Nanopore transkriptoma osoa

Nanopore transkriptomaren sekuentziazioa metodo indartsua da luzera osoko cDNAk sekuentziatzeko, transkripzioen isoformak zehatz-mehatz identifikatuz eta kuantifikatuz. BMKCloud Nanopore Luzera Osoko Transkriptoma Hodia Nanopore plataforman sortutako RNA-Seq datuak kalitate handiko erreferentziazko genoma ondo anotatu batekin aztertzeko diseinatuta dago, gene eta transkripzio mailan analisi kualitatiboa eta kuantitatiboa eskainiz. Kalitate kontrolaren ondoren, luzera osoko sekuentzia ez-kimerikoak (FLNC) lortzen dira eta adostasun sekuentziak erreferentziazko genomara mapatzen dira transkripzio erredundanteak kentzeko. Transkripzio multzo honetatik, adierazpena kuantifikatzen da eta modu diferentzialean adierazitako geneak eta transkripzioak identifikatzen eta funtzionalki anotatzen dira. Hodiak poliadenilazio alternatiboaren (APA) analisia, splicing alternatiboaren analisia, sekuentzia errepikapen sinplearen (SSR) analisia, lncRNAren eta dagokien jomugen iragarpena, kodetze sekuentzien iragarpena (CDS), gene familien analisia, transkripzio faktoreen analisia, gene berrien iragarpena eta transkripzioen anotazio funtzionala ere barne hartzen ditu.