-basearen anotazioa
3.3 Lipidmaps datu-basearen oharrak
4. Laginen taldekatzearen datuen azterketa (erreplika biologikoak)≥3)
4.1 Taldeko osagai nagusien analisia
4.2 Karratu txikienen diskriminatzaile ortogonalaren analisi partziala (OPLS-DA)
4.3 Taldeko metabolitoen analisi diferentziala
5. Metabolitoen hautaketa diferentziala (erreplika biologikoak)≥3)
5.1 Tolestura-aldaketa diferentzialaren analisia
5.2 Metabolito diferentzialaren sumendi-diagrama
5.3 Metabolitoen multzokatze diferentzialaren mapa termikoa
5.4 Metabolitoen korrelazio diferentzialaren grafikoa
5.5 Metabolito diferentzialaren Z puntuazio grafikoa
5.6 Metabolito diferentzialen radar grafikoaren analisia
5.7 Metabolito diferentzialaren biolin-diagrama
5.8 Metabolito diferentzialaren kaxa-diagrama
5.9 KEGG metabolito diferentzialaren funtzio-anotazioa eta aberaste-analisia
5.10 ROC kurbaren analisia
5.11 Metabolitoen k-batez bestekoen multzokatzea
5.12 Metabolito diferentzialaren Venn diagrama
1. Datuen Kalitatearen Ebaluazioa
↑Ckorrelazio-analisia(Proba-lagina/QC lagina)
↑Osagai nagusien analisia ↑Metabolitoen multzokatze-analisia
2. Metabolitoen oharra
↑KEGG datu-basearen oharrak↑HMDB datu-basearen oharrak
↑Lipidmaps datu-basearen oharrak
3. Laginen taldekatzearen datuen azterketa (erreplika biologikoak)≥3)
↑Taldeko osagai nagusien analisia(2D/3D)
↑Karratu txikienen diskriminatzaile ortogonalaren analisi partziala (OPLS-DA)
4. Metabolitoen hautaketa diferentziala (erreplika biologikoak)≥3)
↑Tolestura-aldaketa diferentzialaren analisia↑Sumendi metabolito diferentzialaren grafikoa
↑Metabolitoen multzokatze diferentzialaren mapa termikoa↑Metabolito diferentzialen korrelazio grafikoa
↑Metabolito diferentzialaren Z puntuazioaren grafikoa↑Metabolito diferentzialen radar grafikoaren analisia
↑Biolinen metabolito diferentzialaren grafikoa↑Metabolito diferentzialaren kaxa-diagrama
↑KEGG metabolito diferentzialaren funtzio-anotazioa eta aberaste-analisia
↑ROC kurbaren analisia↑Metabolito diferentzialen k-batez bestekoen multzokatzea
↑Venn metabolito diferentziala diagrama
Wang X, Wang D, Liu X, Zhang H, Chen G, Xu M, Shen X, You C. Malus domestica-n BEL1 antzeko homeodominio transkripzio faktore SAWTOOTH1 (MdSAW1) sagar transgenikoen eta Arabidopsis-en tolerantzia hobetzen du zinkaren gehiegizko estresarekiko. Int J Biol Macromol. 2025 Maiatza;307(Pt 3):141948. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2025.141948. Epub 2025 Mar 10. PMID: 40074134.
Ain QU, Hussain HA, Rahman L, Zhang Q, Rehman A, Hussain S, Uddin S, Imran A. Moringa oleifera-k bitartekatutako nanopartikula berdeen eta onddo mikorriza arbuskularrek artoaren (Zea mays L.) hazkuntzan, sustrai-sistemaren arkitekturan eta mantenugaien xurgapenean duten efektu interaktiboa. Plant Physiol Biochem. 2025eko iraila;226:110063. doi: 10.1016/j.plaphy.2025.110063. Epub 2025eko maiatzaren 24a. PMID: 40441096.
Wang X, Luo J, Wang Q, Zhang Q, Zhao T, Liu Y, Li T, Liu X, Jiang J. Jasmonatoak SlJAZ2/3-SlMYC3-antzeko modulua aktibatzen du, tomateak K+ estres baxuari erantzuten dion K+ xurgapena erregulatuz. J Integr Plant Biol. 2025eko abuztua;67(8):2058-2077. doi: 10.1111/jipb.13941. Epub 2025eko maiatzaren 28a. PMID: 40432500.
