-
Hi-C oinarritutako kromatinaren interakzioa
Hi-C metodo bat da, hurbiltasunean oinarritutako elkarrekintzak eta sekuentziazio-errendimendu handikoa konbinatuz konfigurazio genomikoa harrapatzeko diseinatua. Metodoa kromatina formaldehidoarekin gurutzatzean oinarritzen da, ondoren digestioan eta berriro ligatzean, kobalenteki lotuta dauden zatiek soilik ligadura-produktuak sortuko dituztela. Ligadura-produktu hauek sekuentziatuz, genomaren 3D antolaketa azter daiteke. Hi-C-k genomaren zati arinagoak (A konpartimentuak, eukromatina) eta transkripzionalki aktiboak izateko aukera gehiago duten zatien banaketa aztertzea ahalbidetzen du, eta eskualde estuagoak (B konpartimentuak, Heterokromatina). Hi-C ere erabil daiteke Topologikoki Lotutako Domeinuak (TAD) zehazteko, hau da, genomaren egitura tolestuak dituzten eta adierazpen-eredu antzekoak izateko aukera duten eskualdeak, eta kromatina-begiztak identifikatzeko, hau da, proteinek elkarrekin ainguratutako eta askotan elementu erregulatzaileetan aberastutako DNA eskualdeak. BMKGene-ren Hi-C sekuentziazio zerbitzuak ikertzaileei genomikaren dimentsio espazialak aztertzeko ahalmena ematen die, genomaren erregulazioa eta osasunean eta gaixotasunean dituen ondorioak ulertzeko bide berriak irekiz.
-
Kromatinaren Immunoprezipitazio Sekuentziazioa (ChIP-seq)
Kromatinaren immunoprezipitazioa (CHIP) teknika bat da, antigorputzak erabiltzen dituena DNA lotura-proteinak eta dagokien genomika-helburuak selektiboki aberasteko. NGSrekin integratzeak histona-modifikazioarekin, transkripzio-faktoreekin eta DNA lotura-proteina batzuekin lotutako DNA-helburuen profilaketa genoma osoa ahalbidetzen du. Ikuspegi dinamiko honek lotura-guneen alderaketak ahalbidetzen ditu zelula mota, ehun edo baldintza desberdinetan. ChIP-Seq-en aplikazioak transkripzio-erregulazioa eta garapen-bideak aztertzetik hasi eta gaixotasunen mekanismoak argitzeraino doaz, eta horrek tresna ezinbestekoa bihurtzen du genomaren erregulazio-paisaiak ulertzeko eta ikuspegi terapeutikoak aurrera eramateko.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Genoma osoaren bisulfito sekuentziazioa (WGBS)
Teknika hau, DNAren bisulfito tratamenduan oinarrituta, zitosina metilatu gabeak urazil (Ctik Ura) bihurtzeko, zitosina metilatuak aldatu gabe utziz, DNAren metilazioa sakon aztertzeko metodologia estandar gisa erabiltzen da, zehazki zitosinaren (5-mC) bosgarren posizioa, geneen adierazpenaren eta zelulen jardueraren erregulatzaile funtsezkoa dena.
Teknika honek base bakarreko bereizmena eskaintzen du, eta horrek ikertzaileei metiloma sakonki ikertzeko eta laginen barruko metilazio-eredu anormalak aurkitzeko aukera ematen die. WGBS erabiliz, zientzialariek genoma osoko metilazio-paisaiei buruzko ikuspegi paregabeak lor ditzakete, prozesu biologiko eta gaixotasun anitzen oinarrian dauden mekanismo epigenetikoen ulermen ñabarduratsua eskainiz.
-
Transposasa bidezko kromatina eskuratzeko saiakuntza, sekuentziazio-errendimendu handikoarekin (ATAC-seq)
ATAC-seq kromatina genoma osoko irisgarritasun-analisietarako erabiltzen den sekuentziazio-teknika bat da. Geneen adierazpenaren gaineko kontrol epigenetiko globalaren mekanismo konplexuen ulermen sakonagoa eskaintzen du. Metodoak Tn5 transposasa hiperaktibo bat erabiltzen du kromatina-eskualde irekiak aldi berean zatitzeko eta etiketatzeko, sekuentziazio-egokitzaileak txertatuz. Ondorengo PCR anplifikazioari esker, sekuentziazio-liburutegi bat sortzen da, eta horrek kromatina-eskualde irekiak espazio-denbora baldintza espezifikoetan identifikatzea ahalbidetzen du. ATAC-seq-ek kromatina-paisaia irisgarrien ikuspegi holistikoa eskaintzen du, transkripzio-faktoreen lotura-guneetan edo histona-aldatutako eskualde espezifikoetan soilik zentratzen diren metodoek ez bezala. Kromatina-eskualde ireki hauek sekuentziatuz, ATAC-seq-ek sekuentzia erregulatzaile aktiboagoak eta transkripzio-faktoreen lotura-gune potentzialak izateko aukera gehiago duten eskualdeak agerian uzten ditu, genoma osoan zehar geneen adierazpenaren modulazio dinamikoari buruzko informazio baliotsua eskainiz.
-
Errepresentazio Murriztuko Bisulfito Sekuentziazioa (RRBS)
Errepresentazio murriztuko bisulfito sekuentziazioa (RRBS) CpG uharteetan aberatsak diren eskualdeen aberastasunean oinarritzen da MspI ebakiduraren bidez, eta ondoren 200-500/600 bps zatien tamaina hautatzea. Ondorioz, CpG uharteetatik hurbil dauden eskualdeak bakarrik sekuentziatzen dira, eta urruneko CpG uharteak dituztenak analisietatik kanpo uzten dira. Prozesu honek, bisulfito sekuentziazioarekin konbinatuta, DNA metilazioa bereizmen handiko detekzioa ahalbidetzen du, eta sekuentziazio-metodoak, PE150-k, txertatzeen muturretan zentratzen da erdialdean baino gehiago, metilazio-profilaketaren eraginkortasuna handituz.
Teknika hau DNA metilazio ikerketan Genoma Osoko Bisulfito Sekuentziazioaren (WGBS) alternatiba kostu-eraginkor eta eraginkor gisa agertu da. WGBS-k informazio zabala eskaintzen duen arren genoma osoa base bakarreko bereizmenean aztertuz, bere kostu handia faktore mugatzailea izan daiteke, eta RRBS-k estrategikoki arintzen du erronka hori genomaren zati adierazgarri bat selektiboki aztertuz. Metodologia hau tresna baliotsua da, DNA metilazio ikerketa kostu-eraginkorra ahalbidetzen duena eta mekanismo epigenetikoen ezagutza aurreratzen duena.
