-
Genoma osoko asoziazio-analisia
Genoma Osoko Elkartze Azterketen (GWAS) helburua ezaugarri espezifikoei (fenotipoei) lotutako aldaera genetikoak (genotipoak) identifikatzea da. Banako kopuru handi batean genoma osoko markatzaile genetikoak aztertuz, GWASek genotipo-fenotipo asoziazioak estrapolatzen ditu populazio-mailako analisi estatistikoen bidez. Metodologia honek aplikazio zabalak ditu gizakien gaixotasunak ikertzean eta animalien edo landareen ezaugarri konplexuekin lotutako gene funtzionalak aztertzean.
BMKGENE-n, bi bide eskaintzen ditugu populazio handietan GWAS egiteko: Genoma Osoko Sekuentziazioa (WGS) erabiltzea edo ordezkaritza murriztuko genomaren sekuentziazio metodo bat aukeratzea, etxean garatutako Espezifiko-Locus Amplified Fragment (SLAF). WGS genoma txikiagoetarako egokia den bitartean, SLAF alternatiba kostu-eraginkor gisa agertzen da genoma luzeagoekin populazio handiagoak aztertzeko, sekuentziazio kostuak minimizatuz eta, aldi berean, markatzaile genetikoen aurkikuntza-eraginkortasun handia bermatuz.
-
Landare/Animalia Genoma Osoaren Sekuentziazioa
Genoma Osoaren Sekuentziazioa (WGS) organismo baten genomaren DNA sekuentzia osoa aldi berean zehazteko erabiltzen den teknika da.
Normalean, zerbitzua bi taldetan banatzen da erreferentziazko genoma baten existentziaren arabera:
- Berrirogenoma osoaren sekuentziazioa.Egoera honetan, sekuentziatu beharreko genomak ez du erreferentziazko genomarik eskuragarri, eta horregatik, sekuentziazio honen helburua genoma sortzea da (edo dagoen bat hobetzea). Teknika honek Illumina datuak eta irakurketa luzeko sekuentziazioa erabili behar ditu genomaren muntaketa hobetzeko, irakurketen arteko gainjartzea sortuz.
- Berriro sekuentziatzea.Erreferentziazko genoma ezagunak dituzten espezie ezberdinen banakoen genoma osoaren sekuentziazioari egiten dio erreferentzia. Oinarri honetan oinarrituta, banakoen edo populazioen arteko desberdintasun genomikoak gehiago identifikatu daitezke.
-
Eboluzio Genetika
Evolutionary Genetics sekuentziazio zerbitzu integral bat da, banako talde handi baten eboluzioaren interpretazio sakona eskaintzeko diseinatua, aldaera genetikoetan oinarrituta, hala nola SNP, InDel, SV eta CNV. Zerbitzu honek populazioen eboluzio-aldaketak eta ezaugarri genetikoak argitzeko beharrezkoak diren analisi guztiak hartzen ditu barne, populazio-egituraren, dibertsitate genetikoaren eta harreman filogenetikoen ebaluazioak barne. Gainera, gene-fluxuari buruzko ikerketetan sakontzen du, populazio-tamaina eraginkorraren eta dibergentzia-denboraren estimazioak ahalbidetuz. Eboluzio-genetikako ikerketek espezieen jatorriari eta egokitzapenei buruzko informazio baliotsua ematen dute.
BMKGENE-n, bi bide eskaintzen ditugu populazio handietan eboluzio-genetikako ikerketak egiteko: genoma osoko sekuentziazioa (WGS) erabiltzea edo ordezkaritza murriztuko genomaren sekuentziazio-metodo bat aukeratzea, etxean garatutako Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). WGS genoma txikiagoetarako egokia den bitartean, SLAF alternatiba kostu-eraginkor gisa agertzen da genoma luzeagoekin populazio handiagoak aztertzeko, sekuentziazio-kostuak eraginkortasunez minimizatuz.
-
Genomika Konparatiboa
Genomika konparatiboak espezie ezberdinen arteko genoma osoaren sekuentziak eta egituren azterketa eta alderaketa dakar. Eremu honek espezieen eboluzioa agerian uztea, geneen funtzioak deskodetzea eta erregulazio genetikoko mekanismoak argitzea du helburu, organismo ezberdinen arteko sekuentzia-egitura eta elementu kontserbatuak edo dibergenteak identifikatuz. Genomika konparatiboaren azterketa integral batek gene-familiak, garapen ebolutiboa, genoma osoko bikoizketa-gertaerak eta presio selektiboen eragina bezalako analisiak hartzen ditu barne.
-
Hi-C oinarritutako genomaren muntaketa
Hi-C kromosomen konfigurazioa harrapatzeko diseinatutako metodo bat da, hurbiltasunean oinarritutako elkarrekintzak eta sekuentziazio-errendimendu handikoa konbinatuz. Elkarrekintza hauen intentsitatea kromosomen distantzia fisikoarekin korrelazionatuta dagoela uste da. Hori dela eta, Hi-C datuak erabiltzen dira genoma zirriborro batean muntatutako sekuentzien multzokatzea, ordenatzea eta orientazioa gidatzeko, eta kromosoma kopuru jakin batean ainguratzeko. Teknologia honek kromosoma mailako genomaren muntaketa ahalbidetzen du populazioan oinarritutako mapa genetikorik ezean. Genoma bakoitzak Hi-C bat behar du.
-
Landare/Animal De Novo Genomaren Sekuentziazioa
De NovoSekuentziazioak espezie baten genoma osoaren eraikuntza adierazten du, sekuentziazio-teknologiak erabiliz, erreferentziazko genomarik ezean. Hirugarren belaunaldiko sekuentziazioaren sarrerak eta hedapenak, irakurketa luzeagoak dituenak, genomaren muntaketa nabarmen hobetu du irakurketen arteko gainjartzea handituz. Hobekuntza hau bereziki garrantzitsua da genoma zailekin ari garenean, hala nola heterozigosi handia, eskualde errepikakorren ratio handia, poliploideak eta elementu errepikakorrak dituzten eskualdeak, GC eduki anormalak edo konplexutasun handia dutenak, normalean irakurketa laburreko sekuentziazioa erabiliz gaizki muntatzen direnak.
Gure irtenbide integralak sekuentziazio zerbitzu integratuak eta analisi bioinformatikoa eskaintzen ditu, kalitate handiko de novo genoma muntatu bat lortzeko. Illumina-rekin egindako hasierako genomaren azterketa batek genomaren tamaina eta konplexutasunaren estimazioak ematen ditu, eta informazio hori PacBio HiFi-rekin irakurketa luzeko sekuentziazioaren hurrengo urratsa gidatzeko erabiltzen da, eta ondoren...berrikiKontigak muntatzea. Ondorengo HiC muntaketaren erabilerak kontigak genomara ainguratzea ahalbidetzen du, kromosoma mailako muntaketa lortuz. Azkenik, genoma geneen iragarpenaren eta adierazitako geneen sekuentziazioaren bidez anotatzen da, irakurketa labur eta luzeak dituzten transkriptometara joz.
-
Giza Exoma Osoaren Sekuentziazioa
Giza exoma osoaren sekuentziazioa (hWES) gaixotasunak eragiten dituzten mutazioak zehazteko kostu-eraginkor eta indartsu den sekuentziazio-metodo gisa aitortzen da. Genoma osoaren % 1,7 inguru baino ez diren arren, exonek funtsezko zeregina dute, proteinen funtzio guztien profila zuzenean islatzen baitute. Aipagarria da, giza genoman, gaixotasunekin lotutako mutazioen % 85 baino gehiago proteina kodetzen duten eskualdeetan agertzen direla. BMKGENEk giza exoma osoaren sekuentziazio zerbitzu integral eta malgua eskaintzen du, bi exoi harrapatzeko estrategia desberdinekin, hainbat ikerketa-helburu betetzeko.
-
Loku Espezifikoan Anplifikatutako Zati Sekuentziazioa (SLAF-Seq)
BMKGenek modu independentean garatutako metodo hau, sekuentziazio genomaren errepresentazio murriztuaren barruan sailka daiteke. Proiektu bakoitzerako murrizketa-entzima multzoa optimizatzen du. Horrek SLAF etiketa kopuru esanguratsu bat sortzea bermatzen du (sekuentziatzen ari den genomaren 400-500 bps eskualdeak), genoma osoan uniformeki banatuta daudenak, eskualde errepikakorrak eraginkortasunez saihestuz, eta horrela markatzaile genetikoen aurkikuntza onena bermatuz.
Genotipaketa azkarra eskaintzen du eta gene funtzionalen aurkikuntzarako edo eboluzio-analisirako oinarriak ezartzen ditu, lagin bakoitzeko kostua murriztuz, markatzaile genetikoen aurkikuntzan eraginkortasuna mantenduz. RRGS-k hau lortzen du DNA murrizketa-entzimekin digerituz eta zatiki-tamaina-tarte espezifiko batean zentratuz, horrela genomaren zati bat bakarrik sekuentziatuz. RRGS metodologia desberdinen artean, Espezifiko-Locus Anplifikatutako Zati Sekuentziazioa (SLAF) pertsonalizagarria eta kalitate handiko ikuspegia da.
