-
Nukleo bakarreko RNA sekuentziazioa
Zelula bakarreko harrapaketa eta liburutegi pertsonalizatuen eraikuntza tekniken garapenak, sekuentziazio handiko errendimenduarekin batera, irauli egin ditu geneen espresioaren azterketak zelula mailan. Aurrerapen honek zelula-populazio konplexuen analisi sakonagoa eta osatuagoa ahalbidetzen du, zelula guztietan geneen espresioaren batez bestekoa kalkulatzearekin lotutako mugak gaindituz eta populazio horien barruko benetako heterogeneotasuna mantenduz. Zelula bakarreko RNA sekuentziazioak (scRNA-seq) abantaila ukaezinak dituen arren, erronkak ditu ehun batzuetan, non zelula bakarreko esekidura sortzea zaila den eta lagin freskoak behar diren. BMKGenen, oztopo horri aurre egiten diogu nukleo bakarreko RNA sekuentziazioa (snRNA-seq) eskainiz, 10X Genomics Chromium teknologia aurreratua erabiliz. Ikuspegi honek zelula bakarreko mailan transkriptoma-analisirako egokiak diren laginen espektroa zabaltzen du.
Nukleoen isolamendua 10X Genomics Chromium txip berritzailearen bidez lortzen da, zortzi kanaleko mikrofluidika sistema bat duena, gurutzaketa bikoitzekin. Sistema honen barruan, barra-kodeak, primerrak, entzimak eta nukleo bakarra dituzten gel-aleak nanolitro tamainako olio-tantatan kapsulatzen dira, Gel Bead-in-Emulsion (GEM) eratuz. GEM eraketaren ondoren, zelulen lisia eta barra-kodearen askapena gertatzen dira GEM bakoitzean. Ondoren, mRNA molekulek alderantzizko transkripzioa jasaten dute cDNA bihurtzen, 10X barra-kodeak eta Identifikatzaile Molekular Bakarrak (UMI) sartuz. cDNA hauek sekuentziazio-liburutegi estandarraren eraikuntza baten menpe jartzen dira, zelula bakarreko mailan geneen espresio-profilen azterketa sendo eta osoa erraztuz.
Plataforma: 10× Genomics Chromium eta Illumina NovaSeq Plataforma
-
mRNAren sekuentziazio osoa - Nanoporoa
NGS bidezko mRNA sekuentziazioa geneen adierazpena kuantifikatzeko tresna polifazetikoa den arren, irakurketa laburretan duen mendekotasunak mugatzen du transkriptomikoen analisi konplexuetan duen eraginkortasuna. Bestalde, nanoporoen sekuentziazioak irakurketa luzeko teknologia erabiltzen du, mRNA transkriptu osoen sekuentziazioa ahalbidetuz. Ikuspegi honek splicing alternatiboaren, geneen fusioen, poliadenilazioaren eta mRNA isoformen kuantifikazioaren azterketa integrala errazten du.
Nanoporoen sekuentziazioa, nanoporo bakarreko molekula-seinale elektrikoetan oinarritutako metodo bat da, eta emaitzak denbora errealean ematen ditu. Proteina motorren gidaritzapean, DNA bikoitz-kateatua biofilm batean txertatutako nanoporo-proteinei lotzen zaie, nanoporo-kanaletik tentsio-diferentzia baten pean igarotzean askatzen baita. DNA-katean dauden base desberdinek sortutako seinale elektriko bereizgarriak denbora errealean detektatu eta sailkatzen dira, nukleotidoen sekuentziazio zehatza eta jarraitua erraztuz. Ikuspegi berritzaile honek irakurketa laburreko mugak gainditzen ditu eta plataforma dinamiko bat eskaintzen du analisi genomiko konplexuetarako, transkriptomikako azterketa konplexuak barne, emaitza berehalakoekin.
Plataforma: Nanopore PromethION 48
-
mRNA sekuentziazio osoa -PacBio
NGS oinarritutako mRNA sekuentziazioa geneen adierazpena kuantifikatzeko tresna polifazetikoa den arren, irakurketa laburretan duen menpekotasunak transkriptomikoen analisi konplexuetan erabiltzea mugatzen du. Bestalde, PacBio sekuentziazioak (Iso-Seq) irakurketa luzeko teknologia erabiltzen du, mRNA transkriptu osoen sekuentziazioa ahalbidetuz. Ikuspegi honek splicing alternatiboaren, geneen fusioen eta poliadenilazioaren azterketa integrala errazten du. Hala ere, geneen adierazpena kuantifikatzeko beste aukera batzuk daude, behar diren datu kopuru handia dela eta. PacBio sekuentziazio teknologia molekula bakarreko denbora errealeko (SMRT) sekuentziazioan oinarritzen da, eta abantaila nabarmena eskaintzen du mRNA transkriptu osoak atzemateko. Ikuspegi berritzaile honek zero moduko uhin-gidak (ZMW) eta mikrofabrikatutako putzuak erabiltzea dakar, sekuentziazioan zehar DNA polimerasaren jarduera denbora errealean behatzea ahalbidetzen dutenak. ZMW horien barruan, PacBioren DNA polimerasak DNA kate osagarri bat sintetizatzen du, mRNA transkriptu osoak hartzen dituzten irakurketa luzeak sortuz. PacBioren funtzionamenduak Adostasun Zirkularreko sekuentziazio (CCS) moduan zehaztasuna hobetzen du molekula bera behin eta berriz sekuentziatuz. Sortutako HiFi irakurketek NGSren pareko zehaztasuna dute, eta horrek transkriptomikoen ezaugarri konplexuen analisi integral eta fidagarria lortzen laguntzen du.
Plataforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukariotoen mRNA sekuentziazioa-NGS
mRNA sekuentziazioa hurrengo belaunaldiko sekuentziazioa erabiltzen duen teknika bat da, lagin biologiko batean RNA molekulen presentzia eta kantitatea agerian uzteko, laginaren geneen espresioaren argazki bat emanez.
Aplikazio zabalei esker, tresna aurreratu honek geneen espresio-profil korapilatsuak, geneen egiturak eta prozesu biologiko anitzekin lotutako mekanismo molekularrak agerian uzten ditu.
Teknika hau oso erabilia da ikerketan, diagnostiko klinikoan eta sendagaien garapenean, zelulen dinamikaren eta erregulazio genetikoaren konplexutasunei buruzko ikuspegiak eskaintzen baititu, eta oinarri sendoa eskaintzen du hainbat arlotan duen potentzialari buruzko jakin-mina pizteko.
Eskuragarri dauden plataformak: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Erreferentziarik gabeko mRNA sekuentziazioa-NGS
mRNA sekuentziazioak zelulen barruko mRNA transkripzio guztien profilaketa osoa ahalbidetzen du baldintza espezifikoetan. Teknologia aurreratu honek tresna indartsu gisa balio du, geneen espresio-profil korapilatsuak, geneen egiturak eta prozesu biologiko anitzekin lotutako mekanismo molekularrak agerian utziz. Oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan eta sendagaien garapenean oso erabilia, mRNA sekuentziazioak zelulen dinamikaren eta erregulazio genetikoaren konplexutasunak ezagutzeko aukera ematen du.
Plataforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sekuentziazio luze ez-kodetzailea - Illumina
RNA luze ez-kodetzaileak (lncRNA) 200 nukleotido baino luzeagoak dira, kodetzeko potentzial minimoa dute eta RNA ez-kodetzailearen barruan funtsezko elementuak dira. Nukleoan eta zitoplasman aurkitzen dira, eta RNA hauek funtsezko zeregina dute erregulazio epigenetikoan, transkripzionalean eta transkripzio ostekoan, eta horrek azpimarratzen du prozesu zelular eta molekularrak moldatzeko duten garrantzia. LncRNA sekuentziazioa tresna indartsua da zelulen bereizketan, ontogenesian eta giza gaixotasunetan.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
-
RNA Txikien Sekuentziazioa-Illumina
RNA txikia RNA molekula talde bat da, mikroRNAk (miRNAk), RNA interferentzial txikiak (siRNAk) eta piwi-rekin elkarreragiten duten RNAk (piRNAk) barne hartzen dituena. Horien artean, 18-25 nukleotido inguruko miRNAk bereziki aipagarriak dira hainbat prozesu zelularretan duten funtsezko erregulazio-eginkizunagatik. Ehun-espezifiko eta etapa-espezifiko adierazpen-ereduekin, miRNAk kontserbazio handia erakusten dute espezie desberdinetan.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sekuentziazioa-Illumina
RNA zirkularraren sekuentziazioak (circRNA-seq) RNA zirkularrak profilatu eta aztertzen ditu, RNA molekula klase bat, splicing gertakari ez-kanonikoen ondorioz begizta itxiak osatzen dituztenak, RNA honi egonkortasun handiagoa emanez. CircRNA batzuek mikroRNA belaki gisa jokatzen dutela frogatu den arren, mikroRNAk bahituz eta beren mRNA xede-mRNAk erregulatzea eragotziz, beste circRNA batzuek proteinekin elkarreragin dezakete, geneen adierazpena modulatu edo prozesu zelularretan zereginak izan ditzakete. CircRNAren adierazpenaren analisiak molekula hauen zeregin erregulatzaileei eta hainbat prozesu zelularretan, garapen-etapa eta gaixotasun-egoeretan duten garrantziari buruzko informazioa ematen du, RNAren erregulazioaren konplexutasuna geneen adierazpenaren testuinguruan sakonago ulertzen lagunduz.
Plataforma: Illumina Novaseq X
-
Transkriptoma Osoaren Sekuentziazioa – Illumina
Wole transkriptomaren sekuentziazioak RNA molekula anitzak profilatzeko ikuspegi integrala eskaintzen du, RNA kodetzaileak (mRNA) eta kodetzaile ez diren RNAk (lncRNA, circRNA eta miRNA) barne hartzen dituena. Teknika honek une jakin bateko zelula espezifikoen transkriptoma osoa jasotzen du, zelulen prozesuen ulermen holistikoa ahalbidetuz.
Eskuragarri dauden plataformak: Illumina Novaseq X
