Produktuak

RNA prokariotoen sekuentziazioa

RNA prokariotikoen sekuentziazioak hurrengo belaunaldiko sekuentziazioa (NGS) erabiltzen du une jakin batean RNAren presentzia eta kantitatea agertzeko, aldatzen ari den transkriptoma zelularra aztertuz.Gure konpainiaren RNA prokariotoaren sekuentziazioa, erreferentziazko genoma duten prokariotoei zuzenduta dago bereziki, transkriptomeen profila, gene-egituraren analisia, etab. Oinarrizko zientzia-ikerketetan, sendagaien ikerketan eta garapenean, etab.

Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma

Jarri gurekin harremanetan

Zerbitzuaren xehetasunak

Zerbitzuaren zehaztapenak

Plataforma: Illumina NovaSeq plataforma, PE150

Liburutegi mota: 350bp txertatu cDNA liburutegia (gehien banaketaren araberakoa da)

Sekuentziazio estrategia: Paired-End 150 bp

Gomendatutako datu kopurua: 2 Gb datu gordina/lagina

Bioinformatika

(1) Sekuentziazio datuen kalitatearen kontrola: Nukleotidoen banaketa, Oinarrizko kalitatearen banaketa, rRNA ratioaren ebaluazioa;

(2) Sekuentzia-lerrokatzearen analisia: Lerrokatze-emaitzen estatistikak, Sekuentziazioaren saturazioa, Sekuentziazioaren estaldura;

(3) Erreferentzia genomaren oharpena (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Adierazpen-analisia: Adierazpen-banaketa (Bi lagin edo gehiagorekin), Laginen arteko adierazpenaren analisia (Venn analisia, Korrelazioaren analisia, PCA analisia);

(5) Adierazpen diferentzialaren analisia (Bi lagin edo gehiagorekin);

(6) Gene multzoen analisia: Venn analisia, Cluster analisia, Funtzio-anotazioen analisia (COG, GO, KEGG), Funtzioen aberastearen analisia (GO, KEGG), Funtzioen aberaste kordala grafikoa, Ipath azterketa;

(7) sRNA azterketa: sRNA iragarpena, sRNA ohartarazpena (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA egitura sekundarioaren iragarpena, sRNA xede genearen iragarpena;

(8) Transkripzioaren egituraren analisia: Operonen analisia, Transkripzioaren hasierako eta amaierako guneen iragarpena, UTRren oharpena eta analisia, Sustatzaileen sekuentziaren iragarpena, SNP/InDel azterketa (SNP/InDel oharpena, SNP/InDel eskualde-banaketa, SNP estatistikak).