Prokariotoen RNA sekuentziazioa
Ezaugarriak
● RNA laginaren prozesamenduak rRNA agortzea eta ondoren norabideko RNA liburutegia prestatzea barne hartzen zuen.
● Erreferentziazko genoma batekin lerrokatzean oinarritutako analisi bioinformatikoa
● Analisiak geneen adierazpena eta DEGak barne hartzen ditu, baina baita transkripzioen egitura eta sRNAren analisia ere.
Zerbitzuaren abantailak
●Kalitate Kontrol Zorrotza: kontrol puntu nagusiak ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen eta liburutegien prestaketatik hasi eta sekuentziaziora eta bioinformatikaraino. Jarraipen zorrotz honek emaitza kalitate handikoak etengabe lortzen direla bermatzen du.
●Kate espezifikoen sekuentziazio datuakRNA liburutegiaren prestaketa norabidezkoa denez, antisentidoko transkripzioak identifikatzea ahalbidetzen du.
●Prokariotoen transkriptometara egokitutako analisi osoaBioinformatika-hodiak ez du geneen espresioaren analisia bakarrik barne hartzen, baita transkripzio-egituraren analisia ere, operoien, UTRen eta sustatzaileen identifikazioa barne. sRNAen analisia ere barne hartzen du, hots, bigarren mailako egituraren eta jomugen anotazioa eta iragarpena.
●Salmenta osteko laguntzaGure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzuarekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| ARNr agortutako norabide-liburutegia | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Laginaren eskakizunak:
| Kontzentrazioa (ng/μl) | Kopurua (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | RIN≥6.5 |
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Etiketatze-lagina: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika Analisiaren Lan-fluxua
Honako analisia barne hartzen du:
● Datu gordinaren kalitatearen kontrola
● Erreferentziazko genomarekiko lerrokatzea
● Liburutegiaren Kalitatearen Ebaluazioa: RNAren zatiketaren ausazkotasuna, txertatze-tamaina eta sekuentziazioaren saturazioa
● Aurreikusitako kodetze-geneen funtzionalitate-anotazioa
● Adierazpenen analisia: korrelazioa eta osagai nagusien analisia (PCA)
● Geneen Adierazpen Diferentziala (DEG)
● DEGen anotazio funtzionala eta aberastea
● sRNAren analisia: iragarpena, anotazioa, jomuga eta bigarren mailako egituraren iragarpena
● Transkripzio Egituraren Azterketa: operoiak, hasierako eta amaierako posizioak, itzuli gabeko eskualdea (UTS), sustatzailea eta SNP/InDel analisia
Sekuentziazioaren saturazioa
Kodetze-geneen anotazio funtzionala
Laginen arteko korrelazioa
Gene Adierazpen Diferentzialaren (DEG) analisia
Funtzio-aberastearen analisia
sRNA anotazioa
Arakatu BMKGene-ren Nanopore mRNA sekuentziazio zerbitzu osoek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen honetan.
Guan, CP et al. (2018) 'Staphylococcus epidermidis biofilm-sortzailearen transkriptomaren aldaketa globalak, Sophorea alopecuroides-en alkaloide totalen aurrean'.Mikrobiologiako Poloniako Aldizkaria, 67.(2), or. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
