BMKCloud Log in
条形banner-03

Produktuak

Landare/Animal De Novo Genomaren Sekuentziazioa

De Novosekuentziazioa espezie baten genoma osoa eraikitzeari deritzo sekuentziazio teknologiak erabiliz, adibidez, PacBio, Nanopore, NGS, etab., erreferentziazko genomarik ezean.Hirugarren belaunaldiko sekuentziazio teknologien irakurketaren luzeraren hobekuntza nabarmenak aukera berriak ekarri ditu genoma konplexuak mihiztatzeko, hala nola, heterozigositate handia dutenak, eskualde errepikakorren proportzio altua dutenak, poliploideak, etab. Irakurketaren luzera hamarnaka kilobase mailan dagoenez, sekuentziazio irakurketa hauek ahalbidetzen dute. Elementu errepikakorrak, GC eduki anormalak dituzten eskualdeak eta oso konplexuak diren beste eskualde batzuk ebaztea.

Plataforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq Plataforma


Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

1Sekuentziazio-eta-bioinformatika-garapena-de-novo-genoma-muntaia

Sekuentziazio-plataformen eta bioinformatikaren garapenade novogenomaren muntaia

(Amarasinghe SL et al.,Genoma Biologia, 2020)

● Interesgarri diren espezieentzako genoma berriak eraikitzea eta dauden erreferentziazko genomak hobetzea.

● Muntaian zehaztasun, jarraitutasun eta osotasun handiagoa

● Sekuentziaren polimorfismoa, QTLak, geneen edizioa, hazkuntza, etab. ikerketarako oinarrizko baliabideak eraikitzea.

● Hirugarren belaunaldiko sekuentziazio-plataformen espektro osoz hornitua: genoma muntatzeko soluzio bakarra.

● Sekuentziazio- eta muntaketa-estrategia malguak ezaugarri desberdinak dituzten genoma anitzak betez

● Gaitasun handiko bioinformatika-taldea esperientzia handia duena genoma-muntai konplexuetan, poliploideetan, genoma erraldoietan, etab.

● 100 kasu arrakastatsu baino gehiago argitaratutako eragin-faktore metatua 900etik gorakoa

● Kromosoma-mailako genomaren muntaketa egiteko 3 hilabete bezain azkar buelta emateko denbora.

● Euskarri tekniko sendoa, bai alde esperimentalean bai bioinformatikan, patente eta software egile-eskubide batzuekin.

Zerbitzuaren zehaztapenak

 

Edukia

 

 

Plataforma

 

 

Irakurri Luzera

 

 

Estaldura

 

Genomaren Inkesta

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

≥ 50X

 

 

Genomaren Sekuentziazioa

 

PacBio Revio

 

15 kb HiFi irakurketak

 

≥ 30X

 

Kaixo-C

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

100X

 

 

 

Lan-fluxua

de novo

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

Espezieak

Ehuna

PacBiorentzat

Nanoporerako

Animaliak

Organo erraiak (gibela, barea, etab.)

≥ 1,0 g

≥ 3,5 g

Gihar

≥ 1,5 g

≥ 5,0 g

Ugaztunen odola

≥ 1,5 ml

≥ 5,0 ml

Arrainen edo txorien odola

≥ 0,2 ml

≥ 0,5 ml

Landareak

Hosto freskoak

≥ 1,5 g

≥ 5,0 g

Petaloa edo zurtoina

≥ 3,5 g

≥ 10,0 g

Sustraiak edo haziak

≥ 7,0 g

≥ 20,0 g

Zelulak

Zelula-kultura

≥ 3×107

≥ 1×108

Laginaren entrega gomendatua

Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Lagin gehienetarako, etanolean ez kontserbatzea gomendatzen dugu.
Laginak etiketatzea: laginak argi eta garbi etiketatuta egon behar dira eta bidalitako laginaren informazio-inprimakiaren berdinak.
Bidalketa: izotz lehorra: laginak poltsetan sartu behar dira lehenik eta izotz lehorrean lurperatu.

Zerbitzuaren Lan Fluxua

Lagina QC

Esperimentuen diseinua

laginaren entrega

Laginaren entrega

Esperimentu pilotua

DNA erauztea

Liburutegiaren Prestaketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Datuen azterketa

Salmenta osteko Zerbitzuak

Salmenta osteko zerbitzuak


  • Aurrekoa:
  • Hurrengoa:

  • *Hemen erakusten diren demo-emaitzak Biomarker Technologies-ekin argitaratutako genometakoak dira

    1.Kromosoma-mailako genomaren muntaketa-zirkuakG. rotundifoliumNanopore sekuentziazio plataformaren bidez

    3Zirkoak-kotoiaren-genomaren-ezaugarri-genomikoak

    Wang M et al.,Biologia Molekularra eta Eboluzioa, 2021 

    2.Weining zekalearen genomaren muntaketa eta ohartazioaren estatistikak

    4Genomaren-muntaketaren-eta-anotazioaren estatistikak

    Li G et al.,Naturaren Genetika, 2021

    3.Geen iragarpenaSechium edulegenoma, hiru iragarpen metodoetatik eratorria:Berriziragarpena, Homologian oinarritutako iragarpena eta RNA-Seq datuetan oinarritutako iragarpena

    5Gene-iragarpena

    Fu A et al.,Baratzezaintza Ikerketa, 2021

    4.Kotoiaren hiru genometan oso-osorik dauden errepikapen terminal luzeak identifikatzea

    6Genomaren-errepikapen-elementuak identifikatzea

    Wang M et al.,Biologia Molekularra eta Eboluzioa, 2021

    5.Hi-C bero-mapaC. acuminatagenoma osoko elkarrekintzak erakusten dituena.Hi-C interakzioen intentsitatea kontigren arteko distantzia linealarekiko proportzionala da.Bero-mapa honetako lerro zuzen garbi batek kromosometan kontigen ainguraketa oso zehatza dela adierazten du.(Contig ainguraketa ratioa: % 96,03

    7Hi-C-bero-mapa-muntatutako-sekuentziazio-ainguraketa

    kang M et al.,Natura Komunikazioak,2021

     

    BMK kasua

    Kalitate handiko genoma-multzo batek zekalearen ezaugarri genomikoak eta agronomikoki garrantzitsuak diren geneak nabarmentzen ditu

    Argitaratu: Naturaren Genetika, 2021

    Sekuentziazio estrategia:

    Genomaren muntaia: PacBio CLR modua 20 kb-ko liburutegiarekin (497 Gb, 63× inguru)
    Sekuentziaren zuzenketa: NGS 270 bp DNA liburutegiarekin (430 Gb, 54× inguru) Illumina plataforman
    Kontigs ainguraketa: Hi-C liburutegia (560 Gb, 71× inguru) Illumina plataforman
    Mapa optikoa: (779,55 Gb, 99× inguru) Bionano Irys-en

    Emaitza nagusiak

    1. Weining zekalearen genomaren muntaketa bat argitaratu zen 7,74 Gb-ko genomaren tamaina guztira (fluxu-zitometriaren bidez estimatutako genomaren tamainaren %98,74).Muntaia honetako scaffold N50-k 1,04 Gb lortu zuen.Kontig-en % 93,67 7 sasi-kromosometan ongi ainguratu ziren.Muntaia hau lotura maparen, LAI eta BUSCOren bidez ebaluatu zen, eta ebaluazio guztietan puntuazio altua lortu zuten.

    2.Genomika konparatiboari, lotura genetikoen mapari eta transkriptomikari buruzko ikerketa gehiago egin ziren genoma honen oinarrian.Ezaugarri genomikoekin erlazionatutako ezaugarri batzuk agerian utzi ziren, besteak beste, genoma osoko geneen bikoizketak eta almidoiaren biosintesiaren geneetan duten eragina;prolamin-loku konplexuen antolamendu fisikoa, gene-adierazpenaren ezaugarriak goiburuko ezaugarri goiztiarrak eta etxekotzeari lotutako eskualde kromosomikoak eta toki-lokuak zekalean.

    PB-luzera osoa-RNA-Sekuentziazioa-kasu-azterketa

    Weining zekalearen genomaren ezaugarri genomikoei buruzko zirkuko diagrama

    PB-luzera osoa-RNA-epaketa-alternatiboa

    Zekalearen genomaren bilakaera eta kromosomaren sinteniaren analisiak

    Erreferentzia

    Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Kalitate handiko genoma-multzo batek zekalearen ezaugarri genomikoak eta agronomikoki garrantzitsuak diren geneak nabarmentzen ditu.Nat Genet 53,574–584 (2021).

    https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z

    jaso aurrekontua

    Idatzi zure mezua hemen eta bidali iezaguzu

    Bidali zure mezua: