Pacbio Transkriptoma osoa

PacBio Transkriptoma Osoaren Sekuentziazioak, Isoseq-ek, transkriptoen isoformen identifikazio zehatza ahalbidetzen du, poliadenilazio eta splicing alternatiboak argituz eta geneen espresioaren analisi zehatzagoa lortuz. BMKCloud PacBio Transkriptoma Osoaren kanalizazioa Sekuentziazio Zirkular Ados (CCS) moduan sekuentziatutako cDNA liburutegiak aztertzeko diseinatuta dago eta sekuentzia ez-kimerikoak (FLNC) identifikatzen ditu, eta ondoren transkripto ez-erredundanteetan multzokatzen dira. Ondorengo BUSCO analisi batek transkriptomaren muntaketaren osotasuna ebaluatzen du. Muntatutako transkriptomatik abiatuta, hainbat analisi egiten dira: splicing alternatiboa, sekuentzia errepikapen sinplea (SSR), lncRNAren eta dagokien gene helburuaren iragarpena, gene berrien iragarpena, gene familien analisia, transkripzio faktoreen analisia eta transkriptoen anotazio funtzionala.