Landare/Animal De Novo Genomaren Sekuentziazioa
De NovoSekuentziazioak espezie baten genoma osoaren eraikuntza adierazten du, sekuentziazio-teknologiak erabiliz, erreferentziazko genomarik ezean. Hirugarren belaunaldiko sekuentziazioaren sarrerak eta hedapenak, irakurketa luzeagoak dituenak, genomaren muntaketa nabarmen hobetu du irakurketen arteko gainjartzea handituz. Hobekuntza hau bereziki garrantzitsua da genoma zailekin ari garenean, hala nola heterozigosi handia, eskualde errepikakorren ratio handia, poliploideak eta elementu errepikakorrak dituzten eskualdeak, GC eduki anormalak edo konplexutasun handia dutenak, normalean irakurketa laburreko sekuentziazioa erabiliz gaizki muntatzen direnak.
Gure irtenbide integralak sekuentziazio zerbitzu integratuak eta analisi bioinformatikoa eskaintzen ditu, kalitate handiko de novo genoma muntatu bat lortzeko. Illumina-rekin egindako hasierako genomaren azterketa batek genomaren tamaina eta konplexutasunaren estimazioak ematen ditu, eta informazio hori PacBio HiFi-rekin irakurketa luzeko sekuentziazioaren hurrengo urratsa gidatzeko erabiltzen da, eta ondoren...berrikiKontigak muntatzea. Ondorengo HiC muntaketaren erabilerak kontigak genomara ainguratzea ahalbidetzen du, kromosoma mailako muntaketa lortuz. Azkenik, genoma geneen iragarpenaren eta adierazitako geneen sekuentziazioaren bidez anotatzen da, irakurketa labur eta luzeak dituzten transkriptometara joz.
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Sekuentziazio eta bioinformatika zerbitzu anitzen integrazioa irtenbide bakarrean:
Genomaren azterketa Illumina-rekin genomaren tamaina kalkulatzeko eta ondorengo urratsak gidatzeko;
Irakurketa luzeko sekuentziazioaberrikikontigak muntatzea;
Hi-C sekuentziazioa kromosomak ainguratzeko;
mRNA sekuentziazioa geneen anotaziorako;
Muntaketaren baliozkotzea.
● Intereseko espezieentzako genoma berriak eraikitzeko edo dauden erreferentziazko genomen hobekuntzarako egokia den zerbitzua.
Zerbitzuaren abantailak
Sekuentziazio plataformen eta bioinformatikaren garapenaberrikigenomaren muntaketa
(Amarasinghe SL eta beste batzuk,Genomaren Biologia, 2020)
●Esperientzia zabala eta argitalpen erregistroaBMKGenek esperientzia handia metatu du espezie anitzen genomaren muntaketa kalitate handikoan, besteak beste, poliploide eta alopoliploide espezieen genoma diploideak eta genoma oso konplexuak. 2018az geroztik, baino gehiagotan lagundu dugu300 eragin handiko argitalpen, eta horietatik 20+ Nature Genetics aldizkarian argitaratu dira.
● Soluzio bakarraGure ikuspegi integratuak sekuentziazio-teknologia ugari eta analisi bioinformatikoak konbinatzen ditu lan-fluxu kohesionatu batean, kalitate handiko genoma muntatu bat lortuz.
●Zure beharretara egokituaGure zerbitzu-lan-fluxua pertsonalizagarria da, ezaugarri anitzak eta ikerketa-beharrizan espezifikoak dituzten genometarako egokitzapena ahalbidetuz. Horrek genoma erraldoiak, genoma poliploideak, genoma oso heterozigotoak eta gehiago barne hartzen ditu.
●Bioinformatika eta Laborategiko Talde Oso Gaitua: genoma konplexuen muntaketa esperimentalean zein bioinformatikan esperientzia handia du, eta patente eta software copyright sorta bat du.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Genomaren azterketa | Genomaren muntaketa | Kromosoma mailan | Genomaren oharra |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi irakurketak | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (aukerakoa) RNA-seq PacBio osoaren luzera 40 Gb edo Nanopore 12 Gb |
Zerbitzu-eskakizunak
Genoma Inkestarako, Genoma Muntaketarako eta Hi-C Muntaketarako:
| Ehun edo erauzitako azido nukleikoak | Genomaren Azterketa | Genomaren muntaketa PacBio-rekin | Hi-C Muntaketa |
| Animalien erraiak | 0,5-1 gramo
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Animalien muskuluak | ≥ 5 g | ||
| Ugaztunen odola | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Hegazti/Arrain Odola | ≥ 0,5 ml | ||
| Landare- Hosto Freskoa | 1-2 gramo | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Zelulak landuak |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Intsektua | 0,5-1 gramo | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Ateratako DNA | Kontzentrazioa: ≥1 ng/ µL Kopurua ≥ 30 ng Degradazio edo kutsadura mugatua edo batere ez | Kontzentrazioa: ≥ 50 ng/ µL Kopurua: 10 µg/fluxu-zelula/lagin OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Degradazio edo kutsadura mugatua edo batere ez |
-
|
Transkriptomikarekin genomaren anotaziorako:
| Ehun edo erauzitako azido nukleikoak | Illumina transkriptoma | PacBio Transkriptoma | Nanoporoen transkriptoma |
| Landarea - Sustraia/Zurtoina/Petaloa | 450 mg | 600 mg | |
| Landarea – Hostoa/Hazia | 300 mg | 300 mg | |
| Landare - Fruitua | 1,2 gramo | 1,2 gramo | |
| Animalien bihotza/hestea | 300 mg | 300 mg | |
| Animalien erraiak/garuna | 240 mg | 240 mg | |
| Animalien muskuluak | 450 mg | 450 mg | |
| Animalien hezurrak/ilea/azala | 1 gramo | 1 gramo | |
| Artropodoa - Intsektua | 6 | 6 | |
| Artropodoa - Krustazeoa | 300 mg | 300 mg | |
| Odol osoa | Hodi 1 | Hodi 1 | |
| Ateratako RNA | Kontzentrazioa: ≥ 20 ng/ µL Kantitatea ≥ 0,3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Kontzentrazioa: ≥ 100 ng/ µL Kopurua ≥ 0,75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Kontzentrazioa: ≥ 100 ng/ µL Kopurua ≥ 0,75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7,5 5≥28S/18S≥1 |
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
(Lagin gehienentzat, etanolean ez kontserbatzea gomendatzen dugu.)
Laginen etiketatzea: Laginak argi eta garbi etiketatuta egon behar dira eta aurkeztutako laginaren informazio-formularioaren berdin-berdinak.
Bidalketa: Izotz lehorra: Laginak lehenik poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
Lan-fluxua
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
DNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika-analisi osoa, 4 urratsetan banatuta:
1) Genomaren azterketa, NGS irakurketekin k-mer analisian oinarrituta:
Genomaren tamainaren estimazioa
Heterozigosiaren estimazioa
Eskualde errepikakorren estimazioa
2) Genomaren muntaketa PacBio HiFi-rekin:
Berriromuntaketa
Muntaketa-ebaluazioa: BUSCO analisia barne, genomaren osotasuna eta NGS eta PacBio HiFi irakurketen atzera-mapatzea barne.
3) Hi-C muntaketa:
Hi-C liburutegiaren QC: baliozko Hi-C interakzioen estimazioa
Hi-C muntaketa: kontigak taldeka sailkatzea, ondoren kontigak talde bakoitzaren barruan ordenatzea eta kontigaren orientazioa esleitzea
Hi-C ebaluazioa
4) Genomaren anotazioa:
RNA ez-kodetzailearen iragarpena
Sekuentzia errepikakorren identifikazioa (transposoiak eta tandem errepikapenak)
Geneen iragarpena
§Berriroab initio algoritmoak
§ Homologian oinarrituta
§ Transkriptoman oinarrituta, irakurketa luze eta laburrekin: irakurketak diraberrikizirriborro genomaren muntaketa edo mapaketa
§ Aurreikusitako geneen anotazioa datu-base anitzekin
1) Genome Survey- k-mer analisia
2) Genomaren Muntaketa
2) Genomaren Muntaketa – PacBio HiFi-k zirriborro-muntaketarako mapaketa irakurtzen du
2) Hi-C Muntaketa – Hi-C baliozko interakzio bikoteen estimazioa
3) Hi-C muntaketa osteko ebaluazioa
4) Genomaren anotazioa – aurreikusitako geneen integrazioa
4) Genomaren anotazioa – aurreikusitako geneen anotazioa
Arakatu BMKGene-ren de novo genomaren muntaketa zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez:
Li, C. et al. (2021) 'Genomaren sekuentziek sakabanaketa-bide globalak agerian uzten dituzte eta itsas zaldien eboluzioan egokitzapen genetiko konbergenteak iradokitzen dituzte', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Eskala handiko kromosoma-aldaketek genoma-mailako espresio-aldaketak, ingurumen-egokitzapena eta espeziazioa eragiten dituzte Gayalean (Bos frontalis)', Molecular Biology and Evolution, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Lehortearekiko erresistentea den arto-germoi-plasma nabarmen baten genomaren muntaketa eta disekzio genetikoa', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496–506 or. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae familiako bi genoma aztertuz tropano alkaloideen biosintesiaren bilakaera agerian uztea', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1–18 or. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Kasu-azterketa erronkak:
Telomeroen arteko muntaketa:Fu, A. et al. (2023) 'Meloi mingotsaren (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) telomero-telomero genomaren muntaketak fruituaren garapena, osaera eta heltze-ezaugarri genetikoak agerian uzten ditu', Horticulture Research, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotipoen muntaketa:Hu, W. et al. (2021) 'Aleloz definitutako genomak bereizketa bialelikoa agerian uzten du mandiokaren eboluzioan zehar', Molecular Plant, 14(6), 851–854 or. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Genoma erraldoiaren muntaketa:Yuan, J. et al. (2022) 'Paeonia ostii zuhaitz-peoniaren giga-kromosomen eta giga-genomaren oinarri genomikoa', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), 1–16 or. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Poliploideen genomaren muntaketa:Zhang, Q. et al. (2022) 'Saccharum spontaneum azukre-kanabera autopoliploidearen kromosoma-murrizketari buruzko ikuspegi genomikoak', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), 885–896 or. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
