Landare/Animalia Genoma Osoaren Sekuentziazioa
Zerbitzuaren Ezaugarriak
Berriro
Teknika hau bereziki erabilgarria da genoma zailetan, hala nola heterozigosi maila altua, eskualde errepikakorrak, genoma polipoloideak, CG eduki anormalak eta abar dituztenetan.
Gure irtenbide integralak sekuentziazio zerbitzu integratuak eta analisi bioinformatikoa eskaintzen ditu, kalitate handiko de novo genoma muntatu bat lortzeko. Illumina-rekin egindako hasierako genomaren azterketa batek genomaren tamaina eta konplexutasunaren estimazioak ematen ditu, eta informazio hori PacBio HiFi-rekin irakurketa luzeko sekuentziazioaren hurrengo urratsa gidatzeko erabiltzen da, eta ondoren...berrikiKontigak muntatzea. Ondorengo HiC muntaketaren erabilerak kontigak genomara ainguratzea ahalbidetzen du, kromosoma mailako muntaketa lortuz. Azkenik, genoma geneen iragarpenaren eta adierazitako geneen sekuentziazioaren bidez anotatzen da, irakurketa labur eta luzeak dituzten transkriptometara joz.
-- Sekuentziazio eta bioinformatika zerbitzu anitzen integrazioa irtenbide bakarreanEleberri eraikitzailearentzat egokia den zerbitzua
-- intereseko espezieen genomak edo dauden erreferentziazko genomen hobekuntza.
Berriro sekuentziatzea
-- Liburutegiaren prestaketa estandarra edo PCRrik gabekoa izan daiteke
-- 4 sekuentziazio plataformetan eskuragarri: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 edo PacBio Revio.
-- Aldaera-deietan oinarritutako analisi bioinformatikoa: SNP, InDel, SV eta CNV
Zerbitzuaren abantailak
●Esperientzia zabala eta argitalpen erregistroa: -rakoberrikizerbitzuei esker, esperientzia handia metatu dugu espezie anitzen genomaren muntaketa kalitate handikoan, besteak beste, poliploide eta aloploide espezieen genoma diploideak eta genoma oso konplexuak. 2018az geroztik, 300 argitalpen baino gehiagotan lagundu dugu eragin handikoetan, eta horietatik 20+ Nature Genetics aldizkarian argitaratu dira. Genomaren bersekuentziazioan, 1000 espezie baino gehiago metatu genituen, eta horrek 1000 kasu baino gehiago argitaratu zituen, 5000tik gorako inpaktu-faktore metatuarekin.
●Soluzio bakarraPiztutaberrikisekuentziazioan, gure ikuspegi integratuak sekuentziazio-teknologia ugari eta analisi bioinformatikoak konbinatzen ditu lan-fluxu kohesionatu batean, kalitate handiko genoma muntatu bat lortuz.
●Zure beharretara egokituaGure zerbitzu-lan-fluxua pertsonalizagarria da, ezaugarri anitzak eta ikerketa-beharrizan espezifikoak dituzten genometarako egokitzapena ahalbidetuz.
●Bioinformatika eta Laborategiko Talde Oso Gaitua: Honetarako den ala ezberrikiSekuentziazioa edo birsekuentziazioa izan, gure taldeak tresna eta ezagutza multzo trebea du proiektuaren arrakasta bermatzeko. Hori berresten dute garatu dituzten patente eta software copyright multzoak.
● Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
●Bioinformatika Analisi IntegralaAldaera-deiak eta funtzioen oharrak barne.
●Sekuentziaziorako oharpen osoaHainbat datu-base erabiltzen ditugu identifikatutako aldaerak dituzten geneak funtzionalki anotatzeko eta dagokion aberaste-analisia egiteko, zure ikerketa-proiektuei buruzko informazioa emanez.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Identifikatu beharreko aldaerak | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako sakonera |
| SNP eta InDel | Illumina NovaSeq PE150 edo MGI T7 | 10 aldiz |
| SV eta CNV (zehaztasun gutxiago) | 30 aldiz | |
| SV eta CNV (zehatzagoak) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPak, Indelak, SV eta CNVak | PacBio Revio | 10 aldiz |
Laginaren eskakizunak
| Ehun edo erauzitako azido nukleikoak | Illumina/MGI | Nanoporoa | PacBio
| ||
| Animalien erraiak | 0,5-1 gramo | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Animalien giharra | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Ugaztunen odola | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Hegazti/Arrain Odola | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Landare- Hosto Freskoa | 1-2 gramo | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Zelulak landuak |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Intsektuen ehun bigunak/Banakoak | 0,5-1 gramo | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ateratako DNA
| Kontzentrazioa: ≥ 1 ng/ µL Kopurua: ≥ 30 ng Degradazio edo kutsadura mugatua edo batere ez
| Kontzentrazioa Zenbatekoa
OD260/280
OD260/230
Degradazio edo kutsadura mugatua edo batere ez
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/fluxu-zelula/lagin
1.7-2.2
≥1.5 | Kontzentrazioa Zenbatekoa
OD260/280
OD260/230
Degradazio edo kutsadura mugatua edo batere ez | ≥ 50 ng/µL 10 µg/fluxu-zelula/lagin
1.7-2.2
1,8-2,5 |
| PCRrik gabeko liburutegiaren prestaketa: Kontzentrazioa ≥ 40 ng/ µL Kopurua ≥ 500 ng | |||||
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
DNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Datuen bidalketa
Berrirobioinformatika-hodi
Muntaketa-prozesu desberdinen ikuspegi orokorra ikusi nahi baduzu:
Bioinformatika-analisi osoa, 4 urratsetan banatuta:
1. Genomaren azterketa, NGS irakurketekin k-mer analisian oinarrituta.Honi buruzko informazioa emango digu:
- Genomaren tamainaren estimazioa
- Heterozigosiaren estimazioa
- Eskualde errepikakorren estimazioa
2. Genomaren muntaketa PacBio HiFi-rekin.Irakurketa luzeak erabiliz, honako hau lortuko dugu:
- Berriromuntaketa
- Muntaketa-ebaluazioa: BUSCO analisia barne, genomaren osotasuna eta NGS eta PacBio HiFi irakurketen atzera-mapatzea barne.
3. Hi-C muntaketa.Behin muntaketa dugunean, genomaren 3D egiturari buruzko informazioa izateak ezagutza sakonduko du eta eraikitzen ari garen erreferentziazko genoma aberastuko du.
- Hi-C liburutegiaren QC azterketa baliozko Hi-C interakzioak kalkulatzeko.
- Hi-C muntaketa. Kontigak taldeka sailkatuko ditugu, ondoren talde bakoitzaren barruan kontigak ordenatuko ditugu eta kontigaren orientazioa esleituko dugu.
- Hi-C ebaluazioa
4. Genomaren anotazioa:
- RNA ez-kodetzailearen iragarpena
- Sekuentzia errepikakorren identifikazioa (transposoiak eta tandem errepikapenak)
- Geneen iragarpena
- Berriroab initio algoritmoak
- Homologian oinarrituta.
- Transkriptoman oinarrituta, irakurketa luze eta laburrekin: irakurketak diraberrikizirriborro genomaren muntaketa edo mapaketa
- Aurreikusitako geneen anotazioa datu-base anitzekin
Berriro sekuentziatzeabioinformatika-hodi
Honako analisi hauek barne hartzen ditu:
- Datu gordinaren kalitatearen kontrola
- Erreferentziazko genomarekiko lerrokatze-estatistikak
- Aldaeren identifikazioa: SNP, InDel, SV eta CNV
- Aldaeren funtzionalitate-anotazioa
Erreferentziazko genomarekiko lerrokatze-estatistikak – sekuentziazio-sakoneraren banaketa
SNP deia hainbat laginen artean
InDel identifikazioa – CDS eskualdean eta genoma osoko eskualdean InDel luzeraren estatistikak
Aldaeren banaketa genoman zehar – Circos grafikoa
Identifikatutako aldaerak dituzten geneen anotazio funtzionala – Gene Ontologia
Chai, Q. et al. (2023) 'GhTT19 glutation S-transferasa batek lore-petaloen pigmentazioa zehazten du kotoian antozianina metaketa erregulatuz',Landareen Bioteknologia Aldizkaria, 21.(2), or. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Kromosoma mailako Hevea brasiliensis basatien genomak tresna berriak eskaintzen ditu genomikoki lagundutako hazkuntzarako eta lokus baliotsuak kautxuaren etekina handitzeko',Landareen Bioteknologia Aldizkaria, 21(5), 1058–1072 orr. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) 'Genomaren sekuentziek sakabanaketa-bide globalak agerian uzten dituzte eta itsas-zaldien eboluzioan egokitzapen genetiko konbergenteak iradokitzen dituzte',Natura Komunikazioak, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Eskala handiko kromosoma-aldaketek genoma-mailako espresio-aldaketak, ingurumen-egokitzapena eta espeziazioa eragiten dituzte Gayalean (Bos frontalis)',Biologia Molekularra eta Eboluzioa, 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Lehortearekiko erresistentea den arto-germoplasma nabarmen baten genomaren muntaketa eta disekzio genetikoa',Naturaren Genetika 202355:3, 55(3), 496-506 or. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae familiako bi genoma aztertuz tropano alkaloideen biosintesiaren bilakaera agerian uztea',Natura Komunikazioak2023 14:1, 14(1), 1–18 orr. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) 'Denboran zehar Txinako bertako oilaskoen genomaren eta metilazio-aldaketen analisiak espezieen kontserbazioari buruzko informazioa ematen du',Komunikazio Biologia, 5(1), 1–12 orr. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Kasu-azterketa erronkak:
Telomeroen arteko muntaketa:Fu, A. et al. (2023) 'Meloi mingotsaren (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) telomero-telomero genomaren muntaketak fruituaren garapena, osaera eta heltze-ezaugarri genetikoak agerian uzten ditu',Lorezaintza Ikerketa, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotipoen muntaketa:Hu, W. et al. (2021) 'Aleloz definitutako genomak bereizketa bialelikoa agerian uzten du mandiokaren eboluzioan zehar',Landare molekularra, 14(6), 851-854 or. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Genoma erraldoiaren muntaketa:Yuan, J. et al. (2022) 'Paeonia ostii zuhaitz-peoniaren giga-kromosomen eta giga-genomaren oinarri genomikoa',Natura Komunikazioak2022 13:1, 13(1), 1–16 orr. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Poliploideen genomaren muntaketa:Zhang, Q. et al. (2022) 'Saccharum spontaneum azukre-kanabera autopoliploidearen kromosoma-murrizketa berriaren ikuspegi genomikoak',Natura Genetika 202254:6, 54(6), 885–896 orr. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
